Обзор научной периодики за 17–23 февраля

Онкология

1. В BMJ вышел обзор от ученых из университета Манчестера, посвященный раку эндометрия. Рак эндометрия — один из самых часто диагностируемых раков у женщин. Исследователи рассмотрели 2674 абстракта статей и оценили 453 полных текста, в которых исследовались ассоциации полиморфизмов и этого типа рака. 149 статей соответствовали параметрам исследования. Согласно данным из этих статей, генетические замены в HNF1B, KLF, EIF2AK, CYP19A1, SOX4 и MYC были строго ассоциированы с раком. Были также найдены дополнительные варианты с различной значимостью. Для одного из вариантов, который часто находится в тестовых генетических панелях на рак эндометрия — MDM2 rs2279744 — не найдено никаких подтверждений повышения риска рака.

2. В Nature Immunology вышла статья, посвященная механизму воздействия регуляторных T-клеток на опухоль. Эти клетки в норме предотвращают аутоиммунные заболевания и помогают заживлению тканей. Однако присутствие этих клеток в опухолевом микроокружении снижает эффективность иммунотерапии и ослабляет противоопухолевый иммунитет. Исследователи сравнили профиль экспрессии генов в регуляторных Т-клетках из здоровой и опухолевой ткани. Анализ показал, что в Т-регуляторах из опухоли повышена экспрессия генов, ответственных за липидный метаболизм. В частности, обнаружена апрегуляция белка CD36. Ученые создали модель меланомы у мышей с подавленной экспрессией CD36. Количество Т-регуляторов в этой модели было уменьшено только внутри опухоли. Использование антител против CD36 в комбинации с блокадой PD-1 сдерживало прогрессию опухоли у мышей.

3. Американские ассоциации онкологов и клинических патологов организовали коллаборацию для разработки клинических рекомендаций по тестированию микросателлитной нестабильности (MSI) и репарации ошибочно спаренных нуклеотидов (MMR). Рекомендации помогут клиницистам выбрать метод тестирования (NGS, иммуногистохимия или ПЦР) в зависимости от типа рака и назначаемой терапии. Среди уже имеющихся рекомендаций — при терапии блокаторами контрольных точек использовать иммуногистохимию для MMR и /или PCR для MSI для пациентов с колоректальным, гастроэзофагеальным раком, раком тонкой кишки и т.д.

Инфекции

4. Международная команда ученых, под руководством исследователей из университета Сингапура открыла новый защитный механизм малярийного плазмодия, позволяющий ему избегать иммунных клеток. Известно, что пораженные плазмодием эритроциты формируют розетки, прикрепляясь к неинфицированным эритроцитам. Ученые выяснили, что существует механизм, когда ключевым элементом розеткообразования является белок, связывающий инсулиноподобный фактор роста 7 (IGFBP7, insulin-like growth factor binding protein 7). Причем формирование таких структур в присутствии клеток-фагоцитов повышалось на 40%, а количество уничтоженных зараженных клеток уменьшалось. Таким образом, этот механизм препятствует фагоцитозу инфицированных клеток хозяина.

5. В The Lancet HIV вышла статья о профилактике ВИЧ в Кении и Уганде. С 6 июня 2016 года по 23 июня 2017 было проверено 70 379 человек из 16 различных сельских общин Кении и Уганды, с не диагностированной ранее ВИЧ-инфекцией. 69 121 человек оказались ВИЧ-отрицательными. 12 935 отмечены как люди с повышенным риском заражения по причине наличия ВИЧ-положительного партнера или по каким-то другим причинам. Людей с повышенным риском снабдили запасом тенофовира и провели консультации по приему. Среди людей, определявших свой риск как высокий, до 90% приходили за новыми порциями препарата даже через 72 недели. Самый низкий уровень потребления оказался среди людей 15–24 лет и тех, кто постоянно перемещается по стране. (Подробнее о работе — на PCR.news)

6. В PNAS вышла статья о терапии инфекций, вызванных супербактериями. Международная группа ученых сконцентрировалась на борьбе с Pseudomonas aeruginosa — бактерией, осложняющей муковисцидоз, хроническую обструктивную болезнь легких и вызывающей другие оппортунистические инфекции. P. aeruginosa принадлежит к группе мультирезистентных патогенов ESKAPE. Исследователи выявили, что комбинация веществ, известная как AB569 (нитрит натрия и этилендиаминтетраацетат натрия) способна нарушать биосинтез ДНК, РНК и белков в бактерии, что приводит к ее смерти. При этом AB569 не вредит человеческим клеткам.

7. PNAS опубликовал статью исследователей из Северо-Западного университета (США) с описанием структуры одного из основных белковых комплексов парамиксовирусов (к которым относятся возбудители кори, свинки, парагриппа). Ученых интересовал L-P белковый комплекс, в котором L — фермент, ответственный за синтез РНК, а P — кофактор, необходимый для его работы. Структуры изучали при помощи криоэлектронного микроскопа и получили изображение в виде неправильной глобулы с хвостом.

Биоинформатика

8. Две статьи о появлении генов de novo выпустили исследователи из Ирландии и США. Предметом исследования стали так называемые «орфанные» гены, которые не имеют гомологов. В статье в журнале eLife провели анализ геномных баз для сравнения между собой орфанных генов разных видов эукариот. Выяснили, что треть всех орфанных генов произошла из общего предкового гена путем дивергенции, а две трети возникли другими путями, в том числе de novo из предковой негенной последовательности. В другой статье, опубликованной в Nature Communications, исследователи пытались ответить на вопрос, насколько важны эти орфанные гены. Так, у дрожжей оверэкспрессия орфанных генов приводила к лучшей приспособленности клеток.

Молекулярная диагностика

9. Портал GenomeWeb продолжает следить за ситуацией по тест-системам для нового коронавируса SARS-CoV-2. Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) внедряют новые протоколы наблюдения и выявления коронавируса (SARS-CoV-2) в лабораториях общественного здравоохранения. Тестирование будет совмещено с существующей национальной системой эпиднадзора за гриппом: в пяти городах протестируют на коронавирус образцы людей с отрицательным анализом на грипп и симптомами, напоминающими это заболевание. Для выявления коронавируса будут использованы тесты ОТ-ПЦР в реальном времени, разработанные CDC.

Министерство по контролю безопасности пищевых продуктов и лекарств Кореи одобрило использование ОТ-ПЦР-тестов компании Seegene для выявления коронавируса. Allplex 2019-nCoV Assay — простой тест в одной пробирке, который определяет сразу три разных гена вируса, кодирующих белки E, N и РНК-зависимую РНК-полимеразу вируса. Эти гены рекомендованы в качестве мишеней в протоколах ВОЗ. Тест возможно использовать с автоматической системой, имеющей ПО для анализа от Seegene. Тест занимает 4 часа. У компании есть возможность производить 100 000 тестов в день.

Маркировку CE (Conformité Européenne, «европейское соответствие) получил тест на коронавирус компании Novacyt (Франция, Великобритания). Компания сообщает, что с момента объявления предзаказа на этот тест (14 февраля) пришло 288 тысяч запросов, и надеется получить утверждение в FDA США для использования в чрезвычайной ситуации.

10. FDA опубликовало список наиболее значимых фармакогенетических ассоциаций (PGx). В этом списке перечислены ассоциации генов с лекарствами, одобренными FDA, которые имеют достаточное научное подтверждение. Представленные варианты генов делятся на три категории — фармакогенетические ассоциации с достаточной доказательной базой, чтобы использовать их при коррекции терапии лекарством; ассоциации, для которых есть данные о возможном воздействии на безопасность или эффект лекарства; ассоциации, данные по которым показывают только воздействие на фармакокинетические свойства лекарства. Третья категория не считается клинически значимой. Список еще будет пополняться. FDA призывает врачей сверяться с ним, чтобы рекомендовать пациентам, которым назначено то или иное лекарство, эффективность и безопасность которого зависит от генотипа, пройти генетическое тестирование.

11. С апреля 2019 года продолжается судебное разбирательство между молекулярно-диагностическими компаниями Natera и CareDx. По утверждению CareDx, Natera использует вводящую в заблуждение рекламу, заявляя о несуществующем превосходстве своего теста Prospera, который назначается при трансплантации почки, над тестом AlloSure для диагностики трансплантации органов. Представители CareDx заявляют о ненаучности доводов, приводимых в рекламе Natera. Суд встал на сторону компании CareDx, найдя аргументы Natera неубедительными. Natera, в свою очередь подала встречный иск против CareDx по поводу ложных и ненаучных заявлений в рекламных материалах, однако иск не был удовлетворен.

12. Компании Euformatics и Bio.Logis заключили партнерство для работы над новым программным обеспечением, которое облегчит представление информации пациентам, прошедшим тестирование на основе NGS. Euformatics, расположенная в Хельсинки, поставляет на рынок ПО для анализа и обработки данных секвенирования; ей принадлежит платформа OmnomicsNGS, предназначенная для аннотирования и интерпретации вариантов. Bio.Logis создала пакет Genetic Information Management Suite, предназначенный для анализа и интерпретации сырых данных генетических тестов, создания диагностических отчетов и рекомендаций по лечению. Компании планируют интеграцию своих программных продуктов.

Молбиология

13. Процесс транскрипции всегда создает излишек РНК в клетке, который уничтожается экзосомами, содержащими РНК-экзонуклеазы и ассоциированными с адаптерными комплексами NEXT и PAXT. Эти комплексы помогают экзосоме распознавать субстрат. В работе, опубликованной в Cell Reports, группа датcких ученых выяснила, что мишени NEXT-комплекса содержат 3`-концы без модификаций, а мишени PAXT-комплекса имеют полиаденилированные 3`-концы. Также показано, что комплексы могут работать в кооперации в том случае, если произошло накопление субстратов NEXT-комплекса, но его активность снижена. В такой ситуации к мишени комплекса NEXT добавляется поли(А)-хвост, и она распознается комплексом PAXT.

14. Группа ученых из США и ОАЭ опубликовала в Science Signaling статью, в которой описывается негативное влияние фтора на зубную эмаль. Слишком высокие концентрации фтора могут привести к флюорозу, в особенности у детей, у которых зубы еще формируются. Исследователи изучали воздействие высокой концентрации фтора на эмаль грызунов. Они выяснили, что высокие концентрации фтора приводят к дисрегуляции кальция в клетках, так как меняется способность эндоплазматического ретикулума хранить кальций. Фтор также влияет на функции митохондрий. РНК-секвенирование выявило, что в эмаль-формирующих клетках, которые находились в среде с фтором, понижена экспрессия генов, кодирующих белки ответа на стресс в ЭПР. Это приводит к дисфункции митохондрий.

Палеогенетика

15. Сотрудники кафедры антропологии Университета Юты опубликовали статью о возможном скрещивании неандертальцев и денисовцев с древней популяцией людей. Ученые анализировали геномы представителей современных популяций Европы и Африки по данным из базы Simons Genome Diversity Project (SGDP) и геномы двух неандертельцев и денисовца. В ходе анализа ученые выяснили, что помимо скрещиваний неандертальцев и денисовцев, разделившихся в среднем плейстоцене, 700 тысяч лет назад могли происходить скрещивания с еще одной древней популяцией людей. Генетики попытались вычислить время образования популяции супердревних и получили 1,9 млн. лет назад, если исходить из скорости мутаций 0,45 × 10⁻⁹ на нуклеотид в год. Эта цифра почти совпадает с датировкой самых древних костных останков в Дманиси (1,85 млн. лет назад). Ученые предполагают, что супердревние были частью популяции самых первых людей на территории Евразии (подробнее — на PCR.news).