Чем болеют дельфины? Ответ ищут «Дельфа» и SkyGen

Центр спасения дельфинов «Дельфа» начал свою работу в 2017 году. Сотрудники и волонтеры некоммерческой организации освобождали дельфинов из сетей, спасали больных животных — лечили их и возвращали в среду обитания. А в 2022 году случилась беда: черноморские дельфины стали массово умирать. Животные выбрасывались на мели или кружили у мелководья и затем погибали; умерло более 500 дельфинов, и это только документированные случаи.

Сотрудники Центра сражались за каждую дельфинью жизнь. Так, у одной самки произошла потеря детеныша. Саму ее удалось спасти — выздоровела она довольно быстро и самостоятельно уплыла в море, но пока чувствовала себя плохо — не отплывала от спасателей даже во время длительных «прогулок» в море и возвращалась к берегу на медпроцедуры.

Что это была за болезнь? Наиболее вероятной причиной казалось инфекционное заболевание, и симптомы позволяют предположить заражение морбилливирусом, но как узнать точно? Если вспышка повторится, от верного диагноза будет зависеть выбор протокола лечения.

К научной части работы «Дельфа» подходит ответственно. Однако в 2022 году у спасателей был переносной аппарат УЗИ, анализаторы крови, но еще не было собственной лаборатории для молекулярных исследований. Образцы больных дельфинов отправляли в обычные ветклиники, и выполненные там ПЦР-анализы не помогли установить возбудителя заболевания — возможно, потому, что праймеры не подходили к вариантам вирусов, встречающихся у китообразных.

В 2023 году произошли большие изменения. У команды морских спасателей появился собственный реанимобиль, рассказывает научный консультант Центра и один из его организаторов — кандидат биологических наук Екатерина Джикия, специалист по генетической структуре популяций морских млекопитающих. Есть планы по приобретению российского переносного амплификатора, достаточно простого в обращении, чтобы ПЦР мог поставить даже волонтер без молекулярно-биологического образования. Начата разработка тест-систем, которые адекватно определяли бы инфекции подопечных Центра.

Однако для понимания, насколько хорошо выбраны участки для посадки праймеров, нужно секвенировать геномы патогенов из образцов, взятых от дельфинов. Более того, секвенирование как метод диагностики работает даже в том случае, когда возбудитель неизвестен и у исследователя нет абсолютно никаких предположений по поводу того, какой ПЦР-набор можно было бы использовать.

— Во время эпизоотии мы собрали много образцов, но с помощью ПЦР определить не смогли. Хотя по всем признакам это был морбилливирус. Хотели отдать на секвенирование, но почти ни у кого не было возможности это сделать. Нам отказывали по разным причинам, — говорит Екатерина Джикия. — Секвенировать образцы и понять, что это, было бы логично. Один и тот же возбудитель или разные? Ведь когда ты находишь тяжелобольного дельфина на берегу, сталкиваешься не только с первичным возбудителем, но и с присоединенными дополнительными инфекциями. И часто они маскируют основную причину. Хотелось бы и микробиом выдоха посмотреть.

Неудивительно, что выбор команды пал на продукцию компании Oxford Nanopore Technology. Ее приборы блестяще показали себя в полевых исследованиях по всему миру, при этом по качеству полученных последовательностей они уже не уступают секвенированию путем синтеза. А неоценимым преимуществом нанопорового секвенирования остаются длинные прочтения. Именно SkyGen выступил поставщиком нанопорового секвенатора, на котором сотрудники Центра «Дельфа» будут проводить секвенирование.

Также теперь у сотрудников «Дельфы» есть возможность проанализировать те пробы, которые они собрали в прошлом году — в том числе от дельфина Вилли, с неврологической формой заболевания:

— Наши микробиологи провели вирусологические исследования материала от павшего дельфина и выделили вирус на культуре клеток. Однако определить его таксономию пока не удается. Но в 2022 году никто не взялся за секвенирование, все сказали, что не могут: «Найдите биоинформатика, который пропишет протокол, как это делать», — рассказывает Екатерина.— А девочки из отдела научной поддержки SkyGen, Анна Петрова и Наталья Демиденко, нашли очень красивое решение, как это сделать просто. Меня восхитил подход. Очень приятно, что к нам так тепло отнеслись.

Скоро на PCR.NEWS будет опубликовано большое интервью с Екатериной Джикия

Планы «Дельфы» не исчерпываются только идентификацией возбудителя эпизоотии 2022 года.. Сотрудники думают об изучении микрофлоры дельфинов — условия дельфинария изменяют ее к худшему, и важно понять, как она восстанавливается в процессе реабилитации. Это важно не только для здоровья отдельной особи, ведь на волю дельфина выпускают вместе с его микрофлорой, и она может повлиять на микрофлору диких популяций. Молекулярные исследования помогут в изучении иммунитета животных. Наконец, генетические методы позволят оценить состояние популяций морских млекопитающих, возможно, уточнить родственные связи между особями.

Взаимодействие центра «Дельфы» и SkyGen улучшит жизнь не только людей, но и черноморских дельфинов. И это правильно: анализ ДНК охватывает все новые сферы и предоставляет возможности, которые еще десять лет назад нельзя было вообразить.

                                                                                                                                               Посвящается Дню океана и работе Центра спасения дельфинов «Дельфа»

Реклама

Рекламодатель ООО "Скайджин"

Токен LdtCKWUge