Цифровая ПЦР повышает точность диагностики COVID-19

Ученые разработали протокол определения SARS-CoV-2 в клинических образцах с помощью цифровой ПЦР. Точность нового метода выше, чем у стандартной количественной ПЦР в реальном времени.

Credit:
anyaivanova | Shutterstock.com

В настоящее время диагностика COVID-19 производится с помощью количественной ПЦР в реальном времени. Однако чувствительность такого метода недостаточно высока (при взятии пробы из глотки — 30–60%). Команда ученых из Китая разработала методику диагностики, основанную на цифровой ПЦР (RT-dPCR).

При цифровой ПЦР, в отличие от ПЦР в реальном времени, проба разделяется на мельчайшие фракции, в каждой из которых находится 1–2 молекулы нуклеиновой кислоты (принцип метода наглядно продемонстрирован на видео). Благодаря этому легче детектировать и посчитать редкие варианты ДНК, что повышает точность диагностики.

Исследователи разработали протокол, который позволяет с помощью цифровой капельной ПЦР обнаруживать открытые рамки считывания специфических генов вируса SARS-CoV-2: ORF1ab, гена нуклеокапсидного белка (N) и гена E. Кроме того, они сравнили его с обычной количественной ПЦР на 194 клинических образцах и обнаружили, что цифровая ПЦР позволяет значительно повысить чувствительность и точность диагностики коронавирусной инфекции.

Образцы были отобраны у трех групп пациентов: 103 индивидов с температурой и подозрением на коронавирусную инфекцию, 75 индивидов, контактировавших с ними, и 16 индивидов, которые считались выздоравливающими.

При проведении цифровой ПЦР предел обнаружения (limit of detection) составил 2 копии мишени на 1 реакцию, предел холостого опыта (limit of blank) — 1,6, 1,6 и 0,8 копий на реакцию для генов ORF1ab, N и E соответственно.

В 95,5% случаев тест правильно определял наличие коронавируса. Цифровая ПЦР значительно повысила точность диагностики для пациентов с температурой и подозрением на коронавирус: с 28,2% до 87,4%. Что интересно, в группе выздоравливающих наблюдалась корреляция количества копий РНК вируса с возрастом пациента (чем старше пациент, тем больше вирусная нагрузка). Следовательно, пожилые люди после исчезновения симптомов должны дольше оставаться под наблюдением врачей.

Данная работа свидетельствует о том, что цифровая ПЦР может служить мощным дополнением к современной количественной ПЦР, которая используется для диагностики коронавирусной инфекции.

Источник

Lianhua Dong, et al. // Highly accurate and sensitive diagnostic detection of SARS-CoV-2 by digital PCR. // medRxiv 2020.03.14.20036129; DOI: 10.1101/2020.03.14.20036129
Добавить в избранное

Комментарии

Вам будет интересно