Комплексные решения для микробиологии — на «Молекулярной диагностике и биобезопасности»

27–28 апреля 2023 года прошел конгресс с международным участием «Молекулярная диагностика и биобезопасность». Большой интерес посетителей привлекла продукция, представленная компаниями-участниками, а также информация об опыте коллег, которые досконально разобрались в деталях функционирования оборудования и с энтузиазмом делились знаниями, полученными в ходе работы на приборах. Наш материал содержит подробную информацию о безопасном массовом способе тестирования на туберкулез, решениях в области автоматизации ПЦР-лабораторий и комплексном решении в области современной микробиологической лаборатории: гемокультивировании, масс-спектрометрии и оценки чувствительности к антимикробным препаратам от китайского производителя Autobio Diagnostics.

Изображение:

На стенде ООО «ИнтерЛабСервис»

Credit: Юлия Панченко

Помимо докладов о состоянии молекулярной диагностики в целом, прогнозах и перспективах в РФ, значительная часть времени на конгрессе была уделена наглядной демонстрации оборудования и обучению специалистов по направлениям, которые понадобятся в дальнейшей работе. Председатель двухчасового персонального симпозиума, директор по маркетингу ООО «ИнтерЛабСервис», Сергей Толмачев, обозначил тематику последующих докладов и открыто сообщил слушателям симпозиума, что даже в текущих реалиях компания не испытывает проблем с поставками. Представленное на стенде ООО «ИнтерЛабСервис» оборудование и готовые решения к нему не подвержены санкциям, перебоев с поставками не ожидается, и к следующему конгрессу планируется представление альтернативной линейки амплификаторов для молекулярной и ПЦР-диагностики. Сергей с первых минут симпозиума напомнил слушателям, что все оборудование и реагенты, о которых будут рассказывать коллеги, находится на выставочном стенде компании и в данный момент есть возможность не только послушать доклады, но и задать любые интересующие вопросы, лично ознакомиться с работой оборудования.

Кандидат биологических наук, менеджер по развитию бизнеса Жанна Альхова, открывала симпозиум докладом «Комплексное решение в области микробиологии: масс-спектрометрия, культуры крови и оценка чувствительности к антимикробным препаратам», сделав акцент на масс-спектрометрию в области микробиологии. Она подробно рассказала слушателям, что много лет занималась созданием ПЦР тест-систем для особо опасных инфекций, а последние пять лет — высокопроизводительным секвенированием. При этом она плотно сотрудничала с коллегами, которые занимались масс-спектрометрическим анализом особо опасных бактерий.

 Жанна Альхова Credit: Юлия Панченко

Масс-спектрометрический анализ в области микробиологии позволяет получить результаты всего за 24–96 часов, тогда как классическая микробиология требует не менее пяти дней ожидания конечного результата.

Существует огромное количество масс-спектрометров. Еще восемь лет назад Альберт Лебедев, основатель Общества масс-спектрометристов России, говорил о том, что существует несколько сотен масс-спектрометров и что сложнее сказать, где не применяется масс-спектрометрия, чем где применяется. Важно и то, что от правильного выбора масс-спектрометра зависит успешное решение аналитической задачи.

Различные типы масс-спектрометров объединяет принцип действия прибора, по которому проводится анализ вещества. Метод масс-спектрометрии основан на пространственном или временном разделении различающихся по массе и предварительно ионизированных молекул, поскольку масс-спектрометр «видит» только ионы.

Так, на входе в масс-спектрометр исследуемая колония микроорганизма, сокристаллизованная с матрицей, ионизируется ионным источником. Далее исследуемый образец попадает в масс-анализатор, а затем в детектор, где полученные данные обрабатываются с помощью специального программного обеспечения и сопоставляются с базой данных микроорганизмов, имеющейся на этом масс-спектрометре.

Кроме этого, Жанна отметила, что масс-спектрометрия бывает количественной и качественной и что в данном докладе речь пойдет о качественной масс-спектрометрии формата MALDI-TOF-MS, поскольку в микробиологии для исследования рибосомальных белков микроорганизмов, которые сравнивают с отпечатками пальцев у человека, используется именно эта технология — матричная активированная лазерная десорбция и ионизация и времяпролетный масс-спектрометр. По литературным источникам и опыту работы наших пользователей очевидно, что пробоподготовка в масс-спектрометрии имеет решающее значение. Как говорится, trash in — trash out. Очень важно то, что происходит на металлической пластине, где происходит сокристаллизация образца с матрицей.

ООО «ИнтерЛабСервис» осуществляет поставку масс-спектрометров линейки Autof MS от компании Autobio Diagnostics (Китай) на всей территории РФ, являясь её стратегическим партнером с 2023 года.

Чтобы лучше понимать, насколько надежным и качественным является оборудование, производимое той или иной компанией, необходимо знать о ней ключевую информацию: когда она была основана, ее стратегию развития, награды и публикации в высокорейтинговых журналах, подтверждающие работу оборудования. Так, Autobio Diagnostics была основана в 1998 году. В настоящее время она лидирует на китайском рынке в области биохимии, микробиологии и иммунологии. Autobio сотрудничает с ВОЗ и поставляет свою продукцию в Европу, США и Африку. Акции торгуются на биржах мира уже с 2016 года. Масс-спектрометры этой компании вышли на рынок на потоке в 2019 году, первые же приборы были произведены еще в 2016 году. Хотелось бы отметить, что при разработке Autobio Diagnostics старалась устранить на своих приборах слабые стороны альтернативных европейских приборов. За последние несколько лет развития компанией Autobio Diagnostics было получено более 30 патентов, из них 17 патентов на изобретения.

Парк оборудования нашей компании постоянно обновляется и пополняется, заметила Жанна Альхова. В настоящий момент это: гемокультиваторы BC60 и BC120, анализатор антибиотикочувствительности AutoMic — i600 и несколько моделей масс-спектрометров Autof MS. В декабре 2022 года на Autof MS 1000 и реагенты к нему были получены регистрационные удостоверения.

Масс-спектрометры линейки Autof от Autobio Diagnostics проводят быструю и точную автоматическую идентификацию микроорганизмов. Они также могут выполнять анализ нуклеиновых кислот (генотипирование). На некоторых приборах есть возможность работы в режиме отрицательных ионов. В ближайшее время ожидается получение РУ на другие модели масс-спектрометров Autof MS — 600, 2000 и 2600.

Далее Жанна Альхова сравнила все модели масс-спектрометров по техническим характеристикам. Основная часть пользователей в первую очередь обращает внимание на ресурс лазера, скорость работы и функционирование. Самые простые модели имеют лимит в работы лазера в 400 млн выстрелов. У альтернативных европейских приборов гарантированный лимит выстрелов — 60 млн. У продвинутых моделей (MS 2000 и MS 2600) лимит лазеров — 7 млрд выстрелов. Эти же приборы имеют твердотельный лазер. Дополнительно установленные фильтры на Autof MS 1600 и MS 2600 позволяют работать в режиме отрицательных ионов, который дает возможность работать с липидами и полисахаридами микроорганизмов. На данных моделях имеется функция генотипирования, которая в настоящее время находится на стадии доработки ПО. Есть реагенты и специальные металлические пластины на 96 и 384 образца.

База данных микроорганизмов от компании Autobio Diagnostics — одна из самых обширных. В ней микроорганизмы разделены на группы: клинические, производственные, а также другие разделы, например, микроорганизмы воды и кишечника. Для тех, кто работает с микроорганизмами I и II групп патогенности, готовой базы данных нет, ее необходимо создавать с нуля. Но, по мнению пользователей, на приборах Autobio это можно сделать гораздо проще, чем на альтернативных приборах европейских производителей.

Еще одно преимущество работы на масс-спектрометрах Autobio Diagnostics — наличие пластин двух видов: сборной и цельной. Сборная пластина увеличивает поток анализа и снижает риск контаминации. Если нет времени на обработку пластины, можно использовать накладки. При покупке масс-спектрометра в наборе к нему идут 10 накладок и 2 адаптера.

Второй вариант — это многоразовая цельная пластина, аналог пластины компании Bruker Daltonics (Германия).

Комплект реагентов для пробоподготовки к масс-спектрометрическому анализу стандартный, как и у альтернативных приборов. Это лизат 1, куда входит раствор муравьиной кислоты, лизат 2 с раствором ацетонитрила, буфер — раствор трифторуксусной кислоты, матрица в классическом варианте — альфа-циано-4-гидроксикоричная кислота. Калибратор содержит РНКазу, миоглобин и экстракт белка, полученный из штамма E. coli DH5a.

Пробоподготовка бывает двух видов — ручная и автоматическая. Ручная пробоподготовка подразделяется на расширенный метод нанесения и метод прямого нанесения. Важно отметить, что все существующие протоколы пробоподготовки совпадают как у приборов от компании Autobio Diagnostics, так и у альтернативных европейских приборов. А для работы с кровью, например, есть усовершенствованный протокол с применением сапонина.

При большом потоке образцов производитель рекомендует использовать автоматическую пробоподготовку на станции AutoMimo 1200, на которую можно загружать одновременно две металлические пластины как для микробиологического исследования, так и для генотипирования. Производительность — около 1000 образцов в час.

Программное обеспечение масс-спектрометра в основном представлено двумя программами. Первая программа — это Autof Acquirer. В ней формируется и запускается постановка. Интерфейс здесь похож на используемый на альтернативных приборах от компании Bruker Daltonics. Вторая программа — это Autof Analyzer. С ее помощью полученные масс-спектры рибосомальных белков сопоставляются со спектрами из базы данных микроорганизмов. На масс-спектрометрах Autof MS полученные результаты можно сохранять в нескольких форматах: PDF, HTML, PNG, JPEG.

Достоверность идентификации выдается в баллах, в соответствии со шкалой (Score). От 0 до 6 — ненадежная идентификация, от 6 до 9 — идентификация до рода, от 9 до 9,5 — идентификация до вида, от 9,5 до 10 — вероятная идентификация до штамма. Ненадежная идентификация может происходить, как правило, по двум причинам: из-за плохой пробоподготовки или если микроорганизма нет в базе данных.

В настоящее время производитель Autobio Diagnostics дорабатывает русскоязычную версию ПО и готов представить её пользователю к концу 2023 года.

Далее Жанна Альхова сделала вывод по программному обеспечению и дала пояснения по каждому пункту. Так, ПО обеспечивает:

- автоматическое формирование отчетов с результатами идентификации;

- сохранение отчетов в различных форматах;

- интеграцию в ЛИС;

- возможность создания и использования различных параметров и методов калибровки;

- наличие дополнительных функций для анализа (статистический анализ, филогенетический анализ, 3D-визуализация, кластерный анализ);

- возможность использования базы данных микроорганизмов онлайн и локально;

- возможность создания и использования собственных баз данных.

Основным ориентиром для пользователя с точки зрения показателя хорошей работы прибора Жанна Альхова назвала наличие научных публикаций в высокорейтинговых журналах, где отражена реальная работа приборов в сравнении с альтернативными европейскими и китайскими масс-спектрометрами, работающими по технологии MALDI-TOF-MS. В качестве доказательства докладчица представила список таких публикаций и заметила, что анализ грибов по Score у китайского производителя Autobio Diagnostics даже лучше, чем на альтернативных европейских приборах.

После этого докладчица отметила, что масс-спектрометры линейки Autof MS можно применять не только в микробиологии, но и в тестировании пищи, воды, в ветеринарии, а также для научных исследований. На любом этапе работы с оборудованием от Autobio Diagnostics ООО «ИнтерЛабСервис» окажет сервисную поддержку и даст консультации любого уровня сложности.

Далее Жанна Альхова заметила, что на масс-спектрометрах китайского производителя предустановлен модуль антибиотикочувствительности для определения карбапенемазной и бета-лактамазной активностей. Но данное решение в России не пользуется спросом, поскольку, по мнению пользователей, удобнее применять специализированное оборудование и уже отработанные годами методы для определения чувствительности к антимикробным препаратам. 

В завершение своего доклада Жанна Альхова пригласила всех слушателей к знакомству с оборудованием на выставочный стенд ООО «ИнтерЛабСервис», где можно будет задать любые вопросы и получить ответы по комплексному решению в микробиологии от компании Autobio Diagnostics.

Станислав Свириденко, ведущий специалист по продукции, продолжил симпозиум с темой «Гемокультивирование и оценка чувствительности к антимикробным препаратам». Гемокультиваторы — анализаторы для скрининга микроорганизмов в образцах крови и прочих жидкостей, получаемых от человека, в норме стерильных.

 Станислав Свириденко Credit: Юлия Панченко

Компания Autobio Diagnostics занимается гемокультивированием более 10 лет. Примерно столько же на рынке находится прибор BC120. В Китае их установленная численность составляет около тысячи.

Анализатор AutoMic-i600 для определения антибиотикочувствительности можно использовать также и для идентификации микроорганизмов. Сейчас ООО «ИнтерЛабСервис» регистрирует только панели для определения чувствительности к противомикробным препаратам, но в будущем планируется и регистрация комбинированных панелей.

Имеющееся оборудование покрывает все этапы микробиологического процесса, от посева и выделения до идентификации и определения антибиотикочувствительности. Так, для Autof MS1000 получено РУ, а релиз посевной станции Autostreak 1800 назначен на III-IV квартал 2023 года (посев осуществляется с помощью гребенки).

Отдельно стоит обратить внимание на недавно выпущенный Приказ Министерства здравоохранения РФ № 464н «Об утверждении Правил проведения лабораторных исследований». Приложение 8 касается оснащения микробиологических лабораторий. Там указано, при каких потоках рекомендовано приобретение станций гемокультивирования. Так, если в лабораторию поступает от пяти образцов крови или других в норме стерильных жидкостей, можно оснащать лабораторию именно этим прибором. Он полностью подходит под протоколы и задачи.

Еще одно оборудование — BC60 — более новый прибор, релиз состоялся в прошлом году. Прибор рассчитан на 60 флаконов. Флакон на борту прибора считывается раз в 10 минут. Для каждой секции можно настроить свою температуру инкубации. Метод перемешивания флаконов — качание, метод детекции — колориметрия. Есть цветовая индикация состояния флаконов на борту прибора плюс звуковое оповещение. Также есть возможность установки анонимных флаконов, то есть образцов, для которых из отделения поступило очень мало информации.

BC120 — точно такой же прибор, но у него две секции, разделенные перегородкой. В каждой секции можно задавать свою температуру инкубирования. Также для перемешивания используется качание, для детекции колориметрия. Флаконы для гемокультивирования такие же, как и для BC60.

Приборы предназначены для скрининга, они могут только сказать, есть культура в образце или нет. Образец крови можно напрямую отбирать во флакон или сначала в пробирку, потом переносить во флакон. Потом флакон с образцом сканируется, флакон загружается в прибор, начинается инкубация.

На данный момент на регистрации находятся три типа флакона — MC0301 (флаконы со смолой для выделения аэробной культуры), MC0302 (флаконы со смолой для выделения анаэробной культуры), MC0303 (педиатрические флаконы со смолой для выделения аэробной культуры). В педиатрические флаконы можно вносить 1–5 мл (в крайнем случае — 0,5 мл) образа по сравнению с 8–10 для обычных флаконов. Назначение флакона — разбавить образца для снижения бактерицидного действия крови. Также адсорбент (в нашем случае это смола) нейтрализует антибиотики в крови. Все это позволяет микроорганизмам, если они были в образце, размножаться.

Каждый флакон рассчитан на 20–40 мл. Детектируется образование CO2, выделяемого микроорганизмами. При этом среда подкисляется, а pH-индикатор изменяет цвет с темно-синего на темно-оранжевый. В каждом флаконе создан вакуум для возможности прямого отбора крови. Среднее время выдачи положительного результата, если все было сделано правильно, — в пределах 24 часов. В аэробных флаконах хорошо растут не только бактерии, но и грибы, в частности, кандиды. Однако выдача положительных результатов на кандиды требует большего времени (около 26–27 часов).

ПО достаточно простое. Инкубируемый флакон выделяется синим цветом, положительный — красным, отрицательный — зеленым. Всегда можно вывести статистику по положительным и отрицательным флаконам. Анонимные флаконы обозначены вопросительным знаком.

Каждые 10 минут прибор регистрирует изменение цвета. Если цвет начнет изменяться, то на второе-третье считывание прибор выдаст положительный результат. Можно приступать к высеву культуры, идентификации и определению антибиотикочувствительности.

Если поток увеличился, можно докупить дополнительные модули без компьютера, чтобы увеличить пропускную способность лаборатории. Всего можно установить до 6 модулей, подключенных к одному компьютеру.

Были выпущены статьи, посвященные в основном сравнению анализатора с другими приборами. Качество анализа сравнимо с аналогами.

В соответствии с приказом № 464н, в лабораториях, анализирующих от 100 образцов в день, должен использоваться анализатор антибиотикочувствительности. В диагностических центрах, краевых, областных и городских больницах, анализирующих от 500 образцов в день, нужно использовать два анализатора.

Основные отличительные особенности AutoMic-i600 — автоматизация рабочего процесса. На борту прибора происходит автоматическое пипетирование образцов, перенос, инкубация и интерпретация результатов. В лунках оценивается рост микроорганизмов. Если роста нет, то микроорганизм чувствителен к данному антибиотику в данной концентрации, если рост есть, то резистентен.

Вместимость прибора — 64 планшета по 120 лунок. Пять типов панелей находятся на регистрации — на грамположительные и неферментирующие бактерии, энтеробактерии, стрептококки и грибы.

Рабочий процесс приблизительно такой же, как на аналогичных приборах других фирм. Приготавливается бактериальная суспензия по Макфарланду, культура переносится во флакончик, добавляется индикатор, держатель флаконов переносится в анализатор, штрихкод сканируется, данные вносятся в ПО, загружаются панели, начинается автоматическая часть анализа.

Каждая панель содержит 120 лунок. В каждую лунку внесены лиофилизированные антибиотики, кроме одной контрольной ячейки. На каждый препарат — 5–6 разведений. Минимальная ингибирующая концентрация — это первая ячейка, в которой отсутствует рост. Есть возможность ручного использования планшетов без анализаторов и выявления фенотипов резистентности, таких как MRSA, VISA, VRSA, ESBL и так далее.

Простое и интуитивно понятное ПО позволяет валидировать результаты, а также работать без самого анализатора при небольших потоках.

В завершении представления оборудования, Станислав пригласил коллег воочию посмотреть на приборы, которые специально были привезены на мероприятие. 

Специалист по маркетингу Екатерина Юдина представила слушателям доклад «TB-Feron IGRA — современная IGRA тест-система для диагностики латентной и активной форм туберкулеза».

 Екатерина Юдина Credit: Юлия Панченко

По данным ВОЗ, треть населения мира инфицирована микобактериями туберкулеза. Ежегодно заболевают туберкулезом 10 млн человек, умирают от туберкулеза 1,2 млн человек, еще 208 тыс. — от инфекции ТБ/ВИЧ.

Примерно у 10% пациентов латентная форма туберкулеза переходит в активную.

На начало 2022 года туберкулезом заболевало в среднем 125 человек на каждые 100 000 населения. Средняя цифра заболеваемости падала на 1–2% в год. Однако пандемия привела к снижению охвата профосмотрами, отсрочке планируемых госпитализаций и неконтролируемому лечению. В результате выросла заболеваемость ТБ, увеличилось число больных с лекарственно устойчивым ТБ и доля тяжелых форм ТБ, вырос риск смертности.

Туберкулез — основная причина смерти ВИЧ-инфицированных больных. Разные формы ТБ определяются у значительной части умерших. Для пациентов с ВИЧ характерно крайне быстрое прогрессирование патологического процесса. Все впервые выявленные больные с ВИЧ (взрослые и дети) должны быть обследованы на предмет исключения латентной туберкулезной инфекции и активного туберкулеза.

Помимо ВИЧ-инфицированных пациентов, к медицинской группе риска относятся больные сахарным диабетом, принимающие цитостатики и глюкокортикоиды, а также лица, переболевшие COVID-19. К социальным группам риска относятся лица без определенного места жительства, мигранты, беженцы и переселенцы, лица, страдающие алкоголизмом и наркоманией, безработные, заключенные и освобожденные из мест лишения свободы.

Основной метод выявления латентной туберкулезной инфекции — это иммунодиагностика. Она проводится in vitro и in vivo. К иммунодиагностике in vivo относятся кожные тесты. Однако они имеют ряд недостатков:

- в их состав входят низкоспецифичные производные белка;

- есть перекрестная реакция с БЦЖ;

- возможны ложные результаты для иммуносупрессивных пациентов;

- это ручные тесты с субъективной интерпретацией результата;

- отсутствует положительный контроль;

- врача нужно посещать дважды, результаты будут готовы через 48–72 часа.

К in vitro тестам относят так называемые IGRA-тесты — измерение интерферона-гамма, вырабатываемого сенсибилизированными T-лимфоцитами в ответ на специфические антигены микобактерии туберкулеза:

- в них используются специфичные антигены;

- нет перекрестной реакции с БЦЖ;

- тесты подходят для иммуносупресивных пациентов;

- возможна автоматизация анализа;

- есть положительный контроль;

- врача нужно посещать только один раз, результат доступен через 24 часа.

Набор Standard E TB-Feron IGRA производит корейская компания SD Biosensor. В набор входят пробирки и реагенты для тестирования 28 пациентов. Срок годности — 15 месяцев. Есть все разрешающие документы.

IGRA-тесты прописаны в рекомендациях по диагностике и лечению туберкулеза у пациентов с ВИЧ-инфекцией и у детей, то есть они активно используются в диагностике.

Принцип метода заключается в повторном узнавании специфических антигенов туберкулезной микобактерии T-лимфоцитами и выделения ими интерферона-гамма, что фиксируется с помощью ИФА-анализа.

Схема анализа такова. Берут три пробирки, нулевой контроль, антиген и митоген. В них собирают кровь, инкубируют, центрифугируют, получают плазму. В плазме измеряют интерферон-гамма с помощью ИФА-анализа, результаты анализируются. Все процессы максимально автоматизированы.

В первой — серой — пробирке ничего нет. Она показывает фоновые значения интерферона и является отрицательным контролем. Во второй — красной — находятся антигены микобактерии туберкулеза (антигены ESAT-6, CFP-10, TB 7.7). В случае если T-лимфоциты уже «знакомы» с TB антигеном, в ответ на эти антигены происходит выработка интерферона-гамма. В третьей — фиолетовой — пробирке на стенках находится митоген, она является положительным контролем.

TB-Feron содержит целые рекомбинантные белки, потому что они более эффективно стимулируют T-клетки и повышают их производительность. Это одно из ключевых отличий этого теста от аналогов.

Преаналитический этап — забор образца крови — имеет несколько вариантов в зависимости от того, где собирается кровь. Если отбор крови происходит не в лаборатории, то кровь можно собрать в гепариновую пробирку и затем транспортировать в течение 16 часов. После переноса из гепариновой пробирки в три пробирки TB-Feron образец инкубируется. Тут снова есть возможность для транспортировки образца в течение 72 часов до места центрифугирования. Потом выполняется центрифугирование и получение плазмы. Плазму также можно хранить или транспортировать. Последний этап — проведение ИФА-анализа. Полученную оптическую плотность обрабатывают с помощью интуитивно понятного ПО.

В 2021 году были опубликованы результаты сравнительного клинического исследования с участием нескольких IGRA-тестов у пациентов с иммуносупрессией. Авторы делают следующий вывод: общее количество CD8+ T-лимфоцитов, продуцирующих интерферон гамма, было значительно выше в наборе TB-Feron, чем в QFT-Plus. Рекомбинантные антигены в TB-Feron стимулируют специфичные T-лимфоциты более эффективно. То есть TB-Feron — прекрасная альтернатива существующим IGRA-тестам, особенно для тестирования иммунокомпроментированных пациентов.

Так как в нашей стране практически все имеют вакцинацию БЦЖ, то важно отметить, что отсутствует перекрестная реакция между тестом TB-Feron и БЦЖ.

Таким образом, TB-Feron — простой и современный IGRA-тест с превосходными техническими характеристиками. Он подходит для использования в группе пациентов с иммуносупрессией (в том числе ВИЧ), имеет долгий срок хранения и низкую цену исследования. Этот тест легко автоматизируется, а результаты подсчитываются автоматически.

Руководитель управления молекулярной диагностики Максим Ионов в своем докладе осветил тему «Автоматизации ПЦР-лаборатории с использованием комплекса «КДЛ-Макс».

Пандемия выявила достаточно много узких мест в проведении ПЦР-исследований. Россия — один из лидеров производства готовых ПЦР-тестов для диагностики инфекций и заболеваний. Но когда во время пандемии в лабораторию пришло огромное количество проб, все увидели, что отсутствие автоматизации сильно тормозит выдачу результатов.

У современной ПЦР-лаборатории есть и другие проблемы, такие как сложная структура исследований моно- и мультиназначения, использование разных биоматериалов. ПЦР в целом — это многоэтапный трудно автоматизируемый процесс, который сильно зависит от качества работы лаборантов. Нужно обеспечить прослеживаемость информации, которая поступает вместе с образцом.

Необходимо не просто «залатать дыры», но предложить реальное решение, учитывающее все российские реалии, пояснил докладчик.

В большинстве лабораторий есть лабораторно-информационные системы (ЛИС), однако именно ПЦР-подразделения для них представляют собой некую «черную дыру». Это связано с тем, что термоциклеры в основном не имеют интерфейса для интеграции в ЛИС. Некоторые автоматические станции также не имеют компьютерного интерфейса.

В лаборатории вместе с физическим потоком (жизненным циклом образца в процессе анализа) есть еще и информационный поток с данными об этом образце. Чтобы не потерять ни сам образец, ни информацию о нем, нужно свести потоки воедино.

До недавнего времени всю информацию об оборудовании, методах экстракции нуклеиновых кислот, методах амплификации, о том, какой материал поступил и на какое исследование, держал в уме только сотрудник лаборатории. Именно это приводило к тому, что при резком увеличении числа проб появлялись ошибки. Решение — это цифровизация, то есть внедрение цифровых комплексов, которые берут это на себя. Именно стремление к цифровизации вылилось в изобретение комплекса «КДЛ-Макс».

«КДЛ-Макс» — это система управления исследованиями в ПЦР-лаборатории. Она контролирует основные параметры:

- подбор реагентов;

- интеграцию с ЛИС;

- архивацию образцов;

- контроль расхода реагентов;

- инструкции для пользователей;

- прослеживаемость движения образца;

- автоматическое документирование процессов;

- управление автоматическими станциями и амплификаторами.

Цель внедрения «КДЛ-Макс»:

- снижение затрат на выполнение исследований за счет оптимизации потока, сокращения расхода пластика, уменьшения износа оборудования;

- улучшение контроля за производственным процессом,

- экономия на интеграции оборудования в ЛИС;

- увеличение пропускной способности без расширения парка оборудования;

- повышение оперативности принятия решений.

«КДЛ-Макс» начинает работать с момента поступления образца в лабораторию, с этапа сортировки. Материал поступает в лабораторию в пробирках со штрихкодом, в котором зашифрована вся информация об образце. При сканировании программа говорит, в какой штатив нужно поставить пробирку, и что с этими пробирками делать дальше — взять на ручное или на автоматическое выделение нуклеиновых кислот. Здесь есть возможность также проследить процесс аликвотирования. Если нет возможности считать штрих-код, программа может распечатать рабочее задание. Если же есть автоматическая станция для выделения нуклеиновых кислот, то можно обеспечить полную прослеживаемость. Такая автоматизация позволяет обеспечить поток лаборатории до 5000 образцов в день.

Даже при ручной подготовке ПЦР, если нет автоматической системы для подготовки миксов и внесения выделенных нуклеиновых кислот, можно гарантировать прослеживаемость. Существуют штативы с системой светодиодной подсветки лунок. Это специальные штативы, которые можно дезинфицировать. Они подсвечивают первичные пробирки с выделенной нуклеиновой кислотой и реакционные пробирки, куда ее следует внести. Это нужно, чтобы при больших потоках не допускать ошибок при раскапывании.

После этого этапа информация поступает в термоциклеры. «КДЛ-Макс» поддерживает основные приборы, которые зарегистрированы в России. Здесь в первую очередь унифицируется работа с самими приборами с их различными интерфейсами. Модуль FRT Manager не первый на рынке, но пока единственный, который имеет РУ. Он предназначен не только для управления термоциклером, но и для автоматизированной выдачи заключений ПЦР-анализа.

Максим Ионов также привел пример автоматизации лабораторного процесса с помощью «КДЛ-Макс».

Результаты внедрения «КДЛ-Макс» — это оптимизация загрузки приборов, снижение себестоимости исследования, прослеживаемость жизненного цикла образцов, контроль расхода реагентов, автоматическое формирование отчетов по всем этапам исследования, настройка взаимодействия с ЛИС.

Как и предыдущие спикеры, Максим пригласил всех интересующихся данным оборудованием посмотреть его на стенде компании, задать вопросы и вместе решить исследовательские задачи.

Завершая симпозиум, Сергей Толмачев еще раз открыто обратил внимание аудитории на готовность помочь коллегам знаниями и попробовать вместе решить сложные задачи.

Он еще раз подчеркнул, что с ПЦР-диагностикой в России проблем нет, есть только вопросы с поставками периферии и оборудования. Тем не менее самые сложные этапы разработки и внедрения были пройдены компаниями, которые сейчас поставляют оборудование на российский рынок. Остались узкие места, связанные с российским законодательством и получением РУ. Сергей предположил, что в ближайший год эти вопросы будут решены, и РУ на альтернативы будут получены. Альтернативы есть в достаточном количестве. ООО «ИнтерЛабСервис» готовит к регистрации около 40 сертификатов.

 

Список литературы:

Trichosporon dohaense, a rare pathogen of human invasive infections, and literature review (2018)

Evaluation of VITEK MS, Clin-ToF-II MS, Autof MS 1000 and VITEK 2 ANC card for identification of Bacteroides fragilis group isolates and antimicrobial susceptibilities of these isolates in a Chinese university hospital (2019)

Legionella qingyii sp. nov., isolated from water samples in China (2019 г.).

Evaluation of the Autof MS1000 mass spectrometer in the identification of clinical isolates (2020).

Evaluation of three sample preparation methods for the identification of clinical strains by using two MALDI-TOF MS systems (2020)

Multicenter evaluation of three different MALDI-TOF MS systems for identification of clinically relevant filamentous fungi (2020)

Urinary Tract Infections Caused by Fluconazole-Resistant Trichosporon japonicum in 2 Kidney Transplant Patients and Analysis of Their Homology (2020)

Comparison of Autof MS 1000 and Bruker Biotyper MALDI-TOF MS Platforms for Routine Identification of Clinical Microorganisms (2021)

Evaluation of Autof MS 1000 and Vitek MS MALDI-TOF MS System in Identification of Closely-Related Yeasts Causing Invasive Fungal Diseases (2021)

Evaluation of the Autof ms1000 mass spectrometry for rapid clinical identification of filamentous fungi (2022)

Evaluation of formic acid sandwich (FA-sandwich): A pretreatment method for filamentous fungi, for the identification of clinically relevant filamentous fungi by two MALDI-TOF MS systems (2022)

Реклама.

Рекламодатель: ООО «ИнтерЛабСервис»

Токен: LdtCKHRQx

Добавить в избранное