Геномы хантавируса из образцов пассажиров лайнера оказались почти идентичными

Секвенирование геномов вирусов стало обязательным элементом реагирования на вспышки заболеваний. Хантавирус Андес (ANDV), вызвавший вспышку на круизном лайнере, был оперативно идентифицирован в том числе благодаря секвенированию участков его генома в Национальном институте инфекционных заболеваний (NICD; Йоханнесбург, ЮАР). Первый полный геном вируса получили швейцарские исследователи, он был опубликован 8 мая. Теперь на форуме virological.org, посвященном анализу вирусных геномов, сообщается о результатах сравнения пяти геномов хантавируса, полученных от пациентов с лайнера.

Хронология

Первого апреля 2026 года нидерландский круизный лайнер MV Hondius отправился из Ушуайи (Аргентина) в трансатлантический рейс через острова Южной Атлантики с конечным пунктом на Канарских островах. На борту было 147 человек (88 пассажиров из более чем 20 стран и 59 членов экипажа). У первого заболевшего (случай 1) 6 апреля начались лихорадка, головная боль, диарея, 11 апреля он скончался.

Во время запланированной остановки на острове Святой Елены 24 апреля с судна эвакуировали тело, там же сошли около 30 пассажиров, включая жену покойного (случай 2); большинство их самостоятельно направилось в Йоханнесбург (Южная Африка). Жена первого заболевшего потеряла сознание в аэропорту Йоханнесбурга и также вскоре умерла. Еще один пассажир (случай 3) заболел 22 апреля и был эвакуирован для лечения в Йоханнесбург 29 апреля, где его госпитализировали в отделение эффективной терапии. Второго мая у него обнаружили РНК хантавируса в образцах крови и сыворотки, на следующий день РНК вируса также была выявлена в образцах умершей женщины. Пассажирка из Германии умерла 2 мая; посмертно взятый образец был отправлен в Нидерланды для исследования. (Описание других случае можно посмотреть в материале ВОЗ от 8 мая.)

В течение первой недели мая геномное секвенирование в NICD (ЮАР), а также ПЦР-тестирование других пассажиров и членов экипажа подтвердили заражение вирусом Андес (Orthohantavirus andesense, ANDV). Это единственный известный хантавирус, способный к передаче от человека к человеку.

Двое первых заболевших на лайнере — 70-летний нидерландский орнитолог Лео Шильперурд и его жена Мирьям Шильперурд посещали свалку в городе Ушуайя, чтобы увидеть там редкую птицу — каракару Дарвина. Они оба или только Лео могли заразиться от грызунов, обирающих на свалке (подробнее в Эпиддайджесте). В то же время аргентинское министерство здравоохранения отметило, что в провинции Огненная Земля, столицей которого является Ушуайя, ни одного случая хантавирусной инфекции не фиксировалось с момента начала обязательной регистрации в 1996 году.

2 мая 2026 года Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) поступило сообщение о вспышке на борту круизного судна. На борту в это время находились 147 пассажиров и членов экипажа, а 34 человека покинули судно.

На 10 мая 2026 года было зарегистрировано восемь случаев (шесть подтвержденных и два вероятных), включая три летальных исхода. (На 11 мая добавились еще один подтвержденный случай у пассажирки из Франции и один вероятный — в США.)

Хантавирусы

Хантавирусный кардиопульмональный синдром (ГКПС), или хантавирусный легочный синдром (ХЛС) — респираторное заболевание, вызываемое хантавирусами рода Orthohantavirus (семейство Hantaviridae, отряд Bunyavirales). Известно более 20 видов вирусов, принадлежащих к этому роду; среди них есть возбудители кардиопульмонального синдрома (Новый Свет)и геморрагической лихорадки с почечным синдромом (Европа, Азия).

В Южной Америке большинство случаев заболевания вызывает Orthohantavirus andesense. Его природным резервуаром считается длиннохвостый рисовый хомячок (Oligoryzomys longicaudatus), обитающие в Чили и Аргентине; инфекция у них протекает бессимптомно. Человек обычно заражается хантавирусами при контакте с мочой, фекалиями или слюной грызунов. В 2025 году в Северной и Южной Америке восемь стран сообщили о 229 случаях хантавируснойого кардиопульмонального синдрома и 59 смертельных исходах, при этом летальность составила 25,7%. Задокументированные случаи передачи в человеческой популяции крайне редки; наиболее вероятна передача на ранней стадии заболевания.

Хантавирусный синдром включает головную боль, головокружение, озноб, повышенную температуру, миалгию и желудочно-кишечные симптомы, за которыми может последовать внезапная дыхательная недостаточности и гипотония. Считается, что между заражением и появлением симптомов может пройти от одной до шести-восьми недель (необычно длинный инкубационный период). Однако из-за редкости вспышек информация о трансмиссии от человека к человеку и продолжительности инкубационного периода может быть неточной.

Предыдущие случаи заражения ANDV от человека

В 1996 году была вспышка в небольшом городе Эль-Больсон на юге Аргентины, в провинции Рио-Негро; заболело 16 человек, причем были указания на передачу от человека к человеку. В этой статье упоминаются инкубационные периоды длиной почти в месяц.

В 2019–2019 гг. произошла вспышка в деревне Эпуен (провинция Чубут, юг Аргентины). Заболело 34 человека, 11 умерло. Были описаны эпизоды «суперраспространения»: один человек заразил пятерых, второй — шестерых, и оба эти человека умерли, а вдова второго заразила десятерых гостей на похоронах. В этой работе также упомянуты инкубационные периоды от 9 до 40 дней (но остаются вопросы, насколько хорошо был подтвержден путь передачи для самых продолжительных периодов). Передача во всех случаях происходила в первый-второй день после появления симптомов у инфицированного.

Строение вируса

Геном ANDV длиной около 12,1 тысяч нуклеотидов состоит из трех одноцепочечных РНК-сегментов отрицательной полярности. Сегменты нековалентно замкнуты в кольца. Малый сегмент S, длиной около 1,87 т.н., кодирует вирусный нуклеопротеин, который связывается с вирусной РНК и защищает ее, а также неструктурный белок, подавляющий продукцию интерферона. Средний сегмент M, длиной около 3,67 т.н., кодирует белок-предшественник, который во время сборки вириона расщепляется на два белка, Gn и Gc. Они образуют тетрамерные шиповидные выросты на поверхности вириона, взаимодействующие с клеточными рецепторами. Наконец, большой сегмент L, длиной около 6,56 т.н., кодирует РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp) — фермент, обеспечивающий транскрипцию и репликацию вирусного генома.

    Credit: Viruses. 2023 Aug 8;15(8):1705. DOI: 10.3390/v15081705 | CC BY 4.0

 Сегменты генома вируса Андес. ORF — открытая рамка считывания, UTR — нетранслируемый участок. Коричневые линии — 5’-метилированный кэп и нуклеотиды, перенесенные из мРНК хозяина. Credit: Viruses. 2023 Aug 8;15(8):1705. DOI: 10.3390/v15081705 | CC BY 4.0    

В 2023 году была опубликована статья о нуклеотидных заменах в геноме ANDV, которые могли способствовать снижению вирулентности для животных и более эффективной передаче от человека к человеку. По оценке авторов, такими свойствами могли обладать аминокислотные замены в неструктурном белке и в белке-предшественнике Gn и Gc, поскольку такие замены присутствовали только в кладе вирусов, связанной с передачей в человеческой популяции.

Секвенирование

Так как пассажиры лайнера оказались в разных странах, их образцы тестировались и секвенировались в многочисленных лабораториях в Южной Африке, Сенегале, Швейцарии и Нидерландах. Частичное секвенирование сегмента L генома от пациента 2 в Йоханнесбурге и штаммоспецифическая ОТ-ПЦР от пациента 7 в Женеве подтвердили, что инфекцию вызвал ANDV. Пациент 7 сошел с судна 22 апреля на острове Святой Елены и вылетел в Швейцарию через Южную Африку и Катар; полный геном вируса, выделенного от этого пациента, был опубликован 8 мая. В тот же день был получен полный геном от пациента 6. Также были секвенированы геномы пациентов 3 и 5. Случай 2 (Мирьям Шильперурд) — самый ранний, который удалось секвенировать, так как образцы от ее мужа не были доступны, и этот вирусный геном имеет наименьшее покрытие из всех пяти из-за ограниченного объема образца.

Образцы секвенировали на платформах Illumina, Element BioSciences и Oxford Nanopore, причем использовали различные стратегии, включая независимую от последовательности амплификацию с использованием одного праймера (SISPA), непредвзятую метагеномику и обогащение на основе захвата (TWIST).

Последовательности всех сегментов S и M генома хантавируса оказались идентичными. В сегменте L, где находится ген РНК-зависимой РНК-полимеразы, обнаружены 2 однонуклеотидных полиморфизма (SNP): один у пациента 5 (позиция C2139T по эталонной последовательности  MN258159 генома хантавируса, выделенного от человека в 2018 году) и один у пациента 7 (позиция G576A). Оба они представляли собой синонимичные мутации, не приводящие к изменению аминокислотной последовательности белка. Все сегменты имеют большое сходство (около 98,7%) с последовательностями вируса Андес, обнаруженными у людей в Аргентине в 1997 и 2018 гг.

Высокий уровень сходства между образцами от разных пациентов подтверждает, что вспышка могла возникнуть в результате единственного случая зоонозного заражения или малого числа тесно связанных между собой случаев. (Геномные данные пока не позволяют исключить второй вариант, для этого потребуются дополнительные эпидемиологические данные, включая хронологию событий и историю контактов путешественников с дикой природой, а также отлов и тестирование грызунов в возможных местах инфицирования.) Подобное отсутствие геномного разнообразия наблюдалось и в кластере передачи вируса во время вспышки в Эпуйене, отмечают.

ВОЗ оценивает риск для общественного здоровья, связанный с круизными судами, как умеренный (так как среди участников круизов велика доля пожилых людей с сопутствующими заболеваниями, и пассажиры вынужденно находятся в тесном контакте), а на глобальном уровне — как низкий. Передача от человека к человеку все же, по-видимому, происходит с низкой вероятностью, и ее можно предотвратить путем раннего выявления, изоляции заболевших и отслеживания контактов. ВОЗ также сообщает, что будет проведено сравнение вариантов ANDV, связанных с этой вспышкой, и вариантов, циркулирующих в Аргентине, Чили и Уругвае.

Геном хантавируса из мочи пациента поможет установить регион заражения