Новый вариант коронавируса B.1.1.529, обнаруженный в Ботсване: что уже известно

Вариант коронавируса B.1.1.529, впервые обнаруженный в Ботсване в этом месяце, распространяется в Южной Африке. Он содержит больше мутаций, чем любые другие варианты, включая дельту. В одном только гене S-белка их 32 — этот белок «шипа» SARS-CoV-2 распознает клетки-хозяева и является основной мишенью иммунных ответов организма. Из-за необычно большого количества мутаций высказывается мнение, что вирус эволюционировал в организме пациента с иммуносупрессией и (или) продолжительной коронавирусной инфекцией. (Подробнее о таком случае, исследованном российскими учеными, на PCR.NEWS.)

Профиль мутаций вызывает у специалистов опасения. Главная задача — отследить распространение B.1.1.529 в мире и понять, насколько сильно изменены его свойства. Как сообщает Nature, группа экспертов Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) проведет обсуждение 26 ноября и, скорее всего, обозначит штамм B.1.1.529 как вариант, вызывающий опасение (VOC) или подлежащий исследованию (VOI). Тулио де Оливейра, биоинформатик из Университета провинции Квазулу-Натала (ЮАР), сказал: «Вариант, вероятно, будет называться "ню" — следующая доступная буква в греческой системе именования вариантов коронавируса». (Upd: ВОЗ выбрала букву "омикрон".)

В ноябре в южноафриканской провинции Гаутенг, где находится Йоханнесбург, резко возросло число случаев заболевания, особенно в школах и среди молодежи. Секвенирование геномов и другие методы генетического анализа, использованные командой де Оливейры, показали, что вариант B.1.1.529 присутствует во всех 77 образцах вируса из Гаутенга, собранных с 12 по 20 ноября. Отмечен случай инфекции у грудной девочки (следовательно, происходит передача в семьях, инфекция не завозная), случай прорывной инфекции у привитого. Инфицированным также оказался путешественник в ЮАР из Гонконга.

Список замен в белках нового варианта приводит Том Пикок, вирусолог из Имперского колледжа Лондона, в публикации на GitHub от 23 ноября. Перечень для S-белка — A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F. Замены указаны по сравнению с «уханьским» штаммом, и многие хорошо нам знакомы, например N501Y и D614G. Но тревогу вызывают новые комбинации. (Интересно сравнить этот список с перечнем замен, полученным в результате математического моделирования, которые должны позволять вирусу ускользать от иммунного ответа.)

Том Пикок в Твиттере отмечает, что мутацию P681H в сайте расщепления S-белка протеазой фурином (эта мутация встречается в альфе) вместе с расположенной рядом N679K (встречается в варианте C.1.2, о повышенной трансмиссивности которого писали в августе в связи с новыми случаями в ЮАР) он видит впервые. У дельты есть сходная замена P681R, которую связывают с повышенной инфекционностью и патогенностью. Инфекционности также способствуют замены в N-белке — R203K, G204R.

Одна из мутаций в S-белке позволяет обнаруживать новый штамм с помощью ПЦР-тестов (очевидно, за счет ошибки таргетирования, указывающего на эту мутацию), и предварительные данные показывают, что B.1.1.529 мог распространиться за пределами Гаутенга. Исследователи из Южной Африки приступают к изучению B.1.1.529 и надеются получить новые данные так же быстро, как было с бетой, обнаруженной в ЮАР в конце 2020 года. Команда Пенни Мур, вирусолога из Университета Витватерсранда в Йоханнесбурге, предоставившая одни из первых данных о штамме бета, начала работу над B.1.1.529. Они проверят способность вируса уклоняться от иммунного ответа и выяснят, вызывает ли он более серьезное или более легкое заболевание, чем другие варианты. По словам Мур, результаты компьютерного моделирования указывают даже на то, что B.1.1.529 может избежать Т-клеточного иммунитета. Ее команда планирует получить первые данные в течение двух недель.

Результаты биоинформатического анализа (Твиттер лаборатории Джесси Блума из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона) пока не радуют. Тем не менее биоинформатики предостерегают от поспешных выводов и предлагают ждать новой информации. Неясно, например, сравним ли новый штамм с дельтой по трансмиссивности и сможет ли с ней конкурировать. Также маловероятно, что вирус полностью ускользнет от иммунного ответа у вакцинированных или переболевших, отмечает Джесси Блум.

По словам Мур, неясно, является ли этот вариант более передаваемым, чем дельта, потому что в настоящее время в Южной Африке мало случаев заболевания COVID-19 (хотя до недавнего времени там доминировала именно дельта). Как говорит Арис Кацуракис, специалист по эволюции вирусов из Оксфордского университета, страны, в которых широко распространена дельта, должны следить за B.1.1.529: «Нам нужно увидеть, что делает этот вирус с точки зрения конкурентного успеха и будет ли увеличиваться его распространенность».

В Южной Африке привито около четверти населения, в основном аденовирусной вакциной J&J. Уровень вакцинации в Ботсване крайне низок.

Великобритания объявила, что запретит полеты из шести африканских стран, включая ЮАР, с 26 ноября.