Из базы данных удалили геномы коронавируса, полученные от ранних уханьских пациентов

Эволюционист Джесси Блум опубликовал препринт статьи, в которой представил 13 частичных последовательностей геномов коронавируса, полученных в Ухане в первые месяцы эпидемии. Последовательности по просьбе правообладателей были удалены из базы данных, но остались в облачном хранилище Google. По мнению Блума, удаление должно было «скрыть их существование». Другие вирусологи отмечают, что это непохоже на намеренное сокрытие информации.

Credit:
Andrey Salamchev | 123rf.com

В статье специалиста по эволюции вирусов Джесси Блума из Центра исследований рака Фреда Хатчинсона утверждается, что группа китайских исследователей взяла образцы вирусов у некоторых из первых пациентов с COVID-19 в Ухане, секвенировала участки геномов, а затем разместила вирусные последовательности в широко известной базе данных США — Sequence Read Archive (SRA), находящейся под контролем Национального центра биотехнологической информации, подразделения Национальных институтов здравоохранения США. Несколько месяцев спустя китайцы попросили удалить эту информацию об этих геномах, чтобы «скрыть их существование», пишет Блум.

Джесси Блум начал свое исследование после отчета о происхождении пандемии, опубликованного в марте миссией ВОЗ. Этот отчет разочаровал многих, поскольку гипотеза утечки из лаборатории была названа «маловероятной», и ей уделялось мало внимания. Блум был одним из инициаторов заявления ученых, опубликованного 14 мая в Science, авторы которого выступили за «беспристрастное научное обсуждение этого сложного, но важного вопроса».

Отчет ВОЗ в значительной степени основан на последовательностях геномов SARS-CoV-2, полученных от пациентов, связанных с рынком, отмечает Блум. Он попытался повторить анализ, проведенный миссией ВОЗ и китайскими учеными, и обратил внимание на публикацию, в которой перечислялись все последовательности SARS-CoV-2, представленные до 31 марта 2020 года в SRA.

Также он нашел статью китайских исследователей о нанопоровом секвенировании образцов от некоторых самых ранних уханьских пациентов (45 образцов мазков из носоглотки от амбулаторных пациентов с подозрением на COVID-19 в начале эпидемии). Статья была опубликована в журнале Small, «охватывающем широкий спектр тем о нано- и микромасштабе на стыке наук». В ней упоминались некоторые мутации, однако полные последовательности не были приведены. Они отсутствовали и в SRA, но Блум обнаружил, что SRA создает резервную копию своей информации в облачном хранилище Google, и нашел там файлы, представленные этой командой. «Я восстанавливаю частичные последовательности 13 ранних эпидемических вирусов», — говорится в препринте.

Никакой информации о причинах удаления Блум не нашел, и это привело его к выводу о возможных неблаговидных мотивах. «Образцы, взятые у первых амбулаторных пациентов в Ухане, — золотая жила для всех, кто хочет понять распространение вируса. Даже мой анализ частичных последовательностей это показывает, и очевидно, что было бы более информативно с научной точки зрения полностью секвенировать образцы, чем тайно удалять частичные последовательности».

Блум выделяет три мутации в геномах SARS-CoV-2, полученные от пациентов, связанных с рынком: этих мутаций не было ни в удаленных из базы последовательностях коронавируса, которые получили китайцы с помощью нанопорового секвенирования, ни в геноме ближайшего родственника SARS-CoV-2 — RaTG13, которые исследователи из Уханьского института вирусологии обнаружили у летучих мышей в 2013 году. Отсюда можно сделать вывод, что эти геномы — более ранние, чем геномы с рынка Хуанань, которые обычно рассматриваются как «предковые» по отношению ко всем остальным и на которых было сфокусировано внимание миссии ВОЗ (хотя в отчете ВОЗ упоминался и другой рынок). То, что пандемия возникла не на рынке Хуанань, фактически было известно еще в январе 2020 года.

На вопрос о причине удаления последовательностей китайские исследователи не ответили. Национальные институты здравоохранения заявили, что последовательности были удалены по запросу ученого-правообладателя. Ученый «указал, что информация о последовательности была обновлена, передается в другую базу данных, и хотел, чтобы данные были удалены из SRA, чтобы избежать проблем с контролем версий». Однако Блум говорит, что не нашел этих последовательности ни в одной известной ему базе данных.

Мнения комментаторов разделились: одни считают работу Блума важным доказательством в пользу того, что китайская сторона что-то скрывает, другие оценивают это предположение как абсурдное. Эндрю Рэмбо из Эдинбургского университета отметил, что очень странно обвинять в сокрытии информации авторов статьи, опубликованной в рецензируемом журнале, а до того размещенной в виде препринта на medRxiv. «Если бы они что-то скрывали, они бы, конечно, не подали статью, — говорит Рэмбо. —Мне не нравятся намеки на должностные преступления, когда [Блум] ничего не знает о причинах, по которым авторы статьи удалили свои данные».

Блум признает, что найти последовательности коронавируса, упоминаемые в Small, можно, но это не тот способ, которым пользуется большинство ученых. «Никто не знал об этих последовательностях, потому что способ, которым люди находят последовательности, — это заходить в базы данных последовательностей, загружать последовательности и просматривать их». Он считает, что поднимать эту тему нужно независимо от того, приятна она или неприятна: «Выбор состоит в том, чтобы либо вообще ничего не говорить, что я не считаю полезным или продуктивным, либо просто попытаться сделать выводы, которые вы можете сделать, и сделать их максимально прозрачными».

Источники

Jesse D. Bloom. // Recovery of deleted deep sequencing data sheds more light on the early Wuhan SARS-CoV-2 epidemic. // bioRxiv, 2021, DOI: 10.1101/2021.06.18.449051

Jon Cohen. // Claim that Chinese team hid early SARS-CoV-2 sequences to stymie origin hunt sparks furor // Science, 2021, DOI:  10.1126/science.abk1383

Добавить в избранное

Вам будет интересно