Разработан простой и недорогой тест на РНК коронавируса в слюне

Ученые из США разработали метод SalivaDirect, который имеет низкую стоимость и достаточно точно определяет наличие коронавируса SARS-CoV-2 в слюне человека. Метод подходит для массового тестирования населения. Тексты с описанием процесса создания SalivaDirect доступны на medRxiv.

Credit:
sommersby | 123rf.com

Решением проблемы массового тестирования на коронавирус SARS-CoV-2 в условиях продолжающейся пандемии может стать тест, работающий с образцами слюны. В этом случае для отбора пробы не требуются специальные расходники. Кроме того, забор слюны, в отличие от взятия мазка из носоглотки, не вызывает рефлекторного кашля и чихания, а значит более безопасен для медицинского работника.

Ученые из Йельской школы здравоохранения с коллабораторами разработали тест на SARS-CoV-2 SalivaDirect, который состоит из трех этапов: 1) сбор слюны без добавления консервирующего буфера; 2) обработка образца протеиназой К и тепловая инактивация (вместо экстракции РНК); 3) определение РНК вируса методом ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). При валидации метода авторы проверили возможность проведения теста с реагентами различных производителей. Точность SalivaDirect ученые оценивали на клинических образцах, используя одобренные ПЦР-наборы для контрольных реакций.

В ходе предварительного эксперимента ученые с помощью ОТ-ПЦР проверили стабильность РНК SARS-CoV-2 в слюне при 4°С, при комнатной температуре (примерно 19°С) и при 30°С без добавления стабилизирующего буфера (буфер решили не использовать, так как, по данным некоторых исследований, он может ингибировать ОТ-ПЦР). Для эксперимента использовались образцы слюны пациентов с COVID-19 и медицинских работников. Было показано, что при хранении при температурах до 30°С РНК SARS-CoV-2 детектируется в образцах в течение длительного времени (до 25 дней).

Нижний предел обнаружения SARS-CoV-2 методом SalivaDirect ученые проверяли, разводя коронавирус-положительные образцы слюны с известной концентрацией вирусной РНК коронавирус-отрицательной слюной. Минимальная концентрация, при которой вирус детектировался, составила 6 копий геномов SARS-CoV-2 на 1 мкл.

При разработке SalivaDirect ученые использовали набор праймеров Центров по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), нацеленный на выявление участков N1 и N2 нуклеокапсида коронавируса. В процессе проверки праймеров на 613 образцах слюны, взятых у пациентов и медицинских работников, инфицированных COVID-19, было обнаружено, что среднее значение порогового цикла (Ct) для N1 в 1,2 раза ниже, чем для N2. Поэтому разработчики решили вообще отказаться от детекции участка N2, что позволило сократить количество реакций до одной на образец.

Клиническую валидацию SalivaDirect проводили на парных образцах назофарингеальный мазок/слюна (37 образцов от коронавирус-положительных пациентов и 30 — от коронавирус-отрицательных). В качестве контроля использовались результаты, полученные для этих образцов с помощью одобренного FDA ПЦР-набора ThermoFisher Scientific TaqPath COVID-19. Согласованость результатов двух тестов составила 83,8% для слюны и 94% для мазка из носоглотки. Тест SalivaDirect не давал ложноположительных результатов и перекрестной реактивности с другими коронавирусами.

Таким образом, SalivaDirect — это достаточно точный метод определения SARS-CoV-2. Отсутствие необходимости в специальных расходниках при сборе образцов слюны, исключение этапа экстракции РНК и сокращение количества реакций до одной на образец делают метод относительно недорогим: стоимость одного теста составляет $1,29 без учета набора для забора образца и $4,37 с учетом такого набора. Ученые отмечают, что новым методом нельзя тестировать госпитализированных пациентов, так как их слюна может содержать примеси крови или слизи. Тем не менее, можно говорить о том, что SalivaDirect —удобный метод массового тестирования населения на SARS-CoV-2.

Источники

Isabel M Ott., et al. // Simply saliva: stability of SARS-CoV-2 detection negates the need for expensive collection devices. // medRxiv. Posted August 04, 2020; DOI: 10.1101/2020.08.03.20165233

Chantal B.F. Vogels, et al. // SalivaDirect: Simple and sensitive molecular diagnostic test for SARS-CoV-2 surveillance. // medRxiv. Posted August 04, 2020; DOI: 10.1101/2020.08.03.20167791

Добавить в избранное

Вам будет интересно