Сублинии омикрона различаются по эпидемиологическим свойствам
Согласно статистике, собранной в Дании, как вакцинированные, так и невакцинированные люди легче заражаются сублинией штамма омикрон ВА.2, чем ВА.1. При этом в группе вакцинированных разница больше, что указывает на дополнительную способность ВА.2 уклоняться от иммунного ответа. Однако привитые люди, инфицированные ВА.2, сами менее заразны, чем инфицированные ВА.1.

Для исследований эпидемиологии омикрона Дания замечательна тем, что в зимой 2021-2022 года в ней одновременно распространялись три субварианта этого штамма — BA.1.1, BA.1 и BA.2, причем последние два преобладали. Кроме того, коронавирус в Дании активно секвенируют. Сублинии омикрона не сходны между собой: помимо ключевой делеции в позиции 69-70 в области шипа BA.1 по сравнению с BA.2, их отличает примерно 40 мутаций. Возможно, они возникли в результате повторных инфекций от одного и того же пациента, в котором эволюционировал омикрон.
BA.1 впервые был обнаружен в Дании 25 ноября, а BA.2 — 5 декабря 2021 года. BA.2 распространялся быстрее: на 52-й неделе 2021 года на него приходилось около 20% всех датских случаев SARS-CoV-2; на второй неделе в 2022 года — уже примерно 45%. Создается впечатление, что BA.2 имеет преимущество в высоковакцинированной популяции (в Дании привито более 80% населения).
Исследование, результаты которого опубликованы на medRxiv, отвечает на следующие вопросы: одинаково или по-разному передаются BA.1 и BA.2 в домохозяйствах, между совместно проживающими людьми, и если есть разница, то вызвана ли она различием в восприимчивости, трансмиссивности, уклонении от иммунного ответа?
Авторы использовали данные о случаях коронавирусной инфекции, вызванной омикроном, с 20 декабря 2021 года по 11 января 2022 года. За каждым первичным случаем наблюдали в течение недели, чтобы отследить вторичные случаи. Всего было получено около 25 000 геномов SARS-CoV-2 среднего и высокого качества; секвенирование проводили на платформах NextSeq или NovaSeq (Illumina).
Участников разделили на три группы по статусу вакцинации: невакцинированные (в эту группу включили и частично либо только что вакцинированных); полностью вакцинированные, в том числе получившие вакцину Pfizer/BioNTech, AstraZeneca, Moderna, Janssen; в эту же группу включили и переболевших не менее 14 дней назад, и, наконец, получившие бустерную дозу вакцины не менее 7 дней назад. (В декабре из всех привитых в Дании 85% были вакцинированы Pfizer/BioNTech, 14 % — Moderna, поэтому можно считать, что данные относятся главным образом к мРНК-вакцинам.)
Уровень вторичной заболеваемости (SAR) определяли как долю получивших положительных ПЦР-тест среди людей, проживающих с первичным больным, в течение недели.
Авторы нашли 2122 домохозяйства с BA.2, где могли заразиться от первичного случая в общей сложности 4587 человек; их них у 1792 был положительный тест, в результате SAR составил 39%. Также выявили 6 419 домохозяйств с BA.1 и 13 358 потенциальных вторичных случаев, из которых заразились 3 910, таким образом, SAR составил 29%.
Для успешной или неуспешной передачи инфекции важен иммунный статус как инфицированного, так и того, кому он может передать вирус. Среди вторичных случаев и непривитые, и вакцинированные, и ревакцинированные были более восприимчивы к BA.2, чем к BA.1. Как и ожидалось, восприимчивость к инфекции была самой высокой среди невакцинированных и самой низкой среди ревакцинированных — но вакцинация слабее защищала от омикрона BA.2, чем от BA.1.
Если первичный случай был ревакцинирован, то его трансмиссивность по сравнению с вакцинированными, не получившими бустерную дозу, снижалась как для BA.1, так и для BA.2. Если же первичный случай не был вакцинирован, трансмиссивность BA.2 была выше, чем BA.1, а вот полностью вакцинированные и ревакцинированные, что удивительно, оказались менее заразными, если были инфицированы BA.2, а не BA.1. Кстати, вирусная нагрузка в целом была выше для случаев BA.2, чем для случаев BA.1, но в группах вакцинированных и ревакцинированных она была одинаковой для обеих сублиний.
Эти результаты говорят о том, что омикрон BA.2 имеет преимущество в передаче по сравнению с BA.1. Хотя прививки до некоторой степени защищают от инфекции, BA.2 лучше уклоняется от иммунитета. Это хорошо видно, если сравнить шансы заразиться BA.2 и BA и отдельно для вакцинированных и для ревакцинированных. В первой группе отношение шансов составило около 2,5, во второй — уже около 3. Однако за это BA.2, возможно, «заплатил» потерей приспособленности в другом отношении. Вакцинированный носитель этой сублинии менее заразен, чем вакцинированный носитель BA.1 (отношение среди полностью вакцинированных и ревакцинированных — 0,60 и 0,62 соответственно).
Таким образом, вакцинированные более чувствительны к варианту BA.2, но если они заразятся им, то будут менее трансмиссивными. Поэтому «непросто предсказать будущую траекторию BA.2 по сравнению с BA.1 или другими вариантами, которые могут возникнуть», отмечают авторы.
Дания, вероятно, уже прошла пик омикрона без значительного подъема смертности. В Москве, по данным ЦСП ФМБА, на прошлой неделе 95,6% случаев коронавирусной инфекции, для которой определен штамм, были вызваны омикроном, и 2% случаев — ВА.2.
Источник
Frederik Plesner Lyngse, et al. Transmission of SARS-CoV-2 Omicron VOC subvariants BA.1 and BA.2: Evidence from Danish Households // medRxiv, 2022, DOI: 10.1101/2022.01.28.22270044