Крупные черные крысы — основной резервуар хантавирусов на северо-востоке Мадагаскара

Растущая глобальная заболеваемость и высокая смертность, связанные с хантавирусами, делают крайне важной задачей выявление местных животных-носителей и факторов, влияющих на уровень инфицирования. В частности, хантавирусы Старого Света — причина развития геморрагической лихорадки с почечным синдромом, смертность которой достигает 15%. Вакцин и специфической терапии нет, так что важно предотвратить заражение, а для этого нужно понимать экологию и эволюцию вирусов. Резервуарами хантавирусов являются в основном грызуны, полевки и летучие мыши. Развитие сельского хозяйства и фрагментация среды обитания животных способствуют распространению инвазивных видов-генералистов: мышей, серых и черных крыс, которые быть переносить хантавирусы. На северо-востоке Мадагаскара как раз идет активная вырубка лесов и фрагментация среды обитания животных. Там же распространены уникальные линии хантавирусов, включая Анджозоробе (вариант вируса Таиланд Orthohantavirus thailandens). Ученые из Франции, США и Мадагаскара установили резервуар хантавирусов в этом регионе.

Для решения этой задачи исследователи в течение пяти лет проводили масштабный скрининг мелких наземных млекопитающих и летучих мышей на наличие РНК хантавируса в окрестностях национального парка Мароджеджи. Ученые отлавливали животных в деревнях, сельскохозяйственных угодиях, вторичных и относительно нетронутых лесах. Всего они протестировали 1663 мелких наземных млекопитающих и 227 летучих мышей, принадлежащих как к местным, так и к интродуцированным видам. Особое внимание авторы уделяли влиянию различных типов землепользования на уровень инфицирования. Для обнаружения генетического материала вируса использовался ПЦР с обратной транскрипцией, при этом были разработаны и протестированы новые праймеры.

Ключевым результатом стало обнаружение РНК хантавируса у 9,5% (75 из 794) протестированных черных крыс (Rattus rattus). При этом у других исследованных видов, включая эндемичных мелких наземных млекопитающих и летучих мышей, вирус обнаружен не был. Генетическая идентичность обнаруженных хантавирусов с ранее описанными мадагаскарскими вирусами внутри исследуемой группы составляла 89,6–100%, при этом 41 из 75 последовательностей была уникальной, что указывает на высокое разнообразие, и не формировала кластер с хантавирусами соседних островов.

Анализ влияния типа землепользования выявил сложную картину. Более высокая вероятность заражения хантавирусом наблюдалась у крыс, обитающих на сельскохозяйственных территориях, таких как рисовые поля и агролесоводческие угодья. Наименьший риск заражения был отмечен у крыс из вторичных лесов и деревень. Примечательно, что ни одна крыса, отловленная в относительно нетронутом лесу, не оказалась инфицированной.

Исследование также показало, что крупные взрослые крысы имели значительно более высокую вероятность заражения хантавирусом, независимо от пола. Средняя масса инфицированных крыс (125 г) была существенно выше, чем у неинфицированных (81,7 г). При этом средняя масса крыс варьировала в зависимости от среды обитания, и в каждом местообитании инфицированные особи в основном имели массу выше средней. Статистический анализ подтвердил, что на вероятность заражения влияют как факторы окружающей среды (среда обитания, сезон, расположение деревни), так и индивидуальные характеристики крыс (масса тела, длина тела). Примечательно, что морфометрические признаки, такие как масса и длина тела, были самыми важными предикторами заражения.

Полученные результаты имеют важное значение для оценки риска заражения людей хантавирусом на северо-востоке Мадагаскара. Выявленная связь между типом землепользования, размером крыс и уровнем инфицирования указывает на то, что изменения в окружающей среде, способствующие увеличению количества крупных крыс, могут повышать риск заражения вирусом человека, особенно при сельскохозяйственных работах. Авторы работы подчеркивают, что R. rattus является весьма адаптивным видом и, по-видимому, основным резервуаром хантавируса в исследуемом регионе. Дальнейшее преобразование лесов в сельскохозяйственные угодия может привести к росту популяций инвазивных крыс и усилению взаимодействия между интродуцированными и эндемичными видами, что, в свою очередь, может увеличить риск заражения людей хантавирусом.

Происхождение вируса гепатита E человека проследили до грызунов