Тест на ВПЧ в циркулирующей опухолевой ДНК предскажет ответ онкопациентов на терапию

Ученые и врачи из США разработали ПЦР-тест на гены вируса папилломы человека типа 16 (ВПЧ16) в циркулирующей в крови опухолевой ДНК (цоДНК) и проверили характеристики теста на синтетической ДНК, клетках и пациентах.

В предыдущих исследованиях было показано, что ДНК ВПЧ16 присутствует в цоДНК у большинства пациентов с ВПЧ-положительным плоскоклеточным раком ротоглотки. Уровень ДНК ВПЧ16 снижается при успешном лечении и увеличивается при рецидиве. Авторы новой работы предположили, что тест на ВПЧ16 в цоДНК будет точным инструментом для определения ВПЧ-положительного рака и предскажет его прогрессию до радиографической визуализации.

В основе теста лежит цифровая капельная ПЦР. В качестве мишени ученые выбрали участок, включающий начало гена Е6 вируса и вышележащую регуляторную область. Первичную валидацию теста провели на синтетической ДНК ВПЧ16 и ДНК клеток линии ВПЧ-положительного рака UM-SCC-104. Нижний предел обнаружения составил менее пяти копий ДНК вируса на реакцию, что говорит о высокой чувствительности теста. Специфичность подтвердили на ВПЧ-положительных плоскоклеточных опухолях ротоглотки и ВПЧ-отрицательных образцах меланомы.

Клиническая валидация прошла на когорте из 16 пациентов с рецидивирующим или метастатическим плоскоклеточным раком ротоглотки. Новый тест выявил ВПЧ16 у 12 из 16 пациентов; дальнейшая работа проводилась на этих 12. Образцы плазмы крови отбирались в момент включения в исследование и несколько раз в процессе лечения. Одиннадцать пациентов получали химиотерапию, семь — иммунотерапию. Ответ на лечение определяли радиографически и сравнивали полученные данные с результатом ПЦР-теста.

Увеличение уровня ВПЧ16 цоДНК на 60% и более было связано с прогрессией заболевания с чувствительностью и специфичностью 88,9%. У участников с увеличением ВПЧ16 цоДНК менее чем на 60% заболевание оставалось стабильным или частично отвечало на лечение. При этом молекулярная прогрессия детектировалась задолго до радиографической. В случаях радиографической псевдопрогрессии (увеличение опухоли в ответ на лечение с последующим ее уменьшением) число копий ВПЧ16 ДНК снижалась. Медианный срок, за который новый тест предсказывал изменения радиографичекой картины, составил 33 дня.

Ученые считают, что тест на ВПЧ в цоДНК может стать хорошим инструментом, направляющим ход лечения. Однако тест выявил ВПЧ16 лишь у 12 из 16 участников с раком, ВПЧ-положительный статус которого был подтвержден с помощью иммуногистохимии. Среди возможных причин авторы отмечают биологические особенности опухолей, например, их неспособность выделять достаточное для ПРЦ-детекции количество вирусной ДНК. Для увеличения чувствительности теста необходима его дальнейшая оптимизация: корректировка мишени ВПЧ16 или добавление других онкогенных штаммов вируса. В целом полученные результаты говорят о том, что изменение уровня ВПЧ16 цоДНК действительно может обладать предсказательной силой. Для оценки возможности применения нового ПЦР-теста в клинике необходимы большие проспективные исследования.

«Идея в том, что в будущем этот тест даст нам временное окно для поиска альтернативной терапии или клинического исследования», — говорит один из главных авторов работы Пол Свечицкий, онколог в Онкологическом центре Роджеля при Мичиганском университете.