РКММИ: нежные бактерии и омикрон в Луганске

Сетка научной программы РКММИ вмещала множество докладов, распределенных по пятнадцати секциям и трем залам. Выступления в зале «Театр» во второй день, 3 марта, открылись секцией «Актуальные вопросы диагностики бактериальных инфекций». Первый доклад представила Гузель Исаева, зам. директора по инновационному развитию ФБУН «Казанский НИИЭМ» Роспотребнадзора. Она рассказала о диагностике хеликобактериоза.

В настоящее время бактерии рода Helicobacter являются признанными этиологическими агентами ряда заболеваний ЖКТ. Ведущим патогеном среди хеликобактеров считается H. pylori. Этой бактерий инфицировано примерно 44,3% населения Земли. В МКБ-11 внесены диагнозы, связанные с H. pylori, причем отдельно указаны заболевания, ассоциированные с антибиотикорезистентными штаммами. Устойчивость хеликобактера к антибиотикам в мире довольно высокая (до 96,7% к метронидазолу), однако он пока чувствителен к рифабутину, который начали применять относительно недавно. В России до 2020 г. резистентность H. pylori к антимикробным препаратам была, однако она могла повыситься во время пандемии.

Диагностика хеликобактериоза регламентирована Маастрихтским соглашением. Для первичной диагностики используются неинвазивные методы (13C-уреазный дыхательный тест и иммунохроматография фекалий). Лицам старше 50 лет дополнительно назначают инвазивную диагностику, основанную на исследовании биопсийного образца. Для контроля эрадикации хеликобактера в процессе терапии применяют как инвазивные, так и неинвазивные методы, в том числе бактериологический анализ. Последний становится основным, если терапия неэффективна, так как чувствительность бактерии к антибиотикам определяется классическими микробиологическими способами. Казанский НИИЭМ также рекомендует анализировать биоптат с помощью ПЦР и уреазного теста. Дополнительно можно использовать масс-спектрометричекий анализ, но он дает информацию только о виде хеликобактера.

В России клинические рекомендации по гастриту и дуодениту включают пункты о диагностике хеликобактериоза, схожие с положениями Маастрихтского соглашения. Однако официального учета этой инфекции в стране нет, так как нет скрининга по ОМС, нет мониторинга антимикробной резистентности хеликобактера, нет зарегистрированных тест-систем для определения генов резистентности. В настоящее время команда Гузель Исаевой участвует в подготовке методических рекомендаций по диагностике хеликобактериоза.

Следующий спикер Евгений Воропаев, проректор по научной работе УО «Гомельский государственный медицинский университет» (Республика Беларусь), продолжил тему заболеваний, связанных с H. pylori. Инфицирование хеликобактером приводит к раку желудка в 1–3% случаев. Научная группа Воропаева провела исследование желудочных микробиомов пациентов с гастритом, язвенной болезнью и раком желудка, а также цитокиновых профилей их крови. По результатам анализа ученые выделили три предиктора рака: присутствие в микробиоме желудка H. pylori, экспрессирующей цитотоксичный антиген CagA, а также интерлейкины 6 и 10. Они построили модель и на ее основе разработали калькулятор онкогенного потенциала CagA-статуса H. pylori. Высокой вероятности рака соответствуют значения выше 0,263.

После Евгения Воропаева выступила Ирина Васильева, директор ФГБУ «НМИЦ ФПИ» Минздрава России и главный внештатный фтизиатр Минздрава. Она рассказала о заболеваемости туберкулезом и его диагностике в России.

Проблемой туберкулеза занялись в СССР в 1970-х годах. С 1970-х до 1990-х велась успешная работа по снижению заболеваемости, но в 1990-е ситуация вышла из-под контроля, что привело к резкому росту числа случаев. В 2010-х начался новый этап борьбы с туберкулезом в России, и к 2023-му году он дал плоды. Так, в 2021 году Россия была исключена из списка стран с высоким бременем туберкулеза, однако она все еще остается в числе 30 стран с высоким бременем туберкулеза на фоне ВИЧ-инфекции и в числе 30 стран с высоким бременем туберкулеза со множественной лекарственной устойчивостью. Сейчас в России количество впервые диагностированных случаев туберкулеза с МЛУ достигает 38%. Хуже всего дела обстоят в ЦФО, СФО и ДФО.

По словам Васильевой, существует множество факторов, способствующих развитию МЛУ, однако все они отражают проблемы системы здравоохранения, которые делают невозможным быстрый подбор оптимального лечения. В настоящее время отечественные специалисты разрабатывают методику определения чувствительности микобактерий к препаратам, основанную на NGS-анализе мокроты.

Доклад Ольги Борисовой, руководителя лаборатории диагностики дифтерийной и коклюшной инфекции ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора, описала особенности выявления возбудителя дифтерии. В России дифтерия относится к надзорным вакциноуправляемым инфекциям. До сих пор ее диагностика регламентировалась документом от 2015 г. В настоящее время специалисты подготовили новые методические рекомендации. Ольга Борисова подробно их разобрала.

Стандартная диагностика дифтерии основана на заборе мазка из дыхательных путей и высева на чашку с питательной средой. Дифтерийная палочка очень чувствительна к внешним условиям — успех ее выявления зависит от множества факторов. Например, важно, из чего сделан тампон. По результатам исследования самыми эффективными оказались ватные и ворсистые. С вискозных тампонов патоген не высевается. Бактерия сохраняется на тампоне при комнатной температуре и в холодильнике, но не в термостате. В качестве транспортировочной среды можно использовать жидкую среду Эймса, но ни в коем случае нельзя брать агаризованную. Дело в том, что в ротоглотке помимо дифтерийной палочки может оказаться стафилококк. Он, в отличие от возбудителя дифтерии, прекрасно растет на агаризованной среде и не дает выявить патоген-мишень.

Ольга Борисова отметила, что существуют нормативы даже по штриху первичного посева на чашку Петри, однако они не всегда соблюдаются. Если во время проверки это обнаруживается надзорными ведомствами, проводится разъяснительная работа.

Уточнение штамма дифтерийной палочки проводится биохимическими методами. Выросшие в первичном посеве колонии используются для пробы на токсигенность. Пробы Пизу (определение цистиназной активности) нельзя проводить с первичными колониями, для них используется культура, пересеянная на сывороточные косяки. С посевами также проводятся биохимические тесты. Масс-спектрометрия может использоваться, но только для определения вида бактерии.

В новые рекомендации включена также ПЦР-диагностика. Предполагается, что ПЦР-анализ биоматериала будет проводиться параллельно с бакпосевом. Первичные тампоны, которые использовались для взятия мазка, всегда хранятся до самого конца исследования. В случае положительного результата микробиологического анализа они будут отправлены в референсный центр для повторного анализа. Если положительным окажется ПЦР-тест, проводится бактериальная диагностика с повторным взятием биоматериала, а в референсном центре верифицируют образец ДНК.

В рамках федерального проекта «Санитарный щит страны — безопасность для здоровья» расшифровываются геномы каждого штамма дифтерийной палочки.

Следующий докладчик Игорь Тартаковский, зав. лабораторией легионеллёза НИЦЭМ им. Гамалеи и главный внештатный специалист Минздрава РФ по клинической микробиологии и антибиотикорезистентности по Центральному округу, рассказал о мониторинге сапронозов в условиях стационара. По его словам, приоритет в изучении сапронозов остается за Россией.

Легионеллы размножаются в водных простейших и образуют биопленки в системах водоснабжения. В частности, они выживают в трубах ГВС, если температура воды ниже 55°C. Бактерия распространяется с аэрозолем. Пациентам из групп риска, например, со сниженным иммунитетом, достаточно любого контакта с водой, чтобы заразиться легионеллой. В настоящее время легионеллез жестко контролируется. Основная причина его возможного возникновения в ЛПУ — слишком низкая температура горячей воды. Помимо контроля температуры возможен ряд других мер по предотвращению легионеллеза, в том числе ионизация воды, использование дезинфектантов, фильтров и т. д. С помощью молекулярно-генетических методов можно определить источник возбудителя, если вспышка все же произошла, например, выяснить, находился он в больнице или снаружи,

Листерия — это сапрозооноз, вызывающий пищевые инфекции. Тартаковский назвал ее микроорганизмом холодильника. Она выделяется из обычных продуктов питания, в том числе из магазинной готовой еды. Обогащение субстрата бактерией происходит при низких температурах. Внутрибольничный листериоз сложно выявить из-за длительного инкубационного периода (около двух месяцев) и необычных для пищевой инфекции симптомов — бактерия поражает не ЖКТ, а ЦНС, лимфоузлы и печень. Спикер отметил, что после внедрения масс-спектрометрии в клиническую диагностику выявляемость листериоза повысилась.

На фоне пандемии COVID-19 в Москве участились случаи листериоза. Под подозрение попала больничная еда. Несмотря на то, что листерии были обнаружены в продуктах, молекулярно-эпидемиологический анализ не выявил связи между штаммами, вызывавшими инфекцию, и бактериями из еды.

О стрептококке группы B и ассоциированных с ним рисках для беременных и новорожденных рассказала Ольга Строкова (ФГБУ НМИЦ АГП им. Кулакова). Единственный представитель стрептококков группы B, Streptococcus agalactiae, считается нормальным представителем кишечной микрофлоры, однако он хорошо приживается на слизистых оболочках и успешно колонизирует влагалище. Риск передачи стрептококка младенцу во время родов составляет 50–60%. У части детей-носителей развиваются неонатальный сепсис, менингит или пневмония; недоношенные дети подвергаются гораздо более высокому риску. Инфекция может манифестировать на протяжении всего первого месяца жизни, но чаще всего она развивается в течение 12 часов после рождения — в этом случае ее летальность достигает 50%.

Методов специфической иммунопрофилактики инфекции СГB пока не существует, однако снизить риски для новорожденных можно с помощью скрининга матерей. Ольга Строкова описала схему такого скрининга.

На сроке 35–37 недель у беременных берутся мазки из цервикального канала, влагалища и прямой кишки. Стрептококк определяется культуральным методом с использованием селективных сред. По результатам скрининга и в зависимости от протекания родов принимается решение об интранатальном назначении антибиотиков. Строкова отметила, что антибиотикопрофилактика должна быть назначена не позднее, чем за четыре часа до рождения ребенка. Более позднее назначение снижает ее эффективность.

Секция завершилась докладом Джамили Джандаровой, зав. бактериологической лабораторией лабораторного отдела ГБУЗ «ДКЦ № 1 ДЗМ», о современных методах микробиологической диагностики коклюша. Джандарова отметила, что возбудитель коклюша очень нежный и чувствительный к условиям среды, поэтому при диагностике важно соблюдать все рекомендации, чтобы его не потерять.

В настоящее время для диагностики коклюша используются бактериологические и серологические методы, ПЦР и масс-спектрометрия. По словам Джандаровой, масс-спектрометрия стала достаточно точным методом за последние десять лет, так как сформировалась достаточно обширная база пиков, соответствующих бактериям рода Bordetella. Для каждого метода есть свое оптимальное окно, которое зависит в том числе от вакцинного статуса пациента.

Секция «Проблемы здравоохранения за трехлетний период COVID-пандемии» состоялась в зале «Дон».

Алексей Востриков, бактериолог мобильной молекулярно-генетической лаборатории «Луганского республиканского Центра экстренной медицинской помощи и медицины катастроф», рассказал об обнаружении штамма омикрон SARS-CoV-2 на территории ЛНР. Так, в течение 2022 г. в ЛНР выявлялись линии BA.1 и BA.2, причем если в феврале преобладала BA.1, к концу года BA.2 ее почти вытеснила. Случаи COVID-19, вызванные другими штаммами, встречались очень редко. Кроме того, в единичных образцах выявлялись SNP, характерные для обеих линий, что позволяет предположить одновременное инфицирование двумя вариантами вируса.

Востриков отметил, что в ЛНР практически отсутствует секвенирование. Выявление и идентификация линий коронавируса проводится с помощью ПЦР-тестов. Определение и мониторинг новых линий затруднены, так как нет специфических реактивов.

Руководитель временного ковидного госпиталя «Сокольники» Евгения Тавлуева (ГБУЗ «ГКБ им. Иноземцева ДЗМ») представила данные об изменениях проявлений COVID-19 на фоне вакцинации. По ее словам, в 2023 году инфекция чаще поражает эндокринную систему и ЖКТ, но значительно реже повреждает легкие. К предикторам неблагоприятного исхода добавилось отсутствие вакцинации. Интересно, что при заболевании вакцинированные в среднем раньше обращаются за медицинской помощью, чем невакцинированные, что можно связать с более ответственным отношением к собственному здоровью. Тавлуева отмечает, что повторное инфицирование коронавирусом связано с более неблагоприятным исходом, — организм не успевает полностью восстановиться.

В исследовании, проведенном командой Тавлуевой на 113 госпитализированных пациентах, было показано, что вакцинация уменьшает объем поражения легких. Показатели крови у вакцинированных индивидов не так сильно отклоняются от нормы, как у невакцинированных.

Мунира Латыпова, главный специалист организационно-методического отдела по клинической лабораторной диагностике НИИОЗММ ДЗМ, подробно разобрала признаки различных неврологических проявлений COVID-19. То, что SARS-CoV-2 поражает ЦНС, является признанным фактом. При этом, по мнению Латыповой, человечество будет долго жить с COVID-19. Он прекратится, когда разработают эффективную специфическую терапию. До тех пор нужно научиться справляться с последствиями.

В докладе были представлены детальные описания менингита, энцефалита, миелита, ишемического инсульта и других неврологических осложнений инфекции, а также сформулированы рекомендации по обследованию. В частности, следует проводить дифференциальную диагностику на другие инфекции. Важный момент — необходимо различать подтвержденные, вероятные и подозреваемые случаи.

Случай считается подтвержденным при наличии SARS-CoV-2 в спинномозговой жидкости или тканях мозга и/или свидетельстве о наличии интратекальных антител к вирусу; другие патогены или причины неврологического расстройства отсутствуют. Вероятный случай предполагает наличие вируса в любом образце, не относящемся к ЦНС, и/или наличие антител в крови. Для подозреваемого случая пациент должен соответствовать критериям подозреваемого случая COVID-19, установленным в национальных рекомендациях или рекомендациях ВОЗ. Кроме того, должны присутствовать признаки передачи SARS-CoV-2 (кашель, повышенная температура и т. д.), радиологические аномалии и отклонения показателей крови, связанные с инфекцией.

О внутрибольничных инфекциях у пациентов ковидных стационаров рассказал Александр Круглов, зав. лабораторией клинической микробиологии Московского многопрофильного клинического центра «Коммунарка» ДЗМ. Он начал с того, что инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи, в частности, вентилятор-ассоциированные пневмонии, вызываются не только бактериями группы ESKAPE. Список опасных антибиотикорезистентных микроорганизмов гораздо шире и включает грибки, например, Candida auris. Круглов отметил, что в начале пандемии пациентов с COVID-19 лечили антибиотиками, что способствовало отбору резистентных микробов.

Спикер привел данные о внутрибольничных инфекциях в «Коммунарке» во время ее работы в качестве ковидного стационара. Исследовались образцы различного биоматериала. Чаще всего внутрибольничная инфекция приводила к сепсису. В реанимациях преобладали патогены с устойчивостью к карбапенемам. Круглов назвал их основной угрозой для больных в стационаре. Еще одна опасность — рост резистентности к полимиксинам среди грамотрицательных бактерий.

Летом 2022 года «Коммунарку» закрыли на мойку, после чего снова открыли как многопрофильный центр. По словам Круглова, после мойки количество случаев резистентных инфекций снизилось. Неизменной осталась лишь встречаемость синегнойной палочки. Можно предположить, что ее занесли новые пациенты.

Андрей Почтовый (НИЦЭМ им. Гамалеи) представил результаты анализа динамики различных вариантов коронавируса, основанного на доступных молекулярно-эпидемиологических данных. По его словам, динамика вируса неодинакова в разных странах, и подобный анализ позволяет прогнозировать распространение того или иного штамма. Он привел несколько примеров. Так, в Москве субвариант омикрона XBB вытеснил эндемичную линию CL.1. Почтовый отметил, что использование данных геномного надзора позволяет предсказать ввоз нового варианта в Россию за 30–60 дней.

Доклад Натальи Долгушиной, зам. директора и руководителя Департамента организации научной деятельности НМИЦ АГП им. Кулакова, был посвящен влиянию COVID-19 на репродуктивное здоровье. Она осветила результаты исследования, проведенного на базе НМИЦ АГП.

С самого начала пандемии в научной литературе появляются противоречивые данные о воздействии коронавируса и вакцинации против него на репродуктивную функцию. Работа специалистов НМИЦ АГП позволила получить ответы на самые распространенные вопросы. Так, исследование, проведенное на когорте сотрудниц НМИЦ показало, что инфекция не влияет на менструальный цикл, но ассоциирована с сокращением овариального резерва у женщин позднего репродуктивного возраста, перенесших инфекцию в более тяжелой форме.

Связь средней и тяжелой формы COVID-19 с успехом ВРТ оценили на 240 пациентках. Оказалось, что чем меньше времени прошло от болезни в тяжелой форме до начала протокола ВРТ, тем меньше получается качественных эмбрионов и выше риск самопроизвольного прерывания беременности на раннем сроке. Повышенная вероятность негативного исхода беременности может быть связана с персистированием после инфекции определенных аутоантител.

Случаи внутриутробной передачи коронавируса от матери плоду крайне редки и, вероятно, возможны при очень сильном повреждении плаценты, связанном с инфекцией. Общая заболеваемость повышена у младенцев, чьи матери перенесли COVID-19 на раннем сроке беременности. Антитела к S-белку коронавируса сохраняются в грудном молоке, даже если женщина переболела в третьем триместре беременности. По мнению Долгушиной, это повод для пересмотра рекомендаций по изоляции детей от инфицированных матерей.

Вакцина «Спутник» не влияет на репродуктивное здоровье. Это показано на 220 женщинах, привившихся один раз и не болевших COVID-19. Прививка не изменяет менструальный цикл, не сокращает овариальный резерв, не связана с исходами ВРТ и не повышает риск негативных исходов беременности.

На выставке в рамках РКММИ были представлены решения для микробиологических лабораторий от ведущих поставщиков и производителей. На стендах «ИнтерЛабСервиса», ФГУН ГНЦ ПМБ, «Иммунотэкса», «Альгимеда», «Гема», «Литеха» и других экспонентов можно было ознакомиться с оборудованием для масс-спектрометрического и ПЦР-анализа, селективными средами, реагентами для биохимических и серологических тестов. Информацию о выставляемой продукции отказалась предоставить только компания «Микро-лаб»: ее сотрудники настояли на том, чтобы корреспондент PCR.NEWS отошел от стенда, утверждая, что раздаточный материал предназначен для микробиологов.