Реагенты для молекулярной биологии под заказ и планы по созданию single cell комьюнити

Одна из секций конференции NGS-2022, которая состоялась 19 мая в РНИМУ им. Пирогова, была посвящена актуальным предложениям на рынке лабораторного оборудования. Татьяна Буканова, продакт-менеджер компании SkyGen, рассказала о системах для пробоподготовки к анализу единичных клеток и пространственной транскриптомики от 10x Genomics.

Татьяна кратко осветила историю компании, отметив, что продукты 10x неоднократно попадали в лист Top 10 Innovations по версии издания The Scientist. Так, в 2021 году в список вошла станция для пробоподготовки к single cell анализу Chromium X.

Анализ единичных клеток позволяет получить данные, недоступные при анализе bulk-образца ткани. С его помощью можно построить профиль экспрессии каждой клетки и оценить гетерогенность и вариабельность тысяч клеток в образце. Станция Chromium разработана для подготовки к секвенированию единичных клеток на платформе Illumina. Использование Chromium и реагентов от 10x обеспечивает разделение клеток, их баркодирование и подготовку библиотек. Проанализировать и визуализировать данные секвенирования можно с помощью бесплатного софта от 10x.

Технология Chromium работает следующим образом. На микрофлюидный чип наносятся суспензия клеток, гелевые частицы с баркодами и реагенты. Каждая клетка связывается с одной частицей, проходит через масляный барьер и оказывается заключенным в каплю воды в масляной среде. После этого клетки лизируются, РНК связывается с баркодами, проводится обратная транскрипция. В результате образуются молекулы кДНК, принадлежность которых к той или иной клетке можно отследить по баркоду.

В линейке Chromium три станции для работы с единичными клетками: Chromium Controller, Chromium iX и Chromium X. Controller и iX работают по низкопроизводительному и стандартному протоколам, а X может работать со всеми протоколами, в том числе с высокопроизводительным. Для Chromium доступны протоколы анализа экспрессии единичных клеток, профилирования иммунных клеток, ATAC и мультиомного анализа (ATAC + экспрессия генов).

Вторая часть доклада Татьяны была посвящена технологии Visium для пространственной транскриптомики. Visium работает со срезами свежезамороженной или зафиксированной в формалине и залитой в парафин ткани. Срез помещается на специальный слайд с зонами захвата, каждая из которых содержит около 5 000 спотов, к которым пришиты баркоды. Баркодирование клеток и обратная транкрипция происходят прямо на слайде, расположение клеток в образце не нарушается. Специальная программа визуализирует экспрессию генов в точках сопоставляет ее с изображением среза. Благодаря Visium можно увидеть расположение кластеров клеток различных типов друг относительно друга, проанализировать их полные транскриптомы или оценить экспрессию генов мишеней.

«В России сейчас активно используют систему Chromium Controller. Самый большой центр — в Томске, это лаборатория Евгения Денисова в НИИ онкологии Томского НИМЦ. Приборы стоят также в московском Эндокринологическом научном центре, в Казанском федеральном университете, — рассказывает Татьяна Буканова. — У Visium сейчас два активных пользователя: Эндокринологический научный центр и Томский НИМЦ. Мы планируем устроить практикум по применению технологии Visium к образцам FFPE». По словам Татьяны, пользователи Chromium Controller, которым необходимо обрабатывать большие потоки образцов, готовы перейти на приборы следующего поколения. «Chromium X мы поставим в Томск, чтобы показать преимущество прибора», — объясняет она.

В связи с возросшей популярностью анализа единичных клеток и большой востребованностью соответствующего оборудования SkyGen предоставляет возможность арендовать Chromium Controller на особых условиях. «На аренду Controller достаточно большой спрос. В доступе три прибора. Сейчас мы составляем расписание, все хотят попробовать. 10x — это флагман single cell», — говорит Татьяна. В настоящее время SkyGen и лаборатория Евгения Денисова обсуждают создание single cell комьюнити — портала, где ученые могли бы делиться своими методами, идеями экспериментов и результатами.

Также действует акция на наборы Visium для новых пользователей.

IMG_20220519_160005_1 1000.jpg

SkyGen расширяет портфолио брендов. Недавно у российских клиентов появилась возможность заказать реагенты компании GenScript. Можно как приобрести готовые продукты, так и заказать синтез необходимых молекул. Специалист по продукции Наталья Зеленова рассказала на стенде SkyGen об особенностях продуктов компании: «В первую очередь мы выбрали компанию GenScript в качестве поставщика с широким портфолио нуклеаз Cas-типа и соответствующих реагентов. Но получили мы гораздо больше, потому что GenScript дает огромные возможности для исследования белков, огромный выбор антител и услуги по синтезу олигонуклеотидов и генов с большим выбором модификаций и векторов-носителей». Производство GenScript находится в Китае. По словам Натальи, в сложившейся ситуации клиенты, которым требуется синтез под заказ, все чаще переориентируются на эту компанию. Первые заказы уже доставлены, пользователи ставят эксперименты, и SkyGen ждет отзывов о продуктах.

Подробнее о продуктах 10x и GenScript расскажут специалисты SkyGen.

Сайт: https://www.skygen.com/

E-mail: info@skygen.com

Телефон: 8 (495) 215-02-22

Бесплатная линия: 8 (800) 333-12-26

   Партнерский материал

Добавить в избранное

Вам будет интересно