Выявлены новые протеомные подтипы рака

Исследователи из США классифицировали раковые опухоли на основе белкового состава. Некоторые из подтипов совпали с теми, что были выделены на основе анализа экспрессии генов, другие оказались новыми.

Credit:
Javier Regueiro | Shutterstock.com

Используя протеомные профили, основанные на результатах масс-спектрометрии, и РНК-сиквенсы, исследователи проанализировали 532 образца опухолей, чтобы определить их белковые подтипы (protein-based tumor subtypes). Протеомные и РНК-профили были получены в рамках проекта Национального института рака США «Консорциум клинического протеомного анализа опухолей» (Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium, CPTAC). Были исследованы данные по 100 образцам карциномы эндометрия, 110 образцам светлоклеточного рака почек, 125 образцам рака груди, 100 образцам рака яичников и 97 образцам колоректального рака.

«Мы использовали данные, полученные с помощью технологии молекулярного профилирования, чтобы выделить альтерации белков, которые могут быть связаны с раком, — рассказывает ведущий автор статьи Чед Крэйтон, соруководитель направления онкобиоинформатики в медицинском колледже Бэйлор, аффилиированный также в Онкологическом центре М.Д. Андерсона Техасского университета. — (…) Обычно предполагаешь, что данные по мРНК отражают то, что происходит на уровне белка, но это не всегда так. Например, после синтеза белки могут быть модифицированы, и данные по мРНК этого не покажут. Многие из подтипов, которые мы обнаружили, основываясь на наблюдениях за уровнем мРНК, сохранились и после того, как мы посмотрели на уровень белка», однако, отметил Крейтон, есть и «значимые различия».

Предварительные анализы белковых маркеров в рамках CPTAC были сосредоточены на конкретных типах рака. Новое исследование ставило более масштабную задачу: идентифицировать общераковые протеомные подтипы.

На основании данных CPTAC команда определила 10 таких подтипов. Три из них — новые, они не входят в список обнаруженных ранее мРНК-подтипов, основанных на данных The Cancer Genome Atlas и других масштабных проектов. Маркеры опухолей, принадлежащих этим трем подтипам, — белки аппарата Гольджи, эндоплазматического ретикулума и гемоглобинового комплекса.

Еще четыре подтипа, по-видимому, происходят не из раковых клеток, а из клеток микроокружения. Маркеры двух из них — белки иммунной системы: для одного подтипа — белки системы комплемента, для другого — участники пути активации Т-клеток.

Добавить в избранное

Вам будет интересно