Новый ПЦР-тест определяет чувствительность возбудителя бактериального вагиноза к метронидазолу

Бактериальный вагиноз (БВ) — это нарушение микробиома влагалища, возникающее, когда патогенные микроорганизмы вытесняют здоровую вагинальную микрофлору. Он вызывает выделения с неприятным запахом, зуд и дискомфорт, а также повышает риск развития инфекций и осложнений, например, воспалительных заболевания органов малого таза. Лечение БВ обычно включает применение антибиотиков, таких как метронидазол и клиндамицин, однако рецидивы наблюдаются в 50–70% случаев. Возбудителем БВ считался вид Gardnerella vaginalis, однако ранее было показано, что это не вид, а несколько видов. Причем часть их полностью устойчива к метронидазолу. В исследовании, опубликованном в журнале Genome Medicine, ученые охарактеризовали геновиды (виды, идентифицированные генетическими методами) возбудителей БВ и разработали ПЦР-тест для определения их чувствительности к метронидазолу.

Предыдущие исследования Gardnerella spp. выявили как минимум четыре клады, что подтверждается различиями в GC-составе, размере основного генома и частоте горизонтального переноса генов внутри клад и между кладами. Авторы секвенировали 57 клинических изолятов Gardnerella spp. в дополнение к 72 ранее охарактеризованным геномам и получили 129 пангеномов Gardnerella spp., включающих в себя как консервативные гены, так и дополнительные/вариабельные гены. Они выявили 11 уникальных геновидов, объединяющих штаммы бактерий со схожими генетическими характеристиками. Анализ пангенома позволил построить на основе 431 корового гена филогенетическое дерево, которое показало, что большинство изолятов относится к трем основным геновидам с двумя подвидами каждый.

На клинических изолятах 10 из 11 геновидов Gardnerella spp. исследователи провели тесты на чувствительность к метронидазолу, а также измерили его минимальную ингибирующую концентрацию. Большинство штаммов (82%) оказались резистентными к метронидазолу, но при этом оставались чувствительны к клиндамицину. Анализ показал, что разные геновиды имеют различные механизмы резистентности, и наличие определенных генов не всегда связано с устойчивостью к метронидазолу.

В исследовании также был выявлен ген aruH, который служит диагностическим маркером для геновидов с высокой резистентностью к метронидазолу. Ученые разработали диагностические праймеры для 14 коровых генов, присутствующих только в геновидах с полной резистентностью к метранидозолу. Все праймеры были протестированы, и только праймеры для гена aruH продемонстрировали универсальную ПЦР-амплификацию среди высокорезистентных изолятов, что подтверждает специфичность разработанных праймеров для выявления резистентности к метронидазолу.

Таким образом, исследование подтверждает необходимость переклассификации вида Gardnerella vaginalis в род с несколькими видами, содержащий как минимум одиннадцать геновидов. Большая часть геновидов демонстрирует высокую резистентность к метронидазолу, в то время как все изоляты остаются чувствительными к клиндамицину, что может изменить подходы к лечению бактериального вагиноза. Также был разработан ПЦР-тест для идентификации штаммов с высокой резистентностью по амплификации гена aruH, что открывает возможности для персонализированного лечения.

Олеиновая кислота может предотвратить развитие бактериального вагиноза