Геномное исследование ставит под сомнение повышенную опасность «британского» штамма коронавируса

В Великобритании прошло исследование геномных характеристик штамма коронавируса B.1.1.7 («британский» штамм) и особенностей вызванной им инфекции.

Ученые работали с образцами от пациентов, экстренно госпитализированных в период с 9 ноября по 20 декабря 2020 года в одну из лондонских больниц (больница Университетского колледжа Лондона или больница Университета Северного Миддлсекса) и получивших положительный ПЦР-тест на SARS-CoV-2. Исследование ограничили этими датами, так как первая госпитализация пациента, зараженного B.1.1.7, произошла 9 ноября, а к 20 декабря B.1.1.7 уже доминировал в обеих больницах. Образцы секвенировали на платформе Illumina и анализировали на наличие мутаций, характерных для «британского» штамма.

В когорту были включены 496 пациентов; секвенирование было возможно для 341 образца. Штамм B.1.1.7 обнаружили в 198 образцах из 341 (58%). Тяжесть инфекции определяли по шкале ВОЗ, включающей значения от 0 до 10, где 0 — отсутствие инфекции, 10 — смерть. Данные о тяжести протекания были доступны для 339 пациентов из 341. Тяжелая коронавирусная инфекция (от 6 и выше) развилась у 72 (36%) из 198 пациентов, зараженных B.1.1.7, и у 53 (38%) из 141 пациента, зараженных другими штаммами SARS-CoV-2. Распределение по группам тяжести (с 6 по 10) было схожим для пациентов, инфицированных B.1.1.7, и остальных. Статистический анализ показал, что при тяжелой форме COVID-19 различий в исходах, в том числе в частоте смертей, для B.1.1.7 и других вариантов нет. При этом вирусная нагрузка в образцах, содержащих B.1.1.7, была выше. Ученые определяли ее по значениям пороговых ПЦР-циклов и глубине прочтений геномов.

Ученые дополнительно проанализировали 123 образца, взятых ранее у 34 пациентов, которые выделяли вирус в течение длительного времени (результат ПЦР-теста для них оставался положительным до 196 дней), и 64 образца от 32 пациентов, получавших ремдесивир. В геномах SARS-CoV-2 из этих образцов изначально не было мутаций, характерных для B.1.1.7, и они не появлялись со временем.

Авторы исследования считают, что повышенная вирусная нагрузка в образцах от пациентов, инфицированных «британским» штаммом, может служить подтверждением гипотезы о его повышенной трансмиссивности. При этом ассоциаций между B.1.1.7 и тяжестью протекания COVID-19 у госпитализированных пациентов нет. Последний вывод противоречит результатам исследования, опубликованного в марте. Тогда британские ученые определили, что риск смерти при заражении B.1.1.7 на 64% выше, чем при заражении другими штаммами. Когорта, включенная в мартовское исследование, была значительно больше — 109 812 человек, однако метод определения штамма был иным. Ученые использовали ПЦР-тест Thermo Fisher, нацеленный на три гена SARS-CoV-2: ORF1ab, N и S. Считалось, что образец принадлежал штамму B.1.1.7, если ORF1ab и N детектировались, а S-ген — нет.