Коротко

Компания Thermo Fisher Scientific представила новый инструмент, который назвала метрикой геномной нестабильности (GIM) — алгоритм определения дефицита гомологической рекомбинации (HRD) на основе панели для таргетного секвенирования Oncomine Comprehensive Assay Plus (OCA), охватывающей более 500 генов. Thermo Fisher уже предоставила четырем исследовательским группам ранний доступ к GIM.

Алгоритм позволяет изучить сегментацию генома с определением изменения числа копий, аллелеспецифичного числа копий и событий несбалансированного числа копий; результат может быть представлен в виде оценки от 1 до 99. Эта оценка дает возможность сделать вывод, имеют ли образцы рака молочной железы дефицит гомологической рекомбинации, пояснил старший директор по управлению продуктами для онкологии в Thermo Fisher Джон Шерлок.

Комплексный анализ OCA Plus в настоящее время можно выполнять на секвенаторе Ion Torrent GeneStudio. Планируется, что в первой половине 2023 года Thermo Fisher перенесет его на систему секвенирования Ion Torrent Genexus. В ближайшее время оценки GIM будут доступны для профилирования рака на платформе GeneStudio.

При образовании биопленок бактерии выделяют внеклеточный матрикс, чтобы прикрепиться к субстрату. Уропатогенные штаммы Escherichia coli и некоторые другие энтеробактерии продуцируют белок Curli в составе внеклеточного матрикса. Он делает биопленки прочными и устойчивыми к антимикробным препаратам. Авторы новой статьи, опубликованной в Scientific Reports, проверили, может ли кофеин ингибировать образование биопленок E. coli. Они работали с уропатогенным штаммом CFT073 и комменсальным штаммом K12 MG1655. Кофеин продемонстрировал умеренную антимикробную активность, что соответствует литературным данным, и мощную ингибирующую активность по отношению к образованию биопленок. Дальнейший анализ показал, что кофеин подавляет биогенез Curli, связываясь с регуляторным белком CsgD. По мнению авторов, кофеин потенциально может использоваться в терапии инфекций, связанных с образованием биопленок.

Ученые из Университета Джонса Хопкинса с коллегами из других научных центров США разработали новый метод изотермической амплификации, использующий инженерную хеликазу PcrA M6 и белок SSB, который связывает одноцепочечную ДНК. Метод получил название SHARP (SSB-Helicase Assisted Rapid PCR). Реакция протекает при 65°C. Хеликаза расплетает ДНК, на одноцепочечные фрагменты садится белок SSB, после чего происходит отжиг праймеров и начинает работать полимераза. Ученые утверждают, что новая хеликаза заменяет нагрев, который использует для денатурации ДНК в классической ПЦР, что позволяет повысить скорость и эффективность амплификации. С помощью SHARP можно получать ампликоны размером до 6 000 п. о. Ученые продемонстрировали возможность использования метода для амплификации таргетных участков ДНК из человеческих клеток и для оценки последствий редактирования генома с помощью системы CRISPR-Cas9. По их словам, SHARP имеет преимущества перед другими методами изотермической амплификации, одно из которых — значительно увеличенная длина продуктов реакции.

В настоящее время идет работа над коммерциализацией технологии. Ученые из лаборатории профессора Универсистета Джинса Хопкинса Тэкджипа Ха создают стартап SHARP Diagnostics. Их бизнес-план получил награду на соревновании HopStart. По словам Ха, статья о новом методе, опубликованная в Nature Communications, вызвала живой интерес в научном сообществе. «Если можно будет заменить ПЦР-машины этим методом в большинстве приложений, для которых люди используют ПЦР, это будет большим достижением», — говорит он.

Весной 2023 года компания Myriad Genetics начнет размещать в открытой базе данных ClinVar варианты, детектируемые ее тестами для оценки рисков наследственных раков, включая варианты в генах BRCA1 и BRCA2. Компания давно подвергалась критике за использование своих патентов на гены BRCA1/2 даже после решения Верховного суда США о том, что нельзя патентовать встречающиеся в природе последовательности ДНК. Решение о смене политики исходит в первую очередь от генерального директора Пола Диаза, нанятого в 2020 году.

С момента своего основания Myriad Genetics протестировала риски развития раков у более 2 млн человек. До этого момента она не делилась выявленными вариантами или информацией об их патогенности и благодаря этому сохраняла монополию на интерпретацию. Однако в последние месяцы Myriad Genetics начала менять свою политику, чтобы лучше взаимодействовать с медицинским сообществом. Всего компания планирует предоставить тысячи вариантов в BRCA1/2 и в 46 других генах, ассоциированных с 11 наследственными раками.

Ученые из Университета Оклахомы, Массачусетского университета в Амхерсте и других исследовательских центров США объединились для разработки новых методов сканирования донорских почек и оценки их качества. Оптическая когерентная томография (ОКТ) и алгоритмы машинного обучения значительно сократят время исследования трансплантата, при этом объем информации о его жизнеспособности существенно увеличится.

Обычно о качестве донорских органов судят по результатам биопсии до трансплантации и клиническим исследованиям после. Новый метод неинвазивной визуализации позволяет сканировать весь орган. Данные, напрямую поступающие с устройства ОКТ, анализирует искусственный интеллект, результаты анализа получает хирург-трансплантолог, которому останется лишь оценить, подходит ли почка для пациента.

Планируется в течение следующих четырех лет просканировать 200 донорских почек параллельно со стандартным гистологическим анализом. Органы, признанные пригодными для трансплантации, будут добавлены в систему United Network for Organ Sharing — единую сеть по закупке и трансплантации органов в США. Результаты биопсии и ОКТ-изображения почек, признанных нежизнеспособными, будут объединены в базу данных для разработки алгоритмов обработки изображений. Проект также предусматривает разработку роботизированного автоматического 3D-сканирующего ОКТ-устройства для визуализации почек перед трансплантацией.

Премия имени Г.А.Гамова в 2022 году присуждена Александре Жернаковой, профессору Университета Гронингена (Нидерланды), «за исследования кишечного микробиома и вириома как фактора старения и развития заболеваний», и Игорю Алабугину, профессору Университета штата Флорида, «за развитие тонкого органического синтеза». Награждение пройдет 19 ноября на Конференции RASA-America в Университете Ла Верн (Калифорния).

Александра Жернакова — один из основателей Groningen Microbiome Hub — возглавляет несколько крупных проектов, изучающих динамику и эволюцию кишечных бактерий и вирусов в популяционных когортах взрослых (Lifelines) и детей (Lifelines-NEXT). «Быть лауреатом премии Гамова — с одной стороны, отражение важности темы, над которой мы работаем, а с другой, большая ответственность, особенно сейчас, и повод задуматься о поддержке русскоязычных ученых и студентов», — говорит Александра Жернакова.

Игорь Алабугин занимается поиском новых связей между структурой и реактивностью соединений для создания сложных молекул с необычными свойствами. В частности, группа Алабугина разработала новые противоопухолевые препараты, действие которых основано на светоактивируемом расщеплении ДНК в раковых клетках. Кроме того, реакции, открытые в лаборатории, используются для получения сложных полициклических структур с возможным применением в молекулярной электронике. «Создание и сохранение общего культурного пространства особенно ценно во времена, когда политика разделяет. Эта награда также является для меня поводом усерднее работать над поддержкой российских студентов и молодых ученых. Крайне важно держать каналы связи открытыми, чтобы мы могли сохранить их таланты», — сказал Игорь Алабугин.

Премия учреждена Российско-американской ассоциацией ученых (RASA-America, Russian-American Science Association) в память о Георгии Антоновиче Гамове (1904–1968), выдающемся советском и американском физике-теоретике, астрофизике и популяризаторе науки. В прошлом году ее лауреатами стали филолог Марк Липовецкий и биохимик Вадим Гладышев.

Ученые из США оценили локальный ответ слизистой оболочки носа на респираторно-синцитиальный вирус у младенцев. С помощью РНК-секвенирования они проанализировали 33 назальных соскоба от младенцев, госпитализированных в ОРИТ с критическим бронхиолитом, вызванным РСВ. Все пациенты нуждались в поддержке дыхания. Ученые сравнили экспрессию генов у детей, которые находились на неинвазивной респираторной поддержке не более трех дней, более трех дней и детей, которым требовалась инвазивная вентиляция легких. Оказалось, что с продолжительностью госпитализации положительно коррелирует экспрессия генов реснитчатых клеток и их обилие. Для детей, находившихся на респираторной поддержке непродолжительное время, была характерна сигнатура базальных клеток. В группе инвазивной ИВЛ была повышена экспрессия генов, вовлеченных в активацию нейтрофилов и клеточную гибель.

Авторы отмечают, что на момент взятия соскоба клинических различий между детьми, которым в итоге потребовалась кратковременная и длительная НИВЛ, не было. При этом экспрессия генов реснитчатых клеток у этих двух групп явно различалась, что делает ее потенциальным биомаркером для предсказания продолжительности болезни. Полученные результаты требуют валидации на когорте большего размера.

В прогрессировании бокового амиотрофического склероза (БАС), обычно очень быстром, важную роль играет иммунная система, и в некоторых случаях иммунотерапия приводит к улучшению. Немецкий центр нейродегенеративных заболеваний, клиника Шарите в Берлине и Университетская больница Бонна начинают тестирование ритуксимаба — противоопухолевого препарата на основе моноклонального антитела — в группе пациентов с БАС.

У пациентов с БАС в спинномозговой жидкости могут присутствовать антитела к нейронам и В-клетки, продуцирующие антитела. Ритуксимаб вызывает истощение В-клеток, взаимодействуя с рецептором CD20 на их поверхности.

«Изменения в иммунной системе, вероятно, являются единственной причиной БАС только в очень редких случаях», — говорит координатор исследования доктор Роза Рёсслинг. Результатом, скорее всего, будет не излечение от болезни, а замедление ее развития, но и это было бы значительным достижением.

В исследовании принимают участие 52 человека со спорадической формой БАС, у которых заболевание началось не более года назад. Половина получит ритуксимаб, другая половина — плацебо. Исследование продлится более года: первые две дозы участники получат с интервалом в две недели, затем третью и четвертую дозу с интервалами в шесть месяцев.

Антимонопольные органы Европейского Союза предписали компании Illumina сохранить разработчика тестов для раннего выявления рака Grail в качестве отдельной организации вплоть до выхода отдельного приказа о прекращении слияния.

Illumina заявила, что планирует приобрести Grail, еще в 2020 году. Временный приказ, срок действия которого истек в конце октября, был издан европейским органом по защите конкуренции еще в прошлом году — сразу после того, как Illumina приобрела Grail, не получив предварительно соответствующих разрешений от европейских антимонопольных регуляторов. Шестого сентября 2022 года ЕС наложил вето на сделку, чтобы сохранить конкуренцию на развивающемся рынке.

«Европейская комиссия обновила и скорректировала в соответствии с регламентом ЕС о слияниях временные меры, которые гарантируют, что Illumina и Grail останутся отдельными компаниями после решения Комиссии заблокировать слияние», — говорится в заявлении наблюдательного органа ЕС.

Grail должна управляться независимыми менеджерами исключительно в своих интересах; сотрудники и топ-менеджмент Grail не могут делиться конфиденциальной информацией с Illumina. При этом Illumina должна будет предоставить Grail средства на разработку новых тестов для выявления рака.

Невыполнение требований приведет к выплате штрафа в размере до 5% от среднего дневного оборота Illumina.

Компания Roche выводит на рынок новую систему для молекулярной диагностики Cobas 5800 — компактный полностью автоматизированный лабораторный инструмент для проведения ПЦР-тестирования на инфекционные заболевания. Компания получила допродажное одобрение Управления по контролю продуктов и лекарств США (FDA) диагностики на Cobas 5800, а также на тест для выявления ВИЧ-1 — первый в семействе анализов Cobas x800, доступный для использования в системе cobas 5800

Cobas 5800 позволяет получить до 144 результатов за восемь часов, сообщает Roche. Автоматизированы перенос и подготовка проб, амплификация, определение результатов и их выгрузка в информационную систему лаборатории. Новая система и тест появятся на рынке уже в четвертом квартале 2022 года.