Геном коронавируса в организме человека изменяется под действием дезаминаз

Анализ транскриптомов образцов от пациентов с COVID-19 выявил изменения в геноме SARS-CoV-2, предположительно внесенные человеческими дезаминазами. Действие этих ферментов может играть роль в эволюции и распространении коронавируса.

Credit:
Igor Petrushenko | Shutterstock.com

Постинфекционное редактирование вирусного генома в организме хозяина имеет важное значение для эволюции вирусных патогенов. Ученые проверили, подвергается ли этому процессу геном SARS-CoV-2.

В организмах млекопитающих экспрессируются два семейства дезаминаз: ADAR и APOBEC. Первые превращают аденозин в инозин, вторые делают из цитозина урацил. Они изменяют нуклеотиды вирусной РНК, удаляя аминогруппы с азотистых оснований, чтобы предотвратить распространение вируса и защитить организм. Кроме того, дезаминазы ADAR модулируют клеточный ответ на вирус, внося изменения в мРНК инфицированной клетки.

Приобретая новые мутации под воздействием дезаминаз, вирус либо погибает, либо эволюционирует. Чтобы узнать, что происходит с SARS-CoV-2, исследователи проанализировали публично доступные данные РНК-секвенирования образцов бронхоальвеолярных смывов, полученных от пациентов с COVID-19. Они сопоставили транскриптомы с референсным геномом SARS-CoV-2 и выявили мутации, потенциально внесенные дезаминазами.

Дальше ученые сравнили доступные геномов SARS-CoV-2, MERS-CoV и SARS-CoV, чтобы выяснить, связано ли редактирование РНК ферментами хозяина с эволюцией этих вирусов. Анализ выявил значительный процент мутаций, которые могут быть следствием работы дезаминаз, с преобладанием замен цитозина на урацил.

Ученые предполагают, что если дезаминазы действительно участвуют в ответе человеческого организма на SARS-CoV-2, то определенную роль в распространении новой коронавирусной инфекции могли сыграть варианты APOBEC, часто встречающиеся у китайцев. Кроме того, сопоставление изменений, которые вносят дезаминазы, с мутациями, закрепившимися в вирусном геноме, поможет выявить локусы, замены в которых ослабляют или убивают вирус, и использовать их в разработке терапевтических стратегий.

Источник

S. Di Giorgio, et al. // Evidence for host-dependent RNA editing in the transcriptome of SARS-CoV-2. // Science Advances, 18 May 2020: eabb5813; DOI: 10.1126/sciadv.abb5813

Пресс-релиз
Добавить в избранное

Вам будет интересно