Откуда коронавирус пришел в Нью-Йорк

Эпидемия коронавируса в США особенно сильно ударила по Нью-Йорку: на 13 апреля в городе насчитывалось более 100 000 подтвержденных случаев и более 6000 умерших от COVID-19. Власти начали ограничивать въезд из неблагополучных по коронавирусу стран в конце января — начале февраля, но предотвратить эпидемию в США это не помогло. Первые явно не завозные случаи в Нью-Йорке были зафиксированы в последних числах февраля, и вскоре COVID-19 начал распространяться по городу с огромной скоростью.

Ученые из США решили выяснить, из каких конкретно стран коронавирус пришел в Нью-Йорк. Для этого они отсеквенировали 90 геномов вирусов из образцов, полученных от 84 пациентов между 29 февраля и 18 марта в 21 районе города, и сравнили их с геномами SARS-CoV-2 из других регионов, которые хранятся в базе данных GISAID. Филогенетический анализ показал, что в Нью-Йорк было занесено несколько вариантов вируса из разных мест. Однако большинство (87%) геномов принадлежало ветви, состоящей в основном из полученных в Европе последовательностей. Точнее определить регион оказалось невозможно — геномы в этой ветви крайне схожи, несмотря на широкое географическое распространение. Вероятно, исходные случаи были завезены из Европы в конце января — середине февраля. Еще 6% геномов принадлежало другой ветви, также представленной в основном европейскими образцами.

Для остальных четырех клад авторы предлагают четыре возможных события интродукции в Нью-Йорк в феврале. В двух случаях это скорее всего завоз из других регионов США; было отмечено в том числе большое сходство с изолятами вашингтонской вспышки (подробнее о ней на PCR.news). Оставшиеся похожи на азиатские формы вируса, но и для них нашлись сходные европейские и североамериканские образцы.

Местная передача происходила и в Нью-Йорке. Исследователи обнаружили две монофилетические группы среди полученных ими геномов. Первая, из 17 образцов, похожа на образцы из нескольких других штатов. Ученые рассчитали, что общий предок этой группы попал в Нью-Йорк около 29 февраля. И первая, и вторая (5 образцов) группы принадлежали к «европейской» ветви.

Авторы сделали вывод, что самые частые варианты SARS-CoV-2 попали в Нью-Йорк из Европы либо из других штатов, причем было несколько независимых завозных случаев. Большинство вариантов не смогло распространиться по городу, что может указывать на результативность ранних мер, принятых против вируса (карантин приехавших и прослеживание их контактов).

«В совокупности наши результаты показывают, что эпидемия SARS-CoV-2 в Нью-Йорке была вызвана главным образом беспрепятственной передачей между США и Европой, с ограниченными доказательствами прямого проникновения из Китая», — заключают авторы. Они отмечают, что выборка из 90 геномов слишком мала, чтобы делать окончательные выводы, и планируют отсеквенировать еще сотни образцов нью-йоркского SARS-CoV-2, взятых после 18 марта. Это позволит с гораздо большей точностью проследить распространение вариантов вируса в Нью-Йорке и оценить эффективность жестких противоэпидемических мер: закрытия образовательных учреждений 18 марта; закрытия предприятий, не обеспечивающих жизнедеятельность населения 20 марта; общего карантина (stay-at-home order), введенного 22 марта.