GenoLab M — новое имя высокопроизводительного секвенирования

— Компания GeneMind Biosciences, основанная в 2012 году в Шэньчжэне, специализируется на разработке платформ для секвенирования ДНК. У компании собственный завод с производственной мощностью до 1000 секвенаторов в год. Кроме того, GeneMind также производит все необходимые для NGS расходники, у них собственные красители, ферменты, зонды, ячейки — все делают сами, — объясняет Андрей Ерёмин, с которым мы встретились на VIII Российском конгрессе лабораторной медицины.

Чем интересен секвенатор GenoLab M?

1)      GenoLab М совместим с любыми наборами для подготовки библиотек на базе TruSeq и Nextera, никаких китов для конверсии или модификации протоколов не нужны. Технологию производители назвали SURF-seq; краткий доклад о ней был на нашей школе NGS.

2)      На GenoLab M можно проводить секвенирование в двух независимых проточных ячейках. Это дает гибкость в дизайне экспериментов. В России часто секвенатором пользуется не одна лаборатория, а несколько, организуется своего рода центр коллективного пользования – одновременный сиквенс двух разных библиотек дает возможность независимой работы двух научных групп.

3)      Быстрые и бесперебойные поставки сиквенсовой химии, проточных ячеек и самого секвенатора – 2 недели из Китая в Москву.

4)      Оперативная техническая поддержка — обученная и аккредитованная компанией GeneMind Biosciences инженерная служба базируется в Москве и является частью Sesana. Запчасти для ремонта имеются на складе.

5)      4-х цветовая химия.

— Многие пользователи в России по-прежнему не доверяют производителям из Китая, что бы Вы могли им сказать?

 — Очень показательным я считаю опыт Геномеда. С февраля прошлого года у нас 24/7 идут запуски на двух секвенаторах GenoLab M, это тысячи образцов с коммерческих заказов крупного медицинского центра ежемесячно. Не будь технология надежной и качественной, Геномед не перенес бы исследования на платформу Genolab M.

 — Можно ли как-то опробовать секвенатор у Вас в лаборатории?

 — Конечно! У нас можно отсеквенировать свою библиотеку, посмотреть примеры QC репортов с запусков, проанализировать демонстрационные fastq файлы с самых разных экспериментов.

Рабочие параметры GenoLab M

Проточных ячеек на цикл	2 (поддержка работы в режиме запуска одной или двух независимых ячеек)
Максимальное количество прочтений на запуск	500M (2 проточные ячейки FCM),  1000M (2 проточные ячейки FCH)
Типы и длины прочтений	SE75, SE150, PE75, PE100, PE150
Максимальная базовая пропускная способность на запуск	25–150 Гб (FCM),  50–300 Гб (FCH)
Общее время секвенирования	12–48 ч
Качество данных	Q30 > 80%
Метод	Секвенирование путём синтеза (4-цветовая химия)

В PubMed доступны научные статьи, в которых изучаются возможности GenoLab M. В самой последней статье, 2022 года, сравнивают точность и воспроизводимость данных, полученных в экспериментах по секвенированию генома и экзома на трех платформах: GenoLab M, Illumina NextSeq 550 и NovaSeq 6000. В другой статье сравнивают результаты секвенирования транскриптомов и длинных некодирующих РНК на GenoLab M и NovaSeq 6000.

GenoLab M поддерживает широкий спектр решений. Он отлично подходит для секвенирования малых геномов вирусов и бактерий. Большим спросом пользуются метагеномные и транскриптомные исследования, в том числе секвенирование РНК единичных клеток. В коммерческих лабораториях наиболее востребованы неинвазивный пренатальный тест (НИПТ) и преимплантационное генетическое тестирование на анеуплоидии (ПГТ-А), тестирование в области онкологии и наследственных заболеваний, а также секвенирование полного экзома и различных таргетных панелей — на гены, SNP, вариации числа копий, инделы.

 — А ваш собственный опыт работы на GenoLab M? Что вы можете сказать о нем?

— Пожалуй, самый показательный кейс у нас получился в сотрудничестве с Томским НИМЦ. Был проведен эксперимент по пространственной транскриптомике (результаты не опубликованы, но краткая информация об этом эксперименте размещена на сайте компании. — PCR.NEWS). Приготовили библиотеку на 10X Genomics Visium и отсеквенировали ее на NextSeq 2000 и на GenoLab M. Как показал биоинформатический анализ, количество кластеров, на которые делятся транскриптомы, их локализация на срезе, списки дифференциально экспрессируемых генов, которые отличают кластеры между собой, — все это отлично воспроизводится между платформами. 

— В своей презентации Вы не раз говорили, что GenoLab M — это аналог NextSeq 2000. Иногда некоторые видят в слове «аналог» негативный подтекст. Что вы об этом думаете?

— Я бы не стал воспринимать это в негативном ключе. Мы говорим «аналог», чтобы аудитория сразу поняла, о чем идет речь. Когда люди слышат «аналог NextSeq 2000», все понимают, что это секвенирование путем синтеза, мостиковая ПЦР, понимают, как библиотеки готовятся. Так проще объяснить.

Партнерский материал

Дальнейшая информация:

www.sesana.ru

sales@sesana.ru

+7 (495) 128 82 74