Коротко

Горные гориллы, обитающие в Руанде, Уганде и Демократической Республике Конго, часто контактируют с туристами. Есть вероятность, что между гориллами и людьми происходит обмен герпесвирусами. В частности, ученые давно подозревают, что гориллы, содержащиеся в неволе, заражаются вирусом, сходным с человеческим вирусом простого герпеса 1 типа (HSV-1), который вызывает язвы на лице и на слизистой оболочке рта. В новой работе ученые из США и Руанды проверили репертуар герпесвирусов горилл, анализируя слюну с жеваных и выброшенных растений. Исследование охватило образцы слюны от 294 особей — представителей 26 групп. Герпесвирусы искали с помощью ПЦР.

Ученые не обнаружили человеческих герпесвирусов у горилл, живущих в природе, но выявили ДНК специфических вирусов, гомологичных человеческим, в том числе цитомегаловирусов, лимфокриптовируса (гомологичен вирусу Эпштейна-Барр) и нового радиновируса (гомологичен герпесвирусу, ассоциированному с саркомой Капоши). Авторы заключают, что HSV-1 пока не поразил диких горных горилл, несмотря на тесный контакт с людьми. Однако реинтродукция в дикую природу горилл, содержащихся в неволе, требует особых мер предосторожности.

Работа опубликована в American Journal of Primatology.

Американская компания-разработчик диагностических тестов Cue Health подала заявку в Управление по контролю продуктов и медикаментов США (FDA) на одобрение молекулярного теста на грипп и SARS-CoV-2 — Cue Flu + COVID-19 для экстренного использования (EUA). Тест подходит как для домашнего использования без присутствия медработника, так и для диагностики в медучреждениях. Cue Flu + COVID-19 может обнаруживать и различать грипп и COVID-19 за 25 минут.

В картридж теста Cue Flu + COVID-19 помещают мазок из носа и анализируют в специальном устройстве Cue Reader; оно отправляет результат в приложение Cue Health, которое нужно установить на мобильное устройство.

В случае одобрения FDA тест будет интегрирован в систему Cue Care, которая представляет собой комплексное решение компании для тестирования и начала лечения в один день. Приложение Cue Health позволяет проконсультироваться с врачом и получить домашнее лечение, если оно требуется, в течение нескольких часов.

О других разработках компании на J.P.Morgan Health

Африканская чума свиней (АЧС) — высококонтагиозная инфекция, вызываемая ДНК-содержащим вирусом рода Asfivirus, которая неопасна для человека, но смертельна для домашних свиней и диких кабанов. Эндемичное для Африки заболевание в последние годы стремительно распространяется в мире и с 2018 года привело к гибели более 100 миллионов свиней. Сейчас АЧС угрожает примерно трем четвертям мирового поголовья. Особенно обеспокоены ведущие производители свинины в Китае и в Германии, куда он проник два года спустя.

Борьба с АЧС оказалась более сложной задачей, чем предполагали специалисты, пишет The Guardian. Это связано с уникальной жизнеспособностью вируса — он выживает в замороженном мясе до 1000 дней. Очевидно, что быстро справиться с АЧС поможет только безопасная и эффективная вакцина, которой пока не существует. В газете сообщается о нескольких кандидатах в вакцины против АЧС, разработкой которых занята команда ученых под руководством Фернандо Родригеса из института CReSA-IRTA в Барселоне.

Исследователи создали библиотеку генов, содержащую более 4000 плазмидных клонов, каждый из которых кодирует отдельный фрагмент генома вируса АЧС. Экспериментальная проверка трех ДНК-вакцин с разными комбинациями генов показала, что не менее 50% иммунизированных свиней выжили после заражения летальным вирусом АЧС.

Компания Pacific Bioscience представила систему секвенирования мультиплексных массивов MAS-Seq, разработанную компанией 10x Genomics в партнерстве с Институтом Бродов, МТИ и Гарвардом. Технология анализа экспрессии генов единичных клеток от 10x Genomics позволяет исследовать транскриптомы методом секвенирования РНК. Полученные данные помогут обнаружить новые терапевтические мишени, в частности, идентифицировать и описать новые изоформы, драйверные мутации и гены рака. Вместе с набором MAS-Seq компания выпустит новое программное обеспечение SMRTLink.

Набор MAS-Seq является первым в серии продуктов компании PacBio, разработанных в сотрудничестве с 10x Genomics.

Illumina объявила о сотрудничестве с французской компанией GenoScreen для продвижения геномного тестирования на туберкулез с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ). Финансовые условия сделки не раскрываются. Партнерство поможет достижению целей стратегии Всемирной организации здравоохранения по прекращению глобальной эпидемии туберкулеза к 2035 году. До появления COVID-19 именно туберкулез был наиболее частой причиной смерти от инфекционных заболеваний.

Реагенты для NGS от Illumina дополнит анализ Deeplex Myc-TB компании GenoScreen на основе таргетного секвенирования, предназначенный для обнаружения микобактерий туберкулезного комплекса, а также прогнозирования резистентности к 15 антибиотикам. Использование теста Deeplex Myc-TB с платформами NGS от Illumina позволит получить результат в течение 24-48 часов, тогда как стандартные методы тестирования на основе посевов занимают два месяца.

Illumina заявляет, что это партнерство поможет странам с низким уровнем дохода противостоять распространению туберкулеза с МЛУ.

Биотехнологическая компания GenoScreen со штаб-квартирой в Лилле была создана в 2001 году. В 2013 году она представила молекулярно-генетический метод MIRU-VNTR для генотипирования микобактерий туберкулеза, в 2019 году — тест Deeplex Myc-TB.

Команда из США и Китая собрала базу данных по экспрессии генов и альтернативному сплайсингу у домашних животных: скота, птицы, кошек и собак. База, получившая название LivestockExp включает информацию по 43 710 образцам от 14 видов животных, принадлежащих к шести порядкам, и снабжена инструментами для поиска, анализа и визуализации генной экспрессии, экспрессионных сетей, дифференциальной экспрессии и других транскрипционных паттернов. Подробно о создании и свойствах базы ученые рассказали в BMC Genomics. По их мнению, LivestockExp — ценный ресурс для изучения связи фенотипов домашних животных с особенностями генной экспрессии.

Опиоиды, прежде всего морфин, эффективно снимают боль, но при этом могут угнетать дыхание и вызывать привыкание. Международная группа ученых обратила внимание на вещества, взаимодействующие с α2A-адренергическим рецептором, которые тоже облегчают боль. В настоящее время уже существуют препараты, таргетирующие этот рецептор — бримонидин, клонидин и дексмедетомидин. Однако они вызывают сонливость, потому применяются только в отделениях интенсивной терапии. Авторы работы поставили задачу — отделить обезболивающий и седативный эффекты.

Ученые искали химические соединения, которые активируют адренергический рецептор в центральной нервной системе без седативного эффекта. Они просмотрели виртуальную библиотеку более 300 млн молекул в поисках тех, что подходят к рецептору, но при этом не родственны известным препаратам. После серии симуляций выбрали 50 молекул, синтезировали их и протестировали, в результате получили две, подходящие под заданные критерии. Эти две оптимизированные молекулы эффективно уменьшали болевые ощущения у модельных животных, не оказывая при этом седативного эффекта.

В этом году более 47 миллионов кур и индеек в США погибли из-за инфекций птичьим гриппом и выбраковки, что вызвало запреты на экспорт, снижение производства яиц и мяса индейки, сообщает Reuters. Это близко к антирекорду 2015 года, когда погибло 50,5 миллиона птиц.

По словам Розмари Сиффорд, главного ветеринарного врача Министерства сельского хозяйства США (USDA), вспышка вызвана штаммом подтипа H5N1. Летом распространение инфекции замедлилось, но не прекратилось полностью, как было в 2015 году. Тот же штамм goose/Guangdong стал причиной кризиса в животноводстве Европы, добавила она.

Сиффорд также отметила, что этот вирус обнаруживается у большего количества диких птиц, чем штаммы, наблюдаемые ранее, и, возможно, он дольше персистирует в организме. Из-за перелетных птиц повышенная угроза инфекций может сохраняться до лета 2023 года.

Экологи-микробиологи из Японского национального технологического института собирали в пещерах и горячих источниках олиготрофные микроорганизмы (существующие в условиях дефицита питательных веществ). Они планировали найти микроорганизмы, перспективные для биотехнологических разработок, но их находка оказалась важной с фундаментальной точки зрения — как еще одно промежуточное звено между одноклеточным и многоклеточным.

Микроорганизм из пещеры, получивший название Jeongeupia sacculi sp. nov. HS-3, при делении образует длинные нити, которые складываются в двумерные структуры, окрашенные интерференцией света в цвета радуги. Через несколько дней плоский лист утолщается, клеточный конгломерат начинает формировать незамкнутую сферу, вмещающую скопления непрозрачных палочковидных дочерних клеток, которые «выстреливаются» при контакте с водой и дают начало новым конгломератам.

HS-3 был найден на стене пещеры над ручьем. «Многоклеточное тело» формируется на стенке, и, вероятно, когда вода в ручье поднимается из-за дождя, она уносит клетки-«семена». Комментаторы, к которым обратился Science, отмечают, что открытие HS-3 подчеркивает важную роль окружающей среды в эволюционном развитии сложности.

Ученые из Марокко создали веб-сервер BuscoPhylo для автоматизированного филогенетического анализа, основанного на методе BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs). Чтобы запустить анализа, пользователь должен внести в программу геномную или транскриптомную сборку или аннотированный набор генов, а также указать домен, к которому принадлежит организм. BuscoPhylo работает бесплатно и полностью онлайн. На выходе пользователь получает филогенетическое древо, которое можно скачать. Разработчики протестировали программу на 35 публично доступных геномах бактерии Dickeya solani. Топология итогового филогенетического древа соответствует таковой для древа, полученного ранее с помощью другой программы. Вторым тестовым объектом стал грибок Fusarium oxysporum.

Подробно о разработке и свойствах BuscoPhylo авторы рассказали в Scientific Reports. Они отмечают, что программа подходит для неспециалистов и заполняет пробел между двумя основными методами геномного анализа: сборкой генома и филогенетическим анализом. Команда будет поддерживать BuscoPhylo не менее двух лет, обеспечивая необходимые обновления софта. В планах — добавить опцию работы с сырыми ридами, а также добавить этап сборки, чтобы пользователь мог сразу переходить от секвенирования к филогенетическому анализу.