Коронавирус или грипп? Как узнать точно

Набор для одновременного выявления коронавируса и вирусов гриппа в респираторных мазках зарегистрирован в России.

Credit:
123rf.com

У пациента высокая температура, сильный кашель и слабость. Коронавирус, грипп, то и другое сразу, а может быть, ни то, ни другое? В России зарегистрирована мультиплексная тест-система, которая выявляет в образцах и коронавирус SARS-CoV-2, и вирусы гриппа А и В — АмплиПрайм® SARS-CoV-2/Flu (A/B/H1pdm09) компании «НекстБио». На вопросы PCR.news отвечают генеральный директор «НекстБио» Олег Лавинюков и директор научно-производственного комплекса компании Мария Сенина.

 


Идея вашего тест-набора в том, чтобы быстро, с помощью одного анализа, различить коронавирус и грипп?

О.Л. Да, идея совершенно светлая. Когда у человека есть набор респираторных симптомов, желательно знать, чем лечить и куда бежать. Это надо было делать еще в начале лета, когда масштаб эпидемии был не очень ясен. И мы понимали, что наступит осень, вернется грипп, и появятся люди, про которых невозможно будет сразу сказать, чем они больны. Родилась идея такого мультиплекса.

«НекстБио» — первая компания, которая получила регистрационное удостоверение в РФ на такой тест?

О.Л: Да.

Чем мультиплексный ПЦР-тест отличается от моноплексного, только на коронавирус или только на грипп А?

М.С.: Наша тест система позволяет в ходе одного анализа одновременно выявлять четыре вирусных патогена, а также контролировать прохождение реакции амплификации с помощью внутреннего контрольного образца. То есть задействовано пять каналов в амплификаторе, что позволяет дифференцировать вирусы гриппа и коронавирус человека. По одному каналу выявляется вирус гриппа А, по другому — вирус гриппа В, по третьему — коронавирус человека SARS-Cov-2, по четвертому — субтип вируса гриппа А 2009 года, то есть вирус гриппа, который был возбудителем при пандемии гриппа 2009 года.

Субтип 2009 года — это тоже грипп А. За счет чего он отличается от всех остальных вирусов гриппа А?

М.С.: У субтипа 2009 года есть особенности в последовательности гена гемагглютинина. Это позволило разработать праймеры с высокой степенью специфичности для этого теста.

И если человек инфицирован пандемическим вирусом 2009 года — кстати, насколько это вероятно? Этот вирус еще ходит у нас в популяции?

М.С.: Да, и более того, большинство вакцин от гриппа сейчас на него ориентировано. В нашем тесте, если это пандемический грипп, то будет положительный сигнал по двум каналам: по каналу гриппа А и по каналу пандемического гриппа. Если это не пандемика, то сигнал будет только по гриппу А.

Ваш тест сделан в формате One-Step?

М.С.: В принципе, все тесты с применением обратной транскрипции, которые у нас разрабатываются, мы производим в режиме One-Step, то есть обратная транскрипция и ПЦР проводятся в одной пробирке. Это позволяет уйти от предыдущего поколения тестов, когда образцы переносились из пробирки в пробирку, что вызывало риски контаминации. А здесь мы один раз внесли образец, пробирку закрыли, и после выдачи результатов она просто утилизируется. Пробирку больше не открывают, риск заражения лаборатории сведен к минимуму. Тем не менее наш набор реагентов содержит специальную систему защиты от контаминации ампликонами. В ходе ПЦР образуются в высокой концентрации короткие фрагменты ДНК — ампликоны, которые при ненадлежащей работе лаборатории могут попадать в образцы и приводить к выдаче ложноположительных результатов. Наша система содержит специальный фермент, который разрушает эти фрагменты.

Теперь про коронавирус, который сейчас всех волнует больше, чем грипп. Вопрос, который задают всем производителям тестов: вы провели исследования на кросс-реакции с другими коронавирусами, убедились в их отсутствии?

М.С.: Провели и убедились. Это всегда учитывается в первую очередь при подборе праймеров, при проектировании и разработке набора. И после разработки проводятся внутренние испытания на панели штаммов, а затем специфичность, как и другие характеристики набора, подтверждается при государственной регистрации, в ходе регистрационных испытаний. Это долгий путь, и он гарантирует, что набор должен быть исключительно специфичным.

Никаких кроссов с сезонными коронавирусами, SARS-CoV, MERS-CoV?

М.С.: Совершенно исключено. И проверено неоднократно.

Давайте проговорим про контроли: не во всех зарегистрированных наборах для ПЦР-диагностики присутствуют все те контроли, что есть у вас. Что такое «внутренний контрольный образец», почему он необходим?

М.С.: Внутренний контрольный образец позволяет контролировать, насколько эффективно прошла экстракция, насколько эффективно удалены ингибиторы ПЦР, и саму реакцию амплификации — то есть полный цикл исследования, от экстракции до выдачи результатов. Это РНК, искусственно синтезированная последовательность, которую добавляют в каждый исследуемый и контрольный образец, Если все этапы выполнены корректно, эта последовательность амплифицируется и генерирует сигнал.

И если этого сигнала, на пятом канале, нет, это значит, что мы имеем, возможно, ложноотрицательный результат? Вирусные последовательности не обнаружены не потому, что их нет, а из-за ошибки на каком-то этапе?

М.С.: Мы имеем невалидный результат. Бывают такие ситуации, когда результат положительный, а внутренний контроль не прошел. Это может быть ошибкой лаборанта, который его не закапал при выделении, но результат все равно является невалидным.

А положительный контрольный образец — это РНК коронавируса?

М.С.: Фрагмент РНК коронавируса, это не полный геном, а фрагменты генома коронавируса и вирусов гриппа. В концентрации, близкой к точке чувствительности, чтобы убедиться, что чувствительность набора сохранена. Он позволяет проконтролировать, насколько эффективно прошла амплификация в клинических образцах.

И есть еще отрицательные контроли?

М.С.: Отрицательный контрольный образец на этапе экстракции необходим для понимания чистоты работы лаборатории. Если он отрицательный, иными словами, чистый, это значит, что все правила при постановке были соблюдены, ни на этапе экстракции, ни на этапе амплификации не произошла контаминация. Отрицательный контроль этапа ОТ-ПЦР играет аналогичную роль: если он положительный, надо искать источник ошибки на этом этапе.

Если в пробирке с положительным контролем отрицательный результат или в пробирке с отрицательным контролем — положительный, то мы понимаем, что нужно переставлять реакцию?

М.С.: Да, результаты ставятся под сомнение.

В документации упоминаются панели контрольных образцов, с помощью которых лаборатории смогут проверить качество тестирования. Что собой представляют эти панели?

М.С.: Это панель, в которой образцы зашифрованы, не указано, где положительные, где отрицательные. Положительные обычно бывают разной концентрации: близкая к точке чувствительности концентрация, повыше, высокая. Лаборатория исследует зашифрованные образцы, слепым методом выдает результаты и отправляет их в референсный центр, оттуда сообщают, насколько результаты точны: 100%-ное совпадение или нет, какие образцы были положительными, какие отрицательными. Отсюда делается вывод о том, насколько качественно проходит диагностика в этой лаборатории. Такие панели существуют для других возбудителей, и появление их для выявления РНК коронавируса — скорее вопрос времени.

В каких случаях можно рекомендовать тестирование с помощью вашего набора? Для скрининга при любых респираторных симптомах?

М.С.: В общем, да. Сейчас, в период эпидемии, этот вопрос стоит особенно остро. Если это коронавирус, во многих случаях лечение нужно проводить незамедлительно, необходима изоляция пациента. Если это грипп, любой из субтипов гриппа, тоже человека желательно изолировать, назначить противогриппозные препараты. Так что это может быть как скрининг, так и получение информации для выбора тактики лечения.

В обществе болезненно воспринимается вопрос о ложноотрицательных результатах ПЦР-тестов. У вас заявлен предел обнаружения 1000 копий генома вируса на миллилитр, 10 в третьей степени. Это хорошая чувствительность?

М.С.: Достаточная для выявления на ранней стадии заболевания, когда еще у человека нет симптомов, а вирус уже начал свою репликацию. Это одна сторона медали. А вторая сторона — это когда человек уже выздоравливает, не имеет симптомов или имеет остаточные симптомы, считает себя здоровым и безопасным для окружающих. Но при этом некоторое количество вируса еще присутствует на слизистых, то есть он потенциально опасен. Наш тест позволяет отслеживать такую концентрацию вируса.

Много ли инфицированных людей с более низкими концентрациями в мазке?

М.С.: Немного, но, когда заявляется еще более высокая чувствительность, она начинает терять свою достоверность. Результат анализов носоглоточных мазков очень зависит от качества взятия биоматериала, от того, насколько правильно он хранился. Учет всех этих факторов приводит нас к тому, что эта, заявленная нами чувствительность — она достоверная.

У вас есть рекомендация, в какой промежуток времени следует брать биоматериал, скажем, считая от начала симптомов?

М.С.: Такой четкой рекомендации нет, по той причине, что у разных пациентов картина разная, динамика вирусной нагрузки очень индивидуальна. У кого-то вирус выявляется на первый же день и без симптомов. У кого-то продолжает выявляться после выздоровления, вплоть до 90 дня от начала заболевания. Такие случаи описаны в литературе. Усреднить, дать какое-то «окно» сложно. В любом случае рекомендации включают контакт с человеком, у которого подтверждено заболевание, —это однозначно, либо появление респираторных симптомов, когда человек ощущает, что нездоров.

То есть после контакта с заболевшим имеет смысл сделать такой тест?

М.С.: Абсолютно точно имеет смысл.

О.Л.: И тут важно упомянуть не только о том, когда делать забор биологического материала и насколько качественно, но и его транспортировку в лабораторию. Понятно, что это лабораторный тест, он выполняется на специальном оборудовании, не в домашних условиях. Поэтому транспортировка биоматериала — это отдельная задача. Что касается «НекстБио», у нас есть специальные среды, предназначенные именно для транспортировки респираторных мазков. Мы предлагаем использовать их в связке, это некая система, готовое решение полного цикла, от взятия биоматериала до выдачи результатов: транспортная среда, выделительная система и амплификационная система.

Когда начнется производство набора?

М.С.: Массовое производство этого теста мы планируем начать в январе.

На ваших мощностях?

О.Л.: Да, собственные мощности «НекстБио», здесь, в Москве. Мы предполагаем, что через два месяца объем достигнет примерно миллиона тестов в месяц.

Планируется ли экспорт?

О.Л.: Мы, как производственная организация, ориентируемся в первую очередь на Российскую Федерацию. И пока не будет насыщен рынок здесь, мы не планируем продавать куда-то еще.

На зарубежных рынках, наверное, высокая конкуренция, там свои разработки?

О.Л.: Конечно, такие разработки есть. Но тем не менее наши переговоры с европейскими партнерами говорят о том, что им интересен наш тест.

 

Партнерский материал

Добавить в избранное

Вам будет интересно