Коронавирус пришел в Гамбию из Европы и Японии

С помощью полногеномного секвенирования ученые установили происхождение SARS-CoV-2 для пяти из шести рассмотренных случаев COVID-19 в Гамбии. По их мнению, для работы в условиях пандемии больше подходят устройства Oxford Nanopore Technologies.

Credit:
SaraFallstrom | Shutterstock.com

Африка к югу от Сахары пока затронута пандемией COVID-19 относительно слабо из-за небольшого по сравнению с другими континентами международного воздушного трафика. На 5 мая 2020 года в Гамбии зафиксировали лишь 17 случаев заболевания (один человек умер). Гамбия — маленькая страна с развитой туристической индустрией, и местных ученых заинтересовало, из каких регионов к ним попал вирус.

Они рассмотрели шесть случаев инфекции. Для анализа у больных брались мазки из носоглотки (у некоторых несколько раз на протяжении болезни). Полные геномы вирусов были отсеквенированы при помощи устройств Nanopore GridION и Illumina MiSeq. Полученные последовательности сравнивали с референсным геномом SARS-CoV-2 из Уханя и одиннадцатью другими доступными геномами из Азии, Европы и Америки.

Вероятный регион происхождения вируса удалось установить для пяти больных: в трех случаях им стала Европа (два штамма происходили из Испании, один из Великобритании), в двух других — Япония. Пациенты с европейскими вариантами SARS-CoV-2 действительно побывали в Европе незадолго до того, как у них диагностировали коронавирусную инфекцию. При этом двое прилетели в Гамбию одним рейсом, однако вирусы у них были разные: испанского и британского происхождения. Один из пациентов, инфицированных штаммом японского происхождения, в Японии не был, но посещал Бангладеш и четыре другие страны. Скорее всего, он пересекся с носителем японского варианта SARS-CoV-2 в этом путешествии. Откуда прибыл второй пациент, в образцах которого также был обнаружен штаммом японского происхождения, авторы не сообщают.

Исследователи подчеркивают важность секвенирования геномов SARS-CoV-2 в Африке к югу от Сахары — пока для этого региона их расшифровано совсем немного. Ученые отмечают достоинства платформ Illumina и Nanopore, однако считают, что для исследований в условиях вспышки инфекционного заболевания больше подходят устройства Nanopore: они позволяют получить результат за 24 часа с достаточной точностью и относительно недорого.

Источник

Mary Aigbiremo Oboh, et al. // Origin of imported SARS-CoV-2 strains in The Gambia identified from Whole Genome Sequences. // Biorxiv, April 30, 2020; DOI: 10.1101/2020.04.30.070771
Добавить в избранное

Вам будет интересно