CeGaT — провайдер секвенирования

Задерживают поставки реактивов, горят сроки по гранту, никто в лаборатории не имеет опыта секвенирования образцов, которые внезапно понадобились для отчета… А может быть, отправим образцы профессионалам, пусть они всё отсеквенируют для нас? Да, это возможно. Более того — вполне доступно.

Компания CeGaT GmbH — один из крупнейших глобальных провайдеров услуг по NGS-секвенированию, также специализируется в области клинической генетики и решений для науки и фармацевтики. О том, как она организована и на что может рассчитывать клиент, рассказывают Кирилл Шур, менеджер компании по развитию бизнеса в Восточной Европе и Центральной Азии, и Алексей Ватлин, генеральный директор компании «Альгавитапро», эксклюзивного дистрибьютора CeGaT в России.

CeGaT в подробностях

 

Что может CeGaT

Кирилл, для начала расскажите немного о CeGaT. Кто вы, как давно вы на рынке?

[КШ] CeGaT — немецкая частная компания, основана в 2009 году. Компания занимается клинической генетикой и решениями для науки и фармацевтики и обладает всеми необходимыми сертификатами качества CAP, CLIA, ISO 15189 и ISO 17025. CeGaT является первой компанией, которая ввела в практику панельную диагностику. Ее штаб-квартира находится в городе Тюбингене на юго-западе Германии, есть также подразделения в США и Китае.

Как давно вы начали работать в России?

[КШ] Так как компания выросла в том числе из одного из старейших в Европе университетов, ее костяк составляют научные сотрудники — ученые, врачи-исследователи, которые участвовали в коллаборациях с исследователями со всего мира, включая и Россию. Наша команда, сотрудники отдела research&development, имеют совместные публикации с российскими учеными. В основном это популяционная генетика, генетика наследственных заболеваний.

Например, со Светланой Александровной Лимборской?

[КШ] Да, это популяционная генетика. Пример по медицинской генетике — работа, в которой принимали участие исследователи из Санкт-Петербурга, Евгений Николаевич Имянитов и Григорий Александрович Янус, о генетических вариантах, вызывающих несиндромальную тугоухость.

Если говорить о ваших российских клиентах из научного сообщества — кто еще к вам обращается? Какие задачи вы помогаете решать?

[КШ] Это научные группы, которые занимаются популяционной генетикой, секвенированием геномов животных, грибов, растений, бактерий — любых типов микро- и макроорганизмов. Это могут быть исследователи рака, как в фундаментальном смысле — основ канцерогенеза, генетики развития опухолей, так и группы, которые занимаются созданием перспективных противораковых препаратов. Это может быть иммунобиология, создание подходов для персонализированного лечения. Наконец, это могут быть люди, которые занимаются сельскохозяйственной генетикой, исследованиями в области защиты и селекции растений, и многие другие. Иначе говоря, решаем задачи от секвенирования бактерий до секвенирования сотен геномов и транскриптомов млекопитающих. Мы, если можно так сказать, NGS-компания, у нас все построено вокруг секвенирования следующего поколения. Генетика и биология сейчас не могут существовать без секвенирования, это неотъемлемая часть любого исследования.

И при этом у вас есть услуги, которые в России не очень развиты: секвенирование малых РНК, секвенирование единичных клеток.

[КШ] Да, но они есть ив России, мы в этом не уникальны. В ближайшее время мы планируем еще расширить спектр услуг, включив платформы с длинными чтениями, long-reads. В настоящий момент мы проводим валидацию и сертификацию оборудования, этапы внутренней оценки, это займет время — но планируем уже в 2023 году начать предлагать эту услугу. Чем еще мы уникальны — у нас огромная ресурсная база, шесть секвенаторов Illumina NovaSeq 6000. На сегодняшний день считается, что это самый мощный секвенатор в мире по производительности и по точности.

Еще одно наше преимущество — мы все делаем сами. Получаем образец, сами выделяем ДНК, сами готовим библиотеки, секвенируем, сами можем биоинформатически обработать, если есть такой запрос. Если это клиника, то сами пишем медицинское заключение, потому что у нас есть практика по клинической генетике. Таким образом, мы можем дать своим клиентам огромное разнообразие услуг в одном месте, Не надо бегать и искать, у кого сделать транскриптом, у кого секвенировать ДНК, у кого РНК отдельных клеток и так далее. Все находится в одном здании, это обеспечивает безопасность — никакие данные, никакие образцы не покидают стены компании, все надежно защищено.

Credit: CeGaT

То есть вы контролируете процесс полностью?

[КШ] Да, и при этом клиент постоянно находится в контакте с одним и тем же человеком. У каждого заказчика имеется персональный менеджер, который ведет проект от начала и до конца. Есть компании, которые отдают часть работы на аутсорс. Это приводит к задержкам, потому что у третьих лиц могут быть свои непредвиденные обстоятельства, могут быть ошибки коммуникации, кто-то кого-то недопонял, «испорченный телефон». В нашем случае такого не происходит.

Вы работаете с любыми источниками нуклеиновых кислот?

[КШ] Если заказчику нужно какое-то эксклюзивное, очень сложное выделение нуклеиновых кислот, например, из клеток мамонта, такую задачу мы не берем на себя. У нас построен определенный лабораторный процесс, который, как конвейер, заточен под самые «популярные» типы стартового материала: клеточные культуры, кровь, FFPE-блоки и т.д.— в этом у нас есть хороший опыт и экспертиза. Для уникальных проектов мы, безусловно, можем рассмотреть возможность, но лучше, чтобы выделением ДНК/РНК из таких объектов занимались специалисты, имеющие соответствующий опыт.

Конечно, древняя ДНК — это отдельная история: нужны особые помещения, гарантия от современных загрязнений…

[КШ] На всякий случай: контаминации у нас не бывает, это гарантируется точными и четкими лабораторными процессами. В случае секвенирования готовых библиотек ДНК, когда заказчик проводит первичную пробоподготовку перед секвенированием у себя в лаборатории, мы не смешиваем образцы на проточных ячейках секвенаторов. Один заказчик — одна ячейка. Это дополнительная гарантия того, что образцы не смешаются. Если же мы сами готовим библиотеки, то мы отвечаем за чистоту работы.

Если вернуться к бактериям: вы метагеномное секвенирование делаете?

[КШ] Да.

Есть патогены, с которыми вы не можете работать из-за требований безопасности?

[КШ] Мы не можем принять от заказчика палочку Коха в пробирке. Или вирус оспы, или возбудителя сибирской язвы — любой опасный для оператора организм. А ДНК, выделенную, например, из туберкулезной палочки, мы можем принять, потому что она уже не опасна.

А кишечная палочка?

[КШ] Кишечную палочку, безусловно, можно. Мы принимаем образцы стула пациентов, там точно есть кишечная палочка. Наши помещения позволяет работать с организмами ее класса безопасности.

Как это делается

У вас шесть приборов NovaSeq 6000, и они постоянно работают. Что это значит для клиентов по срокам исполнения?

[КШ] Сроки достаточно сжатые, и они соблюдаются. Секвенирование готовых библиотек — это 5–10 рабочих дней, если это секвенирование от нуклеиновых кислот до FASTQ-файлов — 15–20 рабочих дней. Может быть и дольше, если требуется выделение ДНКили кастомная биоинформатическая обработка. Тут уже сроки устанавливаются по согласованию с заказчиком. И всегда возможно ускорить исследование. Например, готовые библиотеки делаются до пяти рабочих дней, сделать геном можно в течение 10 рабочих дней. Эта опция стоит денег, но у клиентов бывает разная срочность, разные задачи, мы всё это понимаем и можем сделать быстрее.

Двадцать дней — это от поступления к вам образца и до выдачи результата? А если вместе с доставкой? Если человек из России захотел воспользоваться вашими услугами сегодня, когда в среднем ему ожидать результат?

[КШ] Зависит от того, когда человек готов передать образец. Если он сегодня утром передает, в 9 утра, то через два рабочих дня он будет в Германии. Прибавляйте два рабочих дня.

Можно в месяц уложиться.

[КШ] Да. Если нужно срочно получить результаты.

Наши таможенные законы позволяют отправить биоматериал в Германию?

[КШ] Не только в Германию, отправляют и в США, в Англию. В 2000-е годы было введено таможенное регулирование вывоза биологических образцов за пределы стран Таможенного союза.Но это не было запретом. Просто появились дополнительные формальные ограничения: нужно получать разрешения в Росздравнадзоре, в Минпромторге и затем спокойно вывозить биологические образцы. Для разных образцов потребуются разные типы разрешений, под разные нужды. Если это медицина, то сложнее, если наука, то проще, меньше разрешений нужно. Но все возможно. Здесь в принципе нет особой сложности, просто этим надо заниматься.

Если ваш потенциальный клиент это делает впервые, с чего ему начать? Кто может помочь?

[КШ] Разрешение получают на конкретный адрес, под конкретную лабораторию. Если человеку нужно отправить материал на исследование, ему придется самостоятельно все это пройти, ходить самому в Росздравнадзор и Минпромторг. Можно обратиться за помощью в специализированную фирму, которая занимается оформлениями документов.Получение всех разрешений занимает примерно две недели.

Кто транспортирует биообразцы в Германию?

[КШ] Компания DHL. Это гарантирует скорость, безопасность, сохранность грузов. DHL— глобальный и ответственный перевозчик, мы знаем, что все будет быстро и надежно. Если нужен особый температурный режим — пожалуйста, можно перевозить в сухом льду, от -20 до +4 °С. И по России перевезти проблем нет. DHL отправляет образцы из Москвы, для транспортировки по России есть множество транспортных компаний, любая курьерская служба, которая может доставлять биологические образцы.

Последние политические события не повлияли на ваше желание сотрудничать с Россией?

[КШ] У нас нет абсолютно никаких предубеждений, никакого негатива. Наш бизнес не связан с политикой, мы продолжаем работать в разных странах СНГ. Мы работаем для пациентов, для больных людей, они везде нуждаются в помощи. И ученые везде ученые. 

Технологии секвенирования

Расскажите, пожалуйста, про ваш выбор технологии секвенирования. Почему Illumina?

[КШ] Мы начинали с ней в 2009 году и не собираемся с нее уходить: это зарекомендовавшая себя марка, которая гарантирует качество. Прибор не ломается, работает равномерно, долго, это очень важно, когда ты работаешь с большим объемом образцов, с постоянными запусками. У нас приборы не простаивают, они работают каждый день без перерывов, и нам необходимо качественное оборудование. Illumina, это гарантирует. Это раз. Второе — точность. Мы используем приборы NovaSeq для генетической диагностики. Как пример: в онкодиагностике важна именно высокая точность, потому что в опухолях всегда есть минорные клоны, которые нужно ловить — там могут находиться важные таргеты для подбора терапии. Да и для других пациентов, не только для раковых, точность тоже важна. Только Illumina на сегодняшний день может такую точность гарантировать. С ближайшими китайскими конкурентами разница есть. Пусть это тысячная доля процента, но если мы возьмем всю совокупность данных, которые получаются после секвенирования ракового больного, то одна ошибка может стоить здоровья, да и жизни человеку. Ученые тоже должны получать достоверную информацию. Поэтому мы выбираем лучшее.

 Credit: CeGaT

В 2023 году у вас будут приборы NovaSeq X Plus?

[КШ] Да. Мы одними из первых заказали эту платформу, это еще более производительная система. Там два прибора — NovaSeq X и X Plus; Х — маленький прибор, X Plus должен превзойти предыдущие версии NovaSeq по производительности. Там будет достаточно долгая процедура по выпуску проточных ячеек: сначала одна выходит, потом, вторая. Так или иначе, мы одними из первых в мире заказали эту новую платформу. Когда у нас появится NovaSeq X Plus, мы сможем брать больше образцов, делать их быстрее. Но главное наше событие 2023 года — Pac Bio.

Какую нишу у вас будет занимать PacBio? Что вы будете делать с его помощью?

[КШ] PacBio— это очень точная платформа длинных прочтений. Надеюсь, она будет использоваться для научных задач, для сборки геномов de novo и тому подобного. Но также и для диагностики. Существуют очень сложные для секвенирования гены, и было бы здорово убрать «белые пятна» секвенирования следующего поколения с помощью секвенирования на PacBio. Есть около десятка генов, трудных для NGS — с псевдогенами, повторами. Вот PacBio должен, или попробует все это решить. Планируем его запустить в 2023 году, и тогда мы станем первыми, кто в России предлагает PacBio для ученых. Но будет долгий процесс получения на него всех сертификатов, аккредитаций. В Германии, как и в России, каждый тест должен иметь аккредитацию.

Давайте еще раз уточним про безопасность.Действительно ни один гиг информации не покидает стены компании?

[КШ] Да. Все данные находятся в одном здании, сейчас рядом строится второе — будут в двух зданиях одной компании. Когда готовы данные секвенирования, для каждого клиента создается «комната» на сервере, dataroom. Пароль от нее знает только заказчик; его генерирует система и отправляет электронным письмом на указанный адрес. Никто из сотрудников компании пароля не знает и доступа в комнату не имеет. У нас есть только две опции — загрузить и удалить. Данные удаляем через три месяца, по согласованию может быть другой срок, но годами мы их не храним.

Если бы вас попросили сформулировать философию компании CeGaT в нескольких словах, какие бы это были слова?

[КШ] В целом философия такая: мы всегда стараемся идти в ногу со временем, но не терять качества. Мы не стремимся поскорее обставиться самыми новыми приборами ради приборов, чтобы предложить пациентам или клиентам какие-то невообразимые платформы и технологии. Ниша, которую мы хотим занимать, — быть теми, кто гарантирует высокое и равномерное качество выполнения работ. Как истинно немецкая компания. «Мерседес» всегда был, есть и будет хорошей машиной,у нас такой же принцип — мы всегда были, есть и будем высококачественным провайдером секвенирования. Клиент может быть уверен, что каждый следующий отправленный им такой же образец даст тот же результат, — высокая равномерность в выходе данных, в качестве данных. Нас за это и ценят. Так что, наверное, — «made in Germany». Поддержка нашей торговой марки. Качественный продукт, который не нуждается в пересмотре. По опыту: Всегда есть люди, которые сомневаются, но сколько бы раз ни перепроверяли данные, мы всегда были правы.

Россия: самостоятельность против специализации

Можно несколько слов о вашем российском представителе?

[КШ] Конечно. «Альгавитапро» является официальным эксклюзивным дистрибьютором наших услуг для науки на территории России. Можно сказать, что это наше лицо в России.

[Алексей Ватлин]: И мы можем выполнять разнообразные услуги, про которые говорил Кирилл, в том числе и выделение ДНК и РНК.

[КШ] Например, CeGaT не выделяет ДНК из листьев растений, так как это не самый частый запрос, делать наборы для такой задачи нерационально. А вот «Альгавитапро» может сделать экстракцию, если клиенту это нужно, и отправить нам готовую ДНК.

[АВ] Также у нас есть отдельные биоинформатические услуги. Мы стараемся даже расширить услуги CeGaT в России, потому что в каждой стране есть свои запросы, свои требования к исследователям от научных фондов и так далее. Поэтому мы можем обсуждать какие-то уникальные запросы, чтобы клиентам было максимально удобно. Вот приходят к нам с клетками и говорят: я хочу получить готовый результат, сырые данные не нужны, я хочу, чтобы данные были обработаны. Мы обсуждаем, какие конкретно есть задачи, какие нужно применять биоинформатические подходы, как делать и что делать. А если человек говорит, что будет обрабатывать сам,— без проблем. Вся эта история с секвенированием, с биоинформатикой — у меня такой подход, что научных сотрудников можно и нужно освободить от этой работы, чтобы они могли передать ее на аутсорс в компании, которые занимаются этим постоянно. Ученые должны решать свои уникальные задачи, а компании будут заниматься «текучкой», стандартными задачами, про которые всем известно, как их выполнять. И главная цель — чтобы уникальные задачи от ученых были преобразованы в обыденные вещи, которые могут коммерциализироваться и продвигаться на рынке.

[КШ] В России была такая программа: выделяли деньги на обновление приборной базы, и все купили себе по секвенатору. Теперь секвенатор есть в каждом институте, и он не используется. Ведь даже содержать секвенатор дорого, обслуживание, труд человека, который на нем работает, — это все стоит денег. Преимущество таких компаний, как CeGaT,в том, что мы являемся профессионалами, экспертами в области секвенирования. Ученый,например, для проведения филогенетического анализа отдает свой материал нам, мы выполняем лабораторную работу, и выполняем ее качественно, исключая возможность ошибки из-за человеческого фактора. Ученому остается только обработать данные и заниматься их осмыслением.

Думаю, это правильно: выделение нуклеиновых кислот не должно быть научной задачей, а должно быть рутиной.

[АВ]: Еще одна проблема на сегодняшний момент — наша страна попала под ряд ограничивающих санкций, которые коснулись и части реагентов для секвенирования. Когда реагенты нужно ждать по полгода, это усложняет процесс, увеличивает сроки. А мы предлагаем простое решение — сделать все за 3–4 недели, и все риски по подготовке библиотек и процедуре секвенирования берем на себя. Вообще, я не знаю, насколько сейчас имеет смысл держать секвенатор в лаборатории. Если есть возможность его все время эксплуатировать, то, конечно, он нужен. Но в большинстве случаев возможности загружать секвенатор с утра до ночи просто нет, кроме уникальных и очень крупных лабораторий, институтов, федеральных центров. А в небольшой лаборатории — вот ты купил огромный секвенатор под какой-то проект, но проект через несколько лет закончится, сейчас еще и санкции. В результате прибор простаивает, он себя не окупает. Ты держишь персонал на зарплате, без опыта работы персонал начинает забывать, как и что делать. Насколько в данный момент это необходимо? Не знаю.

Есть оценки, что российский парк секвенаторов загружен работой на 10–20%.

[АВ]: Это примерно так и есть, к сожалению.

[КШ] Была возможность — все купили, а зачем, непонятно. У нас пока не ушло представление о том, что нужно все делать самому. Есть люди, которые не доверяют аутсорсу, боятся, по разным причинам хотят делать у себя в лаборатории. Покупают проточный цитометр, секвенатор или масс-спектрометр, он стоит и не работает, потому что не нужен лаборатории, — полно таких примеров. Но это ошибочно. Есть не только CeGaT, есть другие и центры с разными специализациями. Там профессионалы выполняют эти задачи каждый день, постоянно. Они работают в том числе и на свою репутацию, на развитие, и гарантированно дают качественный результат. Поэтому клиенту не придется переживать, ошибется ли его аспирант или не ошибется в следующий раз, когда будет делать библиотеку. Это же классическое разделение труда: когда нужен меч — идешь к кузнецу, нужна одежда — идешь к швее.

«Доверьтесь профессионалу» — вот еще один слоган?

[КШ] Да! Это логично, и мы к этому идем.

 


CeGaT в подробностях. Все разнообразие услуг по секвенированию

Компания CeGaT была основана в 2009 году как стартап Тюбингенского университета. Это один из старейших университетов Германии; среди его выпускников и преподавателей одиннадцать лауреатов Нобелевской премии, в основном по физиологии или медицине и по химии.

Генетический анализ в современном мире применяется повсеместно: это и медицина, и исследования, и фармацевтика. Найти причину редкого заболевания, помочь онкологам подобрать терапию рака, провести генетический анализ для клинических испытаний или фармакологических разработок — все это может компания CeGaT.

CeGaT постоянно инвестирует в самое современное оборудование и расширяет свое портфолио. Это дает возможность поддерживать объемы выполняемых услуг при хорошей скорости исполнения заказов. В апреле 2022 года компания приобрела свой шестой NovaSeq 6000. Шесть секвенаторов такого класса позволяют производить до 36 терабаз менее чем за два дня.

Основные направления работы компании — генетическая диагностика и NGS-сервис для исследований/фармкомпаний. Лаборатория обладает высшими международными сертификатами и аккредитациями, в том числе CAP, CLIA, DIN EN ISO 15189 и 17025, что гарантирует высокое качество работ.

Секвенирование для исследователей и фармкомпаний

CeGaT ставит перед собой задачу — сделать секвенирование нового поколения более доступным. Компания использует самые современные технологии. Это, а также клиентоориентированность и знания, накопленные при использовании секвенирования для клинической диагностики, выделяет CeGaT на фоне конкурентов. Каждому проекту назначается менеджер, который проследит за процессом от начала до завершения. Компания старается удовлетворить все пожелания клиентов.

Секвенирование генома

В геноме заключена вся генетическая информация организма. Чтобы изучить ее наиболее полно, нужно полногеномное секвенирование (WGS), и самый лучший способ достичь этого — использовать секвенирование нового поколения (NGS). Сравнив прочитанный геном с референсным, можно выявить отличия — однонуклеотидные вариант (SNV), инсерции и делеции (инделы), вариации числа копий (CNV) и структурные варианты (SV).

WGS нужно для исследований рака и других заболеваний, поиска биомаркеров, программ по разведению животных и растений, изучения микроорганизмов. CeGaT предлагает дополнительную биоинформатическую обработку данных. Для секвенирования используется система Illumina NovaSeq 6000.

Сырые данные готовы уже через 15–20 рабочих дней, это время можно уменьшить при определенных условиях. Данные секвенирования можно загрузить с сервера компании либо получить на твердом носителе. Оригинальный образец и, если возможно, изолированная ДНК хранятся на сервере в течение трех месяцев, а данные секвенирования — в течение пяти месяцев.

Секвенирование экзома

Секвенирование экзомов  применяется в исследованиях популяционной генетики, генетических заболеваний и рака. У компании CeGaT большой опыт в этой области. Она предоставляет поддержку на всех этапах, начиная от выделения ДНК из разнообразных источников и кончая анализом данных. В последнем помогает огромный опыт компании по изучению человеческого генома и диагностики опухолей.

Каждый проект находится под руководством ученого, который является менеджером проекта и контактным лицом. В конце клиент получает детальный отчет о качестве образца, параметрах секвенирования, биоинформатическом анализе и референсе.

Условия секвенирования и выдачи данных такие же, как при полногеномном секвенировании.

Секвенирование транскриптома

Транскриптом — это вся РНК, которая присутствует в ткани в какой-то момент времени. Присутствие РНК и ее количество определяются метаболическим состоянием клетки; на него влияют внутренние и внешние факторы. Секвенирование транскриптома позволяет детектировать молекулы РНК и определить их относительное количество. В науке секвенирование транскриптома используется во многих областях, например, для оценки уровня экспрессии генов или для детектирования альтернативного сплайсинга и новых транскриптов.

CeGaT предлагает секвенирование всего транскриптома, а также кодирующего транскриптома. Возможен и кастомный заказ. Клиент получает высококачественные результаты, ведь компания имеет огромный опыт в диагностике.

Данные секвенирования готовы через 15–20 рабочих дней, можно и быстрее. Общее время анализа зависит от качества РНК и уровня необходимой биоинформатической обработки. Данные можно скачать с сервера или получить на переносном жестком диске. Образцы и нуклеиновые кислоты хранятся в компании в течение трех месяцев, информация — в течение пяти месяцев. Доступны различные опции для биоинформатического анализа данных, такие как аннотация по Gene Ontology.

Панельное секвенирование

Генетическая панель покрывает определенный набор областей генома. Набор целевых генов обогащается и после этого секвенируется. Таким образом интересующие исследователей гены можно проанализировать во многих образцах одновременно и с высоким покрытием. К тому же генерируется намного меньше данных, которые требуется проанализировать.

Само секвенирование занимает 20–30 рабочих дней. Время завершения всего проекта зависит от сложности панели. Сроки оговариваются заранее. Более 99% таргетов всех панелей CeGaT секвенируются с покрытием по крайней мере 30x. Есть возможность создать кастомную панель. После получения сырых данных выполняется биоинформатический анализ.

Секвенирование готовых библиотек

Клиенты могут секвенировать свои готовые NGS-библиотеки, используя ресурсы компании — секвенаторы MiSeq или NovaSeq 6000 от Illumina. Компания может подогнать параметры по требованиям проекта. Сроки исполнения — 5–10 рабочих дней. Возможен дополнительный биоинформатический анализ.

Секвенирование РНК единичных клеток

Человеческое тело состоит из более 30 триллионов клеток. Все они очень различаются по транскриптому, даже если произошли из одной ткани или органа. Такая гетерогенность может быть как нормальным состоянием здоровой ткани, так и предвестником злокачественного перерождения или начала иммунологического заболевания. Традиционное РНК-секвенирование многих клеток не способно приблизить ученых к пониманию гетерогенности клеточной популяции. Но с новой технологией секвенирования РНК единичных клеток стал возможен анализ индивидуальных транскриптомов тысяч клеток одного образца.

CeGaT использует систему Chromium компании 10x Genomics и самые современные технологии NGS для профилирования 500–10 000 единичных клеток на образец и восьми образцов за один раз. А огромный опыт секвенирования помогает оптимизировать процесс.

Секвенирование единичных клеток используют для детекции гетерогенности опухоли, отслеживания происхождения дифференцированных клеток, оценки ответа на терапию, открытия биомаркеров.

Данные секвенирования будут готовы через 20–30 рабочих дней, общее время проекта зависит от количества образцов. Полученные данные анализируются с помощью программы Cell Ranger software от 10x Genomics®, а также с помощью дополнительного биоинформатического инструментария.

 Credit: CeGaT

Секвенирование малых РНК

Короткие молекулы РНК играют важную роль в сайленсинге генов и посттранскрипционной регуляции генной экспрессии. Секвенирование малых РНК позволяет детально проанализировать эти молекулы. Это важная часть идентификации новых биомаркеров.

CeGaT берет на себя все этапы анализа малых РНК от экстракции до анализа данных. Сырые данные секвенирования автоматически обрабатываются для того, чтобы можно было начать их анализ. Дополнительная биоинформатическая обработка данных также доступна в CeGaT.

Анализ метилома

Метилирование ДНК — эпигенетическая модификация, которая играет важную роль в регуляции экспрессии генов, дифференцировке клеток и геномном импринтинге. При этом последовательность самой ДНК не меняется. Метильные группы переносятся на цитозин метилтрансферазами. У млекопитающих 5-метилцитозины и 5-гидроксиметилцитозины обычно обнаруживаются в контексте CpG-динуклеотидов, однако в других организмах они могут находиться в других местах.

Изменения эпигенетической сигнатуры происходят в норме при развитии клетки и старении. В то же время ДНК-метилирование тесно связано с патологическими процессами, такими как рак, метаболические и неврологические заболевания. ГипометилированиеCpG-островков (геномное и локальное) дестабилизирует геном и способствует прогрессированию рака.

CeGaT предлагает полногеномный анализ метилома для детекции паттернов метилирования по всему геному, включая области с низкой плотностью CpG-динуклеотидов. Во время подготовки библиотек неметилированные цитозины превращаются в урацилы, после чего их можно отличить от метилированных и гидроксиметилированных цитозинов.

Для конверсии CeGaT использует энзиматический метод (EM-seq™). По сравнению с бисульфитной конверсией, которую обычно применяют в анализе, это более мягкий подход, который меньше повреждает ДНК. В результате заказчик получает высококачественные данные, которые можно использовать для поиска биомаркеров, клинических исследований терапий, связанных с метилированием, и других научных работ.

Добавить в избранное