Полногеномное секвенирование дает точную оценку рисков онкозаболеваний крови

Ученые из США ответили на вопрос, может ли полногеномное секвенирование заменить традиционные методы для диагностики и оценки риска пациентов с острым миелоидным лейкозом и миелодиспластическим синдромом. Полногеномное секвенирование обнаружило все хромосомные аберрации, которые показали традиционные методы, а также выявило новые клинически значимые генетические аномалии. Оно пока дороже традиционных методов, но это вопрос времени.

Credit:
Sebastian Kaulitzki | 123rf.com

Выявление генетических аномалий, особенно хромосомных перестроек, используется для определения групп риска пациентов с острым миелоидным лейкозом (ОМЛ) и миелодиспластическим синдромом  (МДС) и для назначения терапии. Ученые из США исследовали, может ли полногеномное секвенирование заменить цитогенетический анализ (кариотипирование), FISH и таргетное секвенирование в клинической практике.

Полногеномным секвенированием анализировали только клинически важные для ОМЛ и МДС варианты (ChromoSeq). Секвенировали образцы от 263 пациентов, 146 ретроспективных замороженных образцов костного мозга или периферической крови и 117 проспективных образцов. Из всех этих образцов 235 также были проанализированы традиционными методами.

Полногеномное секвенирование выявило все 40 транслокаций и 91 изменение копийности, которые были показаны традиционными методами. У 40 из 235 пациентов (17,0%) полногеномное секвенирование выявило новые клинически значимые генетические аномалии.

Чувствительность секвенирования составляла 87,5% для SNV и для инсерций/делеций в генах, необходимых для оценки риска пациентов с ОМЛ — ASXL1, CEBPA, FLT3, NPM1, RUNX1 и TP53.

Секвенирование проспективных образцов заняло в среднем пять дней. У 29 пациентов из 117 (24,8%) оно показало новую генетическую информацию по сравнению с традиционными методами. У 19 пациентов (16,2%) это привело к переоценке их категории риска.

На 71 пациенте с ОМЛ, не получившем трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток, была проверена возможность распределения пациентов по группам риска. В 63 случаях из 71 (89%) группа риска, назначенная с помощью традиционных методов, совпала с результатами полногеномного секвенирования. У пяти пациентов секвенирование обнаружило новые аномалии, повышающие группу риска. Сходные результаты были получены при анализе большей когорты из 101 пациента.

Полногеномное секвенирование провели для 27 пациентов с ОМЛ, для которых цитогенетический анализ не проводился, не дал конкретных результатов или прошел неудачно. В этой когорте у четырех пациентов были обнаружены хромосомные аберрации, включая перестройки в генах KMT2A и RUNX1RUNXT1 или сложные кариотипы. На основе полученных данных пациентам назначили группы риска, которые коррелировали с выживаемостью.

Авторы исследования показали, что полногеномное секвенирование может заменить традиционные методы при диагностике и распределении по группам риска пациентов с ОМЛ и МДС. Цена полногеномного секвенирования составляет $1900 ($7 за гигабазу) на настоящий момент и может упасть до $1300 ($5 за гигабазу) в высокопроизводительной лаборатории. Стоимость секвенирования еще будет снижаться, когда она достигнет значений менее $5 за гигабазу, она будет равна цене традиционных методов. Для некоторых пациентов со сложными случаями равенство цен может быть достигнуто раньше.

Источник

Duncavage E.J., et al. // Genome Sequencing as an Alternative to Cytogenetic Analysis in Myeloid Cancers // NEJM 2021; 384:924-935, published March 11, 2021, DOI: 10.1056/NEJMoa2024534

Добавить в избранное

Вам будет интересно