Новые неинвазивные пренатальные тесты представили на ESHG

В Гётеборге, Швеция, 15−18 июня 2019 года прошла Европейская конференция по генетике человека.

Джулия ван Кампен из Лаборатории генетики Guy's and St Thomas' NHS Foundation Trust в Лондоне представила результаты разработки неинвазивного пренатального теста на серповидноклеточную анемию.

Это аутосомно-рецессивное расстройство ежегодно поражает около 300 000 новорожденных. Обычно для его диагностики проводят инвазивное пренатальное тестирование. Существует и неинвазивный метод, но, как правило, для него требуются образцы обоих родителей, которые не всегда доступны.

В группу ученых, работавших над новыми методами, входили также сотрудники из Viapath Genetics Laboratories и Nonacus. Исследователи использовали подход, где отцовский образец не требуется. Они провели таргетное секвенирование внеклеточной ДНК, выделенной из плазмы крови матери, и количественно оценили число чтений аллелей мутантного и дикого типа. В целом они протестировали 24 образца от беременных носительниц гена серповидноклеточной анемии, средний срок беременности составлял 16 недель.

Для 21 образца результат соответствовал фактическому генотипу плода, в то время как три образца не дали убедительного результата.

По словам ван Кампен, метод потенциально может быть пригоден и для диагностики других аутосомно-рецессивных расстройств плода.

Тем временем исследователи из BGI в Китае разработали тест, который может определять одновременно сразу три вещи: хромосомные анеуплоидии плода, моногенные расстройства плода и статус матери как носителя генетических отклонений. Новый метод представил Ицун Ван из BGI.

Метод получил название «Совместное целевое и полногеномное секвенирование» (Targeted And Genome-wide simultaneous sequencing, TAGs-seq). Он основан на комбинации полногеномного секвенирования с небольшим покрытием и таргетного секвенирования с большим покрытием.

Пилотное исследование метода TAGs-seq провели на 517 образцах. Для сравнения использовались результаты инвазивного пренатального тестирования. Новый метод позволил правильно определить все 23 случая трисомии, девять случаев мутаций плода de novo, приводящие к таким расстройствам как бета-талассемия и ахондроплазия, а также 27 случаев, когда мать была носителем аллели менделевского заболевания.

И, наконец, Умми Абдулла из Оксфордского университета представил исследование риска повторного рождения ребенка с мутацией в семьях, где уже рождался ребенок с мутацией de novo. В 80% таких случаев причина в отце, т. к. это связано с мутациями, которые происходят во время сперматогенеза.

Как правило, такие мутации не повторяются, однако в 1−2% случаев это происходит из-за гонадного мозаицизма у одного из родителей. Фактически, для некоторых семей риск повторного проявления может достигать 50%.

Чтобы определить семьи с высоким риском рецидива мутации de novo, было запущено исследование Precision Genetic Advisory and Reproduction (PREGCARE), для которого к настоящему моменту найдено 25 из запланированных 100 семей.

Для каждой семейной тройки был проанализирован участок из 150 пар оснований вокруг мутации de novo в различных образцах тканей, включая отцовскую сперму. Секвенирование проводили на платформе Illumina.

Для большей части из первых 17 семейств, изученных к настоящему моменту, не вышло обнаружить мутацию ни в одном из родительских образцов. В двух случаях мутация возникла в результате материнского мозаицизма, в остальных — произошла от отца.

Абдулла сказал, что, по результатам исследования, для примерно трех четвертей семей нет большого риска повторного проявления мутации. Таким образом, можно сосредоточиться на оставшейся четверти, разрабатывая стратегии, направленные на снижение риска в будущем, например, посредством предимплантационной генетической диагностики.