Затонувшие деревянные корабли влияют на микробиом морского дна

Исследователи из Университета Южного Миссисипи выяснили, как затонувшие корабли с деревянным корпусом влияют на распространение микробных биопленок, колонизирующих древесину, на разнообразие, обилие и состав микробного сообщества в окружающей среде. Изучали два корабля, затонувшие в северной части Мексиканского залива, датируемые концом XIX века. На различных расстояниях от кораблей расположили устройства для сбора микробиоты, содержащие образцы древесины сосны и дуба. Примерно через четыре месяца их подняли и проанализировали биопленки методом секвенирования гена 16S рРНК для идентификации бактерий и архей, гена ITS2 — для грибов.

Оказалось, что тип древесины — наиболее важный признак, формирующий состав бактериального сообщества (дуб для морских бактерий более благоприятен, чем сосна), но не состав архей или грибков. Близость к кораблям влияла на состав и разнообразие бактерий и архей, но не на грибковые сообщества. Пики разнообразия и обилия микробиома наблюдались в образцах, взятых не только вблизи останков кораблекрушения, но и примерно в 125 м от них. Авторы считают, что эти пики могут соответствовать экотону — границе между «зоной влияния» корабля и окружающим морским дном, где суммируется разнообразие соседних экосистем.

Добавить в избранное

Вам будет интересно

24.05.2024
364
0

Внутри отдельных видов существует корреляция между распространенностью рака и размером тела — так, распространенность рака увеличивается в зависимости от роста взрослого человека или размера тела собак. Однако между видами млекопитающих наблюдается обратная корреляция — более высокая масса тела связана с меньшим риском рака. Феномен называется парадоксом Пето. Исследователи из США опубликовали препринт статьи, в которой изучили, как потеря генов защищает крупных млекопитающих от онкозаболеваний.

Утрата генов может способствовать развитию фенотипических различий между видами. Проанализировав геномы 17 видов афротериев и неполнозубых, ученые обнаружили множество потерь генов у представителей класса Paenungulata: слонов, даманов и морских коров. Изначально они предполагали, что устойчивость слонов к раку может быть связана в том числе с потерей онкогенов, однако обнаружили иное. Утраченные гены были связаны с такими вариантами клеточной гибели, как некроптоз (MLKL и RIPK3) и пироптоз (AIM2, MEFV, NLRC4, NLRP1 и NLRP6). Исследователи заключили, что механизмы регуляции некроптоза и пироптоза в этих линиях либо крайне видоизменены, либо утрачены. В свою очередь, это может способствовать, с одной стороны, устойчивости к раку, а с другой — восприимчивости к инфекции патогенами.

19.04.2024
800
0

23andMe — публичная акционерная компания, находящаяся в Калифорнии, которая оказывает услуги в области потребительской генетики (информация о предрасположенности к заболеваниям по запросу клиента, поиск предков, установление степени родства), а также предоставляет свои данные разработчикам лекарств. В четверг компания объявила, что генеральный директор Энн Воджицки выдвигает предложение о приобретении находящихся в обращении акций, которыми она еще не владеет. Воджицки сейчас принадлежат более 20% от общего количества акций, что дает ей право примерно на 49% голосующих акций компании.

В прошлом месяце совет директоров 23andMe сформировал комитет для рассмотрения стратегических альтернатив, направленных на максимизацию акционерной стоимости. Этот комитет рассмотрит предложение Воджицки. В заявлении компании говорится, что она пока не намерена давать дальнейшие комментарии по этому вопросу.

В декабре 2023 года 23andMe сообщила об утечке данных, включая генетические, которая затронула примерно 6,9 миллиона пользователей. В феврале 2024 года было сообщение о 33%-ном снижении доходов компании в третьем квартале 2024 финансового года по сравнению с аналогичным периодом прошлого года; снизились доход от исследовательских услуг и объемы продаж комплектов Personal Genome Service.

Аналитик TD Cowen Стивен Мах отметил, что инвесторам «следует приветствовать» предложение Энн Воджицки, так как некоторые инвесторы хотели бы вкладывать средства только в терапевтический бизнес компании, но не в услуги direct-to-consumer, а другие, напротив, не заинтересованы в терапевтическом бизнесе.

Акции 23andMe выросли на 40% на ранних утренних торгах на Nasdaq и торговались примерно по 0,50 доллара за акцию.

19.03.2024
585
0

Ученые из Исследовательского института Моргриджа и коллабораторы в рамках проекта «Геномы позвоночных» (Vertebrate Genomes Project) получили референсные геномы голубого кита (Balaenoptera musculus) и карликовой многозубки (Suncus etruscus), то есть самого большого и одного из самых маленьких млекопитающих. Миссия проекта состоит в сборке высококачественных референсных геномов всех ныне живущих позвоночных видов. Для секвенирования использовали методику длинных прочтений от PacBio.

Большой организм дольше развивается из яйцеклетки, чем маленький, но биологический механизм различий в «часах развития» остается неясным. Новые референсные геномы могут помочь в решении этого вопроса, а также парадокса Пето (большие животные, такие как киты и слоны, живут дольше и реже болеют раком, несмотря на большее количество клеток в их организмах). Карликовая многозубка интересна своим быстрым метаболизмом. С более практической точки зрения, эта информация может оказаться полезна для терапии с помощью стволовых клеток. Скорость дифференцировки контролируется тем же молекулярным механизмом, что определяет часы развития.

Отбор образцов для секвенирования генома голубого кита был сопряжен с определенными трудностями. На сбор необходимой документации, персонала и ресурсов ушло больше года. Биопсию кожи четырех китов отбирали с помощью стальной трубки, соединенной со стрелой для арбалета. Видео отбора биопсии можно посмотреть здесь.

21.02.2024
1016
0

Индексы полигенного риска (PRS), основанные на совокупности генетических вариантов, могут использоваться для прогнозирования предрасположенности человека к той или иной болезни. Однако их применение в клинической практике затрудняется различным происхождением пациентов и проблемами интерпретации результатов. Авторы публикации в Nature Medicine задались целью улучшить прогностические характеристики PRS для популяций разного происхождения.

Исследователи работали в коллаборации с национальной сетью электронных медицинских карт и геномики (eMERGE), которая финансируется Национальным институтом исследования генома человека. Они проанализировали показатели риска для 25 000 взрослых и детей. В работу вошли десять патологий: мерцательная аритмия, рак молочной железы, хроническая болезнь почек, ишемическая болезнь сердца, гиперхолестеринемия, рак простаты, астма, диабет 1 и 2 типа и ожирение. Участников исследования разделили на четыре группы по происхождению: европейское, африканское, латиноамериканское и азиатское. В каждой из групп определили пороговые значения высокого и низкого риска развития конкретного заболевания. Авторы также занялись вопросом внедрения PRS в клиническую практику — передачей результатов в клинические лаборатории, их валидацией и проверкой эффективности. Они не обошли стороной и создание клинических отчетов, которые передавались бы врачам и их пациентам и позволяли учесть генетическую оценку риска. «Нам было важно убедиться, что мы не предоставляем людям результаты, с которыми они ничего не могут сделать», — комментирует Найл Леннон, первый автор работы.

Говоря о дальнейших исследованиях, авторы упоминают возможность стандартизации анализов и методов, используемых для определения этих пороговых значений. Кроме того, для большей клинической пользы, подчеркивают исследователи, важно рассчитывать абсолютный риск, основанный не только на индексе полигенного риска, но и на возрасте — в тех случаях, где это возможно (например, для сердечно-сосудистых заболеваний).

10.01.2024
653
0

Большинство полногеномных поисков ассоциаций (GWAS) большого депрессивного расстройства (БДР) проводилось на выборках европейского происхождения. Теперь же международный коллектив ученых проанализировал данные, полученные на людях разных этнических групп, и нашел 53 новых локуса, значимо ассоциированных с этим расстройством.

Исследователи включили в анализ данные из 21 когорты, содержащей 88 316 пациентов с депрессией и 902 757 здоровых контролей. В выборку вошли 36% образцов африканского, 26% восточноазиатского, 32% латиноамериканского и 6% южноазиатского происхождения. Затем ученые дополнили эту выборку 258 364 случаями БДР у лиц европейского происхождения.

Проведя метаанализ с учетом происхождения, авторы работы выявили два новых локуса — 2q24.2 и 6p15. В группе латиноамериканцев варианты в 2q24.2 были ассоциированы с депрессией. В выборках африканского происхождения были связаны с БДР варианты в локусе 6q16, однако эта ассоциация требует дальнейшего подтверждения. Тем не менее, отмечают ученые, она биологически правдоподобна — ведущий вариант был связан с экспрессией меланинконцентрирующего гормона (MCHR2) в тканях коры головного мозга. Исследователи также сравнили данные в группе с различным происхождением и у европейцев и выделили 155 локусов, значимо связанных с БДР во всех вариантах происхождения. Всего в ходе исследования авторы выявили 160 ассоциированных локусов, причем для 53 из них связь с большим депрессивным расстройством ранее не была показана.