Стратегия борьбы с COVID-19 в Новой Зеландии менялась во время вспышки дельты

Новая Зеландия — одна из тех стран, которая успешно противостояла COVID-19 в начале пандемии. К середине 2020 года распространение вируса было взято под контроль; новые случаи выявлялись в основном у людей, вернувшихся из-за границы и помещенных на карантин. Противоковидные меры были ослаблены Так продолжалось до ввоза в страну высоковирулентного штамма дельта (B.1.617.2) SARS-CoV-2 в августе 2021 года. Это привело к крупной вспышке COVID-19, которая произошла в августе-декабре 2021 года. За это время было зарегистрировано 8 974 случая инфекции и 20 смертей.

В работе, опубликованной в Nature Communications, новозеландские ученые рассказали о том, как с помощью геномного анализа отслеживали случаи заражения во время этой вспышки, анализировали распространение коронавируса и его эволюцию.

Геномы вируса выделяли из образцов от пациентов и секвенировали на платформе Oxford Nanopore. Всего в распоряжении ученых оказалось 3 806 геномов SARS-CoV-2. С 17 августа по 3 октября 2021 года в Новой Зеландии действовала стратегия элиминации инфекции, в это время секвенировали 88% образцов. Однако число случаев росло, и власти перешли на стратегию подавления. С 4 октября по 1 декабря 2021 года секвенировали 33% образцов.

Анализ геномов коронавируса показал, что дельту в Новую Зеландию ввезли две независимые туристические группы, которые вернулись из Нового Южного Уэльса, Австралия, за неделю до вспышки. Отслеживание цепей передачи вируса было осложнено скрытой трансмиссией инфекции в сообществах. Вместе со сменой стратегии борьбы со вспышкой изменился и принцип геномных исследований: эпидемиологи перешли от отслеживания кейсов к мониторингу распространения доминирующих клад.

В течение вспышки вирус мутировал. Так, возникла 10-нуклеотидная делеция, приводящая к сдвигу рамки считывания, в гене ORF7a, который кодирует один из вспомогательных вирусных белков. Делеция приводила к укорачиванию C-конца белка и затрагивала трансмембранную спираль, сигнал локализации в эндоплазматическом ретикулуме и сайт посттрансляционной модификации K119. Ученые предположили, что укороченный белок 7a не может нормально функционировать, однако вопреки ожиданиям, клада с этой делецией стала доминирующей.

Ранее было показано, что ORF7a помогает вирусу уйти от иммунной системы хозяина. В то же время анализ глобальных геномных данных показал, что мутации в C-регионе белка постоянно возникают в разных линиях SARS-CoV-2, в том числе у вариантов, вызывающих опасения (VOC). Вероятно, закрепление штамма дельта с укороченным ORF7a в Новой Зеландии произошло благодаря эффекту основателя во время ослабления противоковидных мер.

По мнению авторов, вспышка дельты позволила переосмыслить роль геномных исследований в эпидемиологии. С их помощью ученые отследили источник вспышки, выявили скрытую трансмиссию вируса и предоставили информацию, позволившую властям Новой Зеландии скорректровать стратегию борьбы с инфекцией.