ПЦР-тест на SARS-CoV-2 без выделения РНК

Массовый скрининг во время пандемии позволяет вовремя изолировать инфицированных, чтобы предотвратить дальнейшее распространение вируса, но требует очень большого расхода реактивов и одноразовых материалов. В частности, может стать проблемой нехватка реактивов для экстракции РНК вируса из образцов. Большинство описанных методов тестирования на SARS-CoV-2 основано на ОТ-ПЦР в реальном времени на образцах предварительно выделенной и очищенной РНК. В препринте статьи, опубликованном на bioRxiv, исследователи сравнили новую методику без стадии выделения РНК ( Allplex 2019-nCoV RT-QPCR, SeeGene; в Корее тест был одобрен еще в феврале, сейчас одобрен в Канаде) с методикой, требующей изоляции РНК (RealStar SARS-CoV-2 RT-PCR Kit RUO, Altona). У методов есть и другие отличия — амплифицируются участки разных генов SARS-CoV-2 (то есть различаются используемые флуоресцентные олигонуклеотиды и праймеры), поэтому значения порогового цикла Ct нельзя сравнивать напрямую.

В контрольном эксперименте на очищенной РНК новый метод SeeGene Allplex показал один ложноотрицательный результат из 65 положительных тестов (точность 96,92%), а все отрицательные результаты были подтверждены (23 теста).

При прямом анализе неочищенных проб важную роль играет состав среды для хранения. Так, образцы хорошо сохраняются в среде UTM, обогащенной аминокислотами, нуклеотидами, витаминами и солями и очищенной воде, но чувствительность понижается в растворе Хенкса (раствор солей и глюкозы) и солевом растворе. Для последних двух сред авторы рекомендуют все же выделять РНК. Среда UTM достаточно дорогая, поэтому для экономии лучше использовать очищенную воду, причем показано, что образцы при +4°С хорошо сохраняются при разбавлении водой в 10 000 раз до трех суток. Чувствительность метода можно повышать, увеличивая количество циклов амплификации до 50.