Коротко

Исследователи под руководством Рудольфа Йениша и Ричарда Янга в конце 2020 года опубликовали на bioRxiv препринт статьи, в котором сообщалось, что ДНК-копии участков генома SARS-CoV-2 могут встраиваться в геном клеток человека (подробнее на PCR.NEWS). Они связали это с активностью обратной транскриптазы мобильных элементов LINE-1. Доработанная версия статьи была опубликована в PNAS. 

Теперь австралийские ученые секвенировали на приборе Oxford Nanopore Technologies (ONT) геномы клеток HEK293T, инфицированных SARS-CoV-2, с покрытием более 50х. Они не нашли никаких доказательств интеграции ДНК-копий вирусного генома в геном клеток. Авторы статьи, размещенной на biorXiv, также собрали полные последовательности 78 вставок LINE-1, возникающих в клетках в отсутствие системы сверхэкспрессии этого мобильного элемента, которую использовали Йениш с соавторами.

В этой же работе авторы секвенировали на приборе ONT ткани рака печени, положительные по вирусу гепатита B (HBV), и обнаружили единственную вставку генома HBV.

Эти эксперименты демонстрируют, что нанопоровое секвенирование позволяет обнаруживать вставки ретротранспозонов и экзогенных вирусов в геномах, отмечают авторы. Поскольку доказательств интеграции SARS-CoV-2 в клеточный геном не найдено, можно предположить, что подобные вставки после реальной коронавирусной инфекции крайне редки и вряд ли будут способствовать позднейшему онкогенезу или вызывать ложноположительные результаты тестов.

(Дополнение: статья о нанопоровом секвенировании HEK293T, инфицированных SARS-CoV-2, опубликована в Cell Reports.)

Ученые из Италии, США и Новой Зеландии проверили, облегчает ли деятельность человека трансмиссию зоонозных вирусов. Они проанализировали данные о площади лесов, посевов, плотности скота и человеческой популяции, распределении видов летучих мышей и изменениях в использовании земель в регионах, населенных азиатскими подковоносами (род Rhinolophus). Авторы выбрали подковоносов, так как именно эти виды летучих мышей служат носителями коронавирусов, родственных SARS. В ходе анализа были определены так называемые горячие точки — благоприятные для летучих мышей локации, в которых зоонозный вирус потенциально может передаться человеку. Кроме того, ученые определили локации, которые могут превратить в горячие точки из-за изменений в землепользовании. Большая часть существующих горячих точек расположена в Китае, так как там растет спрос на мясные продукты, а это приводит к увеличению масштабов животноводства. Большая популяция генетически схожих животных, зачастую с подавленным иммунитетом, уязвима для инфекционных заболеваний. Горячие точки также могут появиться в Японии, на севере Филиппин и в Шанхае из-за вырубки лесов, а в Индокитае и Таиланде — из-за интенсивного животноводства.

Два штата США, Мэриленд и Монтана, приняли законы, ограничивающие использование генетической генеалогии правоохранительными органами, сообщает New York Times. Метод поспособствовал раскрытию ряда «холодных» дел, но также вызвал беспокойство о нарушении конфиденциальности. Теперь в Мэриленде судьи должны давать следователям разрешение на доступ к базам геномных данных, использовать генетическую генеалогию можно только при расследовании тяжких преступлений и ограничивает поиск сайтами со строгими условиями согласия. В Монтане же следователи должны получить ордер на обыск перед использованием ДНК-баз. Пол Хоулс, вышедший на пенсию следователь, работавший над делом Убийцы из Золотого штата, считает, что такие закон, принятый в Мэриленде, может сократить количество пользовательских профилей, доступных для следствия.

Компании 10x Genomics и SkyGen приглашают на серию вебинаров, посвященных пространственному анализу экспрессии генов в парафинизированных образцах тканей, фиксированных в формалине (FFPE). Вы узнаете о том, как начать работать с данной технологией, как подготовить образцы и анализировать результаты.

Подробности и регистрация >>> https://www.skygen.com/podderzhka/vebinary/seriya-vebinarov-po-tekhnologii-visium-dlya-ffpe-obraztsov/

Обратите внимание, что есть два доступных времени вебинаров на выбор (указано московское время).

В The Lancet Infectious Diseases опубликованы результаты длительного наблюдения двух когорт финских женщин, принявших участие в клинических испытаниях бивалентной и квадривалентной вакцин против ВПЧ. Первая нацелена на ВПЧ типов 16 и 18, вторая — на ВПЧ типов 6, 11, 16 и 18. В Авторы исследования проанализировали 577 образцов сыворотки реципиентов квадривалентной вакцины и 568 образцов от реципиентов бивалентной вакцины. В целом нейтрализующие антитела к ВПЧ типов 6, 16 и 18 обнаруживались до 12 лет после вакцинации. При этом у реципиентов квадривалентной вакцины с большей частотой исчезали антитела к ВПЧ типа 18 и значительно быстрее снижался титр антител к ВПЧ типа 16. Серопревалентность к различным типам ВПЧ коррелировала с эффективностью вакцины только у женщин, привитых бивалентным препаратом.

FDA и Johnson & Johnson в ближайшее время должны объявить о том, что проблемы с загрязнением вакцины против SARS-CoV-2 на заводе Emergent BioSolutions решены, сообщает The Wall Street Journal. Завод производил вакцины J&J и AstraZeneca, однако в апреле этого года 15 млн. доз J&J пришлось уничтожить из-за их загрязнения компонентами другой вакцины. Аудит завода выявил множественные нарушения, и производство было приостановлено. На прошлой неделе исполнительный директор Emergent BioSolutions частично объяснил проблемы необходимостью быстрого выпуска сразу двух вакцин в больших количествах. После перезапуска завод будет производить только препарат J&J. Компания взяла производство под свой контроль, и в настоящее время Emergent BioSolutions вместе с FDA и J&J работают над устранением нарушений. Разрешение на применение в экстренной ситуации (EUA) для завода ожидается на этой неделе.

Авторы исследования в Nature Communications проанализировали серопревалентность к коклюшу, дифтерии и столбняку среди жителей стран Евросоюза (ЕС) и Европейской экономической зоны (ЕЭЗ) в возрасте 40–49 и 50–59 лет. Целью исследования была оценка циркуляции возбудителя коклюша Bordetella pertussis и уровня вакцинной защиты против дифтерии и столбняка. Для 13 из 18 стран доля участников с уровнем антител к коклюшному токсину не ниже 100 МЕ/мл составила 2,7–5,8%. Такой уровень антител говорит о недавней встрече с B. pertussis. При этом для всех стран доля людей без антител к дифтерии варьировала в диапазоне 22,8–82,0%. Иммунная защита от столбняка в целом была хорошая. Полученные результаты говорят о том, что несмотря на программы детской вакцинации, в ЕС/ЕЭЗ циркулирует B. pertussis, а официальное число случаев коклюша занижено. Кроме того, необходимо принять во внимание, что большой процент популяции среднего возраста не защищен от дифтерии.

Этический комитет Министерства здравоохранения России не одобрил клиническое исследование введения комбинации вакцин AZD1222 и rAd26-S. Решение вынесено на заседании 11 мая 2021 года. С документом можно ознакомиться на сайте Министерства.

Официального ответа от комитета по этике AstraZeneca еще не получила, сообщает «Фармвестник». 

Российский фонд прямых инвестиций (РФПИ) и НИЦЭМ имени Н.Ф. Гамалеи 23 ноября 2020 года предложила компании AstraZeneca использовать один из двух компонентов «Спутника V» в качестве бустера к вакцине ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222). Компания AstraZeneca в декабре приняла предложение РФПИ и планировала начать клиническое исследование своей вакцины в комбинации с аденовирусным вектором 26 вакцины «Спутник V» до конца 2020 года.

Upd: позднее одобрение было получено, см. протокол от 19 августа 2021 года на сайте министерства.

Рандомизированное контролируемое клиническое исследование среди 43 здоровых мужчин в возрасте от 50 до 72 лет впервые показало, что даже короткая программа оздоровления может существенно снизить биологический возраст, определяемый по часам метилирования. КИ проводил Исследовательский институт Хельфготта (США) при лабораторной поддержке Центра анализа генома Йельского университета, результаты независимо проанализированы в Университете Макгилла (Канада) и Национальном университете естественной медицины.

Восьминедельная программа исследования включала здоровую диету, оптимизацию сна, гимнастику и релаксацию с помощью дыхательных упражнений, а также прием пробиотиков и фитонутриентов; контрольная группа оздоровительную программу не проходила. У участников взяли образцы слюны и провели полногеномный анализ метилирования ДНК с использованием Illumina Methylation Epic Array. Эпигенетический возраст (DNAmAge) рассчитали с использованием онлайн-часов Стива Хорвата, одного из ведущих специалистов в этой области — Horvath DNAmAge. Около 60% сайтов CpG с возрастом теряют метилирование и 40% приобретают.

Здоровый образ жизни уменьшил DNAmAge на 3,23 года по сравнению с контролем (p = 0,018), сообщается в статье. Значимыми были также изменения биомаркеров крови — средних значений сывороточного 5-метилтетрагидрофолата, активной формы витамина В9 (плюс 15%, p = 0,004) и триглицеридов (минус 25%, p = 0,009).

В Африке южнее Сахары заражение малярией чаще всего происходит в помещениях. Малярийные комары, как правило, летают не выше 1 м над землей. Ученые проверили, снизит ли поднятие домов от земли способность комаров Anopheles gambiae проникать внутрь. Эксперименты проводились в Гамбии. Ученые построили хижины, которые можно поднимать над землей и опускать. В этих хижинах под противомоскитными сетками, обработанными инсектицидами, ночевали добровольцы из числа местных жителей. Комаров в хижинах ловили с помощью световых ловушек. Оказалось, что в жилье, поднятом на 3 метра от земли, количество комаров на 84% ниже, чем в хижинах, стоящих прямо на земле. По мнению авторов, строительство домов, приподнятых над землей, снизит трансмиссию малярии в Африке. Работа опубликована в Journal of Royal Society Interface.