Сублинии омикрона различаются по эпидемиологическим свойствам

Для исследований эпидемиологии омикрона Дания замечательна тем, что в зимой 2021-2022 года в ней одновременно распространялись три субварианта этого штамма — BA.1.1, BA.1 и BA.2, причем последние два преобладали. Кроме того, коронавирус в Дании активно секвенируют. Сублинии омикрона не сходны между собой: помимо ключевой делеции в позиции 69-70 в области шипа BA.1 по сравнению с BA.2, их отличает примерно 40 мутаций. Возможно, они возникли в результате повторных инфекций от одного и того же пациента, в котором эволюционировал омикрон. 

BA.1 впервые был обнаружен в Дании 25 ноября, а BA.2 — 5 декабря 2021 года. BA.2 распространялся быстрее: на 52-й неделе 2021 года на него приходилось около 20% всех датских случаев SARS-CoV-2; на второй неделе в 2022 года — уже примерно 45%. Создается впечатление, что BA.2 имеет преимущество в высоковакцинированной популяции (в Дании привито более 80% населения).

Исследование, результаты которого опубликованы на medRxiv, отвечает на следующие вопросы: одинаково или по-разному передаются BA.1 и BA.2 в домохозяйствах, между совместно проживающими людьми, и если есть разница, то вызвана ли она различием в восприимчивости, трансмиссивности, уклонении от иммунного ответа?

Авторы использовали данные о случаях коронавирусной инфекции, вызванной омикроном, с 20 декабря 2021 года по 11 января 2022 года. За каждым первичным случаем наблюдали в течение недели, чтобы отследить вторичные случаи. Всего было получено около 25 000 геномов SARS-CoV-2 среднего и высокого качества; секвенирование проводили на платформах NextSeq или NovaSeq (Illumina).

Участников разделили на три группы по статусу вакцинации: невакцинированные (в эту группу включили и частично либо только что вакцинированных); полностью вакцинированные, в том числе получившие вакцину Pfizer/BioNTech, AstraZeneca, Moderna, Janssen; в эту же группу включили и переболевших не менее 14 дней назад, и, наконец, получившие бустерную дозу вакцины не менее 7 дней назад. (В декабре из всех привитых в Дании 85% были вакцинированы Pfizer/BioNTech, 14 % — Moderna, поэтому можно считать, что данные относятся главным образом к мРНК-вакцинам.)

Уровень вторичной заболеваемости (SAR) определяли как долю получивших положительных ПЦР-тест среди людей, проживающих с первичным больным, в течение недели.

Авторы нашли 2122 домохозяйства с BA.2, где могли заразиться от первичного случая в общей сложности 4587 человек; их них у 1792 был положительный тест, в результате SAR составил 39%. Также выявили 6 419 домохозяйств с BA.1 и 13 358 потенциальных вторичных случаев, из которых заразились 3 910, таким образом, SAR составил 29%.

Для успешной или неуспешной передачи инфекции важен иммунный статус как инфицированного, так и того, кому он может передать вирус. Среди вторичных случаев и непривитые, и вакцинированные, и ревакцинированные были более восприимчивы к BA.2, чем к BA.1. Как и ожидалось, восприимчивость к инфекции была самой высокой среди невакцинированных и самой низкой среди ревакцинированных — но вакцинация слабее защищала от омикрона BA.2, чем от BA.1.

Если первичный случай был ревакцинирован, то его трансмиссивность по сравнению с вакцинированными, не получившими бустерную дозу, снижалась как для BA.1, так и для BA.2. Если же первичный случай не был вакцинирован, трансмиссивность BA.2 была выше, чем BA.1, а вот полностью вакцинированные и ревакцинированные, что удивительно, оказались менее заразными, если были инфицированы BA.2, а не BA.1. Кстати, вирусная нагрузка в целом была выше для случаев BA.2, чем для случаев BA.1, но в группах вакцинированных и ревакцинированных она была одинаковой для обеих сублиний.

Эти результаты говорят о том, что омикрон BA.2 имеет преимущество в передаче по сравнению с BA.1. Хотя прививки до некоторой степени защищают от инфекции, BA.2 лучше уклоняется от иммунитета. Это хорошо видно, если сравнить шансы заразиться BA.2 и BA и отдельно для вакцинированных и для ревакцинированных. В первой группе отношение шансов составило около 2,5, во второй — уже около 3. Однако за это BA.2, возможно, «заплатил» потерей приспособленности в другом отношении. Вакцинированный носитель этой сублинии менее заразен, чем вакцинированный носитель BA.1 (отношение среди полностью вакцинированных и ревакцинированных — 0,60 и 0,62 соответственно).

Таким образом, вакцинированные более чувствительны к варианту BA.2, но если они заразятся им, то будут менее трансмиссивными. Поэтому «непросто предсказать будущую траекторию BA.2 по сравнению с BA.1 или другими вариантами, которые могут возникнуть», отмечают авторы.

Дания, вероятно, уже прошла пик омикрона без значительного подъема смертности. В Москве, по данным ЦСП ФМБА, на прошлой неделе  95,6% случаев коронавирусной инфекции, для которой определен штамм, были вызваны омикроном, и 2% случаев — ВА.2.

91-DIVOC