«Доказательства» лабораторного происхождения SARS-CoV-2: новые или старые?

Британская газета Daily Mail сообщает, что редакции удалось получить статью об искусственном происхождении вируса и побеседовать с авторами. Статью «в ближайшие дни» должен опубликовать Quarterly Reviews of Biophysics Discovery. До января 2020 года этот журнал был подразделением Quarterly Reviews of Biophysics (импакт-фактор 5,45). На 31 мая статья еще не появилась среди принятых к публикации.

Это не первое выступление авторов в защиту гипотезы об искусственном происхождении коронавируса. Статью с тем же названием, что указано в публикации Daily Mail, «A Reconstructed Historical Aetiology of the SARS-CoV-2 Spike», те же три автора — Биргер Сёренсон, Энгус Далглейш и Андрес Сусруд —опубликовали в Интернете в июне 2020 года (ее можно найти на сайте норвежской газеты Minerva). Статья вызвала критику научного сообщества, по словам авторов, ведущие научные журналы отказались ее публиковать.

Биргер Сёренсон возглавляет фармацевтическую компанию Immunor, которая разработала кандидатную вакцину от коронавируса под названием Biovacc-19. В той же компании аффилирован и Андрес Сусруд. Далглейш — профессор Лондонского университета (Институт инфекции и иммунитета св. Георгия), опционы на акции компании есть и него, сообщает Daily Mail. Тот же авторский коллектив в июне 2020 года опубликовал в QRB Discovery статью о вакцине Biovacc-19, которая находилась на «продвинутой стадии преклинической разработки», более свежей информации об этой вакцине найти не удалось. По утверждению авторов, доказательства искусственного происхождения они нашли именно в ходе работы над вакциной. Biovacc-19 объявляется более эффективной и безопасной, чем другие, поскольку ее дизайн основан на понимании происхождения вируса.

Biovacc-19 — пептидная вакцина, она содержит не целый S-белок коронавируса, а его фрагменты, а также адъювант. Вакцин против SARS-CoV-2 на такой платформе немного, один из примеров — российская «ЭпиВакКорона». Чтобы создать вакцину, авторы проанализировали все возможные фрагменты S-белка по шесть аминокислот (примерно таков размер участка белка, с которым связывается антитело) и нашли, что только 21,6% таких фрагментов не встречаются в белках человека. Именно эти фрагменты они использовали для создания своей вакцины, выбрав среди них те, которые предположительно участвуют во взаимодействии с человеческой клеткой и ее заражении. «Вакцинные антигены, используемые в Biovacc-19, представляют собой пептидные цепочки общей длиной 30–36 аминокислот, состоящие из эпитопов, помещенных в каркасы, аналогичные описанным в патенте США US9950811B2n», — говорится в статье. Точные последовательности эпитопов не раскрываются.

Исследовательская группа «Иммунора» делает упор на то, что среди шести отличий S-белка нового коронавируса от S-белков других коронавирусов четыре ведут к вставке основных аминокислот, несущих положительный заряд при нейтральном рН.

Сёренсон, Сусруд и Далглейш подчеркивают, что механизм проникновения коронавируса в клетку следует рассматривать как двойной. Инфекционность вируса повышают механизмы, отличные от связывания S-белка со знаменитым рецептором ACE2. Например, те, что способствуют фагоцитозу: мембрана клетки окружает вирус за свет взаимодействия клеточных корецепторов, таких как CLEC4M/DC-SIGNR (CD209), с положительно заряженным S-белком. Кроме того, богатые аргинином домены, включающие четыре положительно заряженных аминокислотных остатка подряд, способствуют проникновению белка через мембрану. Это может сыграть важную роль на этапе, когда вирус, «проглоченный» клеткой, выходит из эндосомы в цитоплазму. Как и многие другие исследователи, авторы отмечают особое значение участка PRRAR белка SARS-CoV-2, расположенного рядом с сайтом расщепления клеточной протеазой фурином: эта вставка более основная, чем аналогичный участок белка SARS-CoV-1.

Именно с независимыми от АСЕ2 механизмами связаны, по мнению авторов, необычные особенности патологии коронавируса: изменения обоняния и вкуса, кишечные симптомы.

Какие аргументы Сёренсон, Сусруд и Далглейш приводят в пользу искусственного происхождения основных вставок в S-белке коронавируса? По их мнению, высокое сходство коронавирусных гексапептидов с пептидами человеческих белков (78,4%) является неслучайным и опасным, оно должно способствовать патологическим иммунным реакциям. Далее, вставки положительно заряженных аминокислот, отсутствующих у других коронавирусов, локализованы на поверхности белка, и это опять-таки неслучайно, как и то, что они концентрированы рядом с рецептор-связывающим мотивом (RBM) белка. С известной статьей в Nature Medicine, где те же вставки рассматриваются как не противоречащие версии о естественном происхождении, авторы «не согласны».

Молекулярно-биологические соображения авторы подкрепляют анализом публикаций, многие из которых уже обсуждались в дискуссиях о лабораторном происхождении. Этот анализ доказывает, что в Ухане могли проводить эксперименты по модификации коронавируса (хотя не доказывает, что проводили).

В 2008 году доктор Ши Чжэнли из Уханьского института вирусологии и ее коллеги из продемонстрировали техническую возможность обмена рецепторсвязывающими доменами (RBD) между SARS-подобными вирусами летучих мышей и вирусами человека. В 2010 году они опубликовали другую работу, где исследовалась способность различных коронавирусов взаимодействовать с рецепторами человеческих клеток. Это стало основой для исследования по усилению функции вируса (gain-of-function) в сотрудничестве с группой Ральфа Барика из Университета Северной Каролины в Чапел-Хилл. Был получен высокоинфекционный химерный вирус, адаптированный к репликации в верхних дыхательных путях человека.

К этим трем публикациям авторы добавили четвертую, которая работает на их идею о положительном заряде на S-белке. Группа Ши Чжэнли вместе с Петером Дашаком из EcoHealth Alliance в 2018 году обнаружили, что новый коронавирус свиней, происходящий от вирусов летучих мышей, который они назвали SADS-CoV (swine acute diarrhoea syndrome), может инфицировать кишечник поросят с летальным исходом и при этом не использует рецепторы ACE2, аминопептидазу N (APN) или дипептидилпептидазу 4 (DPP4). Сёренсон, Сусруд и Далглейш предположили, что команда Уханьского института вирусологии, исследуя SADS-CoV, обнаружила функции рецепторов CLEC4M/DC-SIGN/CD209 в развитии инфекции и роль положительных зарядов S-белка, и что это могло подсказать путь дальнейшей оптимизации химерного вируса 2015 года с целью увеличения инфекционности.

В новой публикации, как сообщает Daily Mail, авторы также сопоставили даты сбора и даты помещения в банки данных геномных последовательностей коронавирусов, изучавшихся в Уханьском институте вирусологии. Они акцентируют внимание на том, что последовательность коронавируса летучей мыши RaTG13, наиболее сходная с новым коронавирусом, была изолирована в 2013 году, а помещена в банк только в январе 2020-го, почти одновременно с первой публикацией о геноме нового коронавируса. Как неоднократно отмечалось, этот вирус не культивировали в лаборатории Ши Чжэнли. Однако Сёренсон, Сусруд и Далглейш полагают, что эта последовательность должна была задним числом придать правдоподобие гипотезе о естественном происхождении коронавируса.

В целом аргументы авторов выглядят слабыми. Молекулярно-биологические аргументы оспорить нетрудно. Сходство с человеческими белками можно найти в любой последовательности латинских букв, если считать буквы обозначениями аминокислот и проводить поиск для шестибуквенных участков. Положительный заряд на поверхности белка тоже не может служить надежным признаком искусственного происхождения. Фуриновый сайт внес важный вклад в инфекционность коронавируса, но ничего таинственного или подозрительного в его появлении нет. (Всего месяц назад об этом писал в Твиттере Кристиан Андерсен, профессор Института Скриппс.) То, что специалисты по коронавирусам проводили эксперименты, чтобы понять, какие изменения могут привести к появлению нового опасного коронавируса, не является секретом, результаты опубликованы в открытой печати. Доказательств утечки вируса или невозможности возникновения структурных особенности SARS-CoV-2 в ходе естественной эволюции по-прежнему нет.

В интервью Daily Mail Сёренсон и Далглиш сделали странное утверждение: якобы появление четырех положительных аминокислот подряд в белке «крайне маловероятно». «Законы физики означают, что у вас не может быть четырех положительно заряженных аминокислот подряд. Единственный способ получить их — искусственно изготовить его», — сказал Далглиш DailyMail.com.

Это утверждение уже перепечатали русскоязычные СМИ, поэтому мы решили его прокомментировать. Но даже неловко объяснять читателям PCR.NEWS, что порядок аминокислот в белке определяется не их зарядами, а порядком кодонов в мРНК, и что четыре положительно заряженных остатка — явление вовсе не редкое. Если же имелась в виду трехмерная структура, то иметь несколько положительно заряженных групп на поверхности законы физики не запрещают белкам тем более. А если бы запрещали, то как бы этот запрет преодолела искусственная конструкция? Непонятно, что на самом деле имели в виду ученые, но, возможно, это прояснится, когда (и если) будет опубликована статья.