В Южной Калифорнии распространяется новый штамм коронавируса

Ученые из Медицинского центра Седарс-Синай проанализировали варианты SARS-CoV-2, распространенные на данный момент в Южной Калифорнии.

До октября 2020 года в Калифорнии преобладала клада 20C, проникшая через Нью-Йорк из Европы в начале пандемии. С тех пор стало известно о новых опасных вариантах, обнаруженных в Великобритании, Южной Африке и Бразилии. Так что анализ вариантов, распространенных в Южной Калифорнии на данный момент, стал первостепенной задачей.

Ученые отобрали образцы коронавируса в Медицинском центре Седарс-Синай с 22 ноября по 29 декабря 2020 года. Случайные образцы секвенировали и анализировали, используя открытую базу данных GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) и инструменты визуализации Nextstrain.

Филогенетический анализ 185 образцов из медицинского центра и 1480 геномов из GISAID выявил два основных кластера; 22% (40 из 185) образцов принадлежали к кладе 20G; 36% (67 из 185) образцов – к новому варианту, произошедшему от клады 20C. Этот новый вариант содержал 5 мутаций (ORF1a — I4205V, ORF1b — D1183Y, S — S13I; W152C; L452R) и был обозначен CAL.20C. Альтернативные названия —20C/S:452R; B.1.429.

Подробный анализ GISAID показал, что CAL.20C был обнаружен у одного человека из 1247 образцов, полученных в Калифорнии в июле 2020, и больше не встречался до октября. На 22 января 2021 года CAL.20C был выявлен в 35% (86 из 247) образцов из Калифорнии и в 44% (37 из 85) образцов из Южной Калифорнии. В январе этот вариант обнаружили в 26 штатах и в других странах. Таким образом, мы наблюдаем быстрое распространение этого штамма.

Три мутации в S-белке (S13I, W152C и L452R) вызывают особое беспокойство. Мутация L452R находится в рецептор-связывающем домене. Известно, что штаммы с такой мутацией нечувствительны к некоторым моноклональным антителам.

Это исследование Джон Маскола, Барни Грэм и Энтони Фаучи из Национального института аллергии и инфекционных заболеваний прокомментировали в редакционной статье. Они призвали правильно употреблять термины «штамм», «вариант» и «линия», а также навести порядок в номенклатуре коронавируса.

Авторы отметили недавно обнаруженные в Великобритании и Южной Африке штаммы B.1.1.7 и B.1.351, соответственно. Штамм B.1.1.7 лучше передается и, согласно некоторым исследованиям, тяжелее переносится. Из-за того, что штамм B.1.351, как и «британский», содержит мутации D614G и N501Y в S-белке, предполагается, что он тоже лучше передается. Особо важно, что этот штамм хуже нейтрализуется антителами в плазме переболевших коронавирусом или получивших вакцину. Исследования in vitro показали, что B.1.351 обладает резистентностью к некоторым моноклональным антителам, клиническое применение которых одобрено на территории США.

По оценке авторов, существующие вакцины пока справляются с новыми штаммами, пусть иногда и с меньшей эффективностью, но все может измениться. Уже ведутся работы по созданию вакцин с учетом новых штаммов.

Пока SARS-CoV-2 распространяется, он будет накапливать мутации. Поэтому так важны глобальной мониторинг и вакцинация. Каждый новый штамм должен проверяться на устойчивость к существующим моноклональным антителам и сывороткам. Авторы считают необходимой разработку пан-SARS-CoV-2 вакцины.