Новый метод экстракции РНК для ПЦР-тестов на коронавирус

Ученые из Центра прикладных медицинских исследований (El Centro de Investigación Médica Aplicada, Cima) Университета Наварры разработали высокочувствительную платформу для диагностики COVID-19, более эффективную, чем существующие коммерческие ПЦР-тесты. Платформа позволяет параллельно обрабатывать большое количество образцов. В новой методике улучшен процесс извлечения РНК и ее подготовки к ОT-ПЦР. Протокол выложен в сеть в свободном доступе.

Все стандартные протоколы ПЦР-тестов на SARS-CoV-2 начинаются с выделения РНК из образца. Этот этап — одно из узких мест анализа, поскольку общепринятые техники экстракции РНК не предназначены для тестирования большого количества образцов. Специалисты Cima оптимизировали эту стадию анализа.

Обычно коммерческие тест-наборы требуют ручной экстракции РНК с использованием колонок и центрифуги. Новый метод предполагает выделение РНК на 96-луночных плашках без центрифугирования: для связывания РНК используют магнитные шарики. Затем с помощью магнита шарики концентрируются у боковой стенки лунки, что позволяет быстро очистить РНК из большого количества образцов. Процесс очистки автоматизирован — исследователи Cima используют оборудование Perkin-Elmer, с помощью которого можно обработать 384 образца менее чем за два часа. Далее проводится количественная ОТ-ПЦР для детекции РНК коронавируса и приблизительной вирусной нагрузки. В настоящее время команда Cima может анализировать 1 920 образцов в день.