В геномах пациентов с COVID-19 выявили локусы, ассоциированные с повышенным риском дыхательной недостаточности

Европейские исследователи провели полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) между тяжелым течением COVID-19 и генными вариантами в геномах итальянцев и испанцев. Согласно их результатам, вероятность отказа дыхательной системы зависит от группы крови пациента. Работа опубликована на сервисе препринтов medRxiv.

Изображение:

Фермент гликозилтрансфераза, определяющий группу крови человека, — продукт гена ABO

Credit:

Emw | CC BY-SA 3.0 | https://commons.wikimedia.org

Нарушение дыхательной функции — ключевая особенность тяжелых случаев COVID-19 и основная причина смерти пациентов, однако по непонятным причинам она затрагивает только 10% зараженных SARS-CoV-2. Чтобы разобраться в этом вопросе, европейские исследователи провели полногеномный поиск ассоциаций в геномах 1980 пациентов, поступивших в испанские и итальянские медицинские центры с нарушениями дыхания из-за COVID-19. В качестве контрольной группы взяли здоровых итальянцев и испанцев из местной популяции. После контроля качества для финального анализа взяли 35 пациентов и 1 255 здоровых людей из Италии, 775 пациентов и 950 здоровых людей из Испании.

Всего было проанализировано более 8,5 миллионов однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Оказалось, что некоторые из них действительно связаны с тяжестью протекания COVID-19. В генном кластере на третьей хромосоме, который привлек внимание исследователей, присутствует ген SLC6A20, кодирующий белок-транспортер пролина 1 (Sodium/Imino-acid (proline) Transporter 1, SIT1); этот белок экспрессируется в легких и взаимодействует с ангиотензин-превращающим ферментом АСЕ2, поверхностным рецептором клетки, распознаваемым SARS-CoV-2. Частота аллеля риска также была выше у людей, которые были на ИВЛ, по сравнению с теми, кто получал только кислородную поддержку. В этом же локусе, отмечают авторы, находятся гены хемокиновых рецепторов.

Еще одна из найденных ассоциаций расположена в локусе на девятой хромосоме, отвечающем за группы крови AB0. Выяснилось, что у людей с группой крови А риск дыхательной недостаточности при COVID-19 наиболее высок, тогда как группа крови 0 снижает вероятность тяжелого течения болезни. Отношение шансов для группы А по сравнению с остальными группами крови составило 1,45 (ДИ 95% — 1,20–1,75, P=1,48x10-4) а для группы 0 — 0,65 (ДИ 95% — 0,53–0,79, P = 1.06x10-5). Распределение групп крови было одинаковым среди пациентов с ИВЛ и с кислородной поддержкой.

В регионе, отвечающие за комплекс HLA (человеческие лейкоцитарные антигены), ассоциаций найдено не было, хотя для генных вариаций в этом участке известна связь с протеканием других вирусных инфекций.

Это первая работа, сообщающая о генетической предрасположенности к тяжелому течению COVID-19. Авторы отмечают, что из-за недостаточно полных данных о пациентах нельзя исключить воздействие, например, сопутствующих заболеваний на полученные результаты. Однако они помогут выбрать направление дальнейших исследований патофизиологии коронавирусной инфекции.

Источник

D. Ellinghaus et al. // The ABO blood group locus and a chromosome 3 gene cluster associate with SARS-CoV-2 respiratory failure in an Italian-Spanish genome-wide association analysis. // medRxiv, 2020, DOI:  10.1101/2020.05.31.20114991

Добавить в избранное

Вам будет интересно