Даже малые количества циркулирующей опухолевой ДНК связаны с худшим прогнозом для пациента
Обнаружение циркулирующей опухолевой ДНК (цоДНК) ценно для составления прогноза и подбора терапии при раковых заболеваниях. Однако метод обнаружения должен распознавать малые количества цоДНК на фоне больших концентраций ДНК из здоровых тканей. Система жидкой биопсии NeXT Personal основана на составлении персонализированной панели по результатам полногеномного секвенирования тканей рака и здоровых соматических тканей пациента, что позволяет достичь предела обнаружения около 1 миллионной доли (ppm). Исследование на 94 пациентах с легочной аденокарциномой показало, что присутствие цоДНК даже в крайне малых концентрациях (менее 80 ppm) ассоциировано со значимым ухудшением прогноза.

Обнаружение циркулирующей опухолевой ДНК (цоДНК) — многообещающая стратегия для составления персонализированных терапий на ранний стадиях раковых заболеваний. Анализ цоДНК может использоваться для формирования прогноза до оперативного вмешательства и терапевтического режима после операции. Однако жидкие биопсии сталкиваются с рядом сложностей, в том числе крайне малыми количествами цоДНК в образце — часто менее 100 миллионных долей (ppm). Ученые из Великобритании использовали высокочувствительную систему жидкой биопсии на пациентах с легочной аденокарциномой (LUAD) и показали, что концентрация цоДНК ассоциирована с худшими показателями как общей выживаемости (OS), так и выживаемости без рецидива (RFS).
Авторы использовали высокочувствительную персонализированную систему жидкой биопсии NeXT Personal, разработанную компанией Personalis. Она основана на составлении персонализированной панели путем полногеномного секвенирования, по данным которого затем отбирают около 1800 опухоль-специфичных вариантов с наилучшим отношением сигнала к шуму. Такой подход в сочетании с дополнительной оптимизацией проб и протоколов анализа позволяет добиться предела обнаружения цоДНК до 1ppm.
В исследовании проанализировали образцы, отобранные перед хирургическим удалением опухоли у 94 пациентов с LUAD и 77 с немелкоклеточным раком легких (NSCLC), происхождение которого не было связано с аденокарциномой. Медианное количество отобранных для панелей вариантов составило 1800, медиана предела обнаружения — 1,33 ppm.
Циркулирующая опухолевая ДНК была обнаружена у 81% пациентов с LUAD и 100% пациентов с NSCLC, значения концентрации цоДНК составили 1,66-253,826 ppm. Стоит отметить, что у 32 пациентов концентрация цоДНК составила менее 80 ppm, то есть была ниже предела обнаружения других методов, которые группа использовала в предыдущей работе. ЦоДНК была детектирована у 57% пациентов с LUAD I стадии (в предыдущем исследовании — у 14% пациентов с I стадией); у 79% с LUAD II стадии. Концентрация цоДНК была ассоциирована с курением, но не с обнаруженными онкогенными мутациями (авторы отмечают, что анализ мог обладать недостаточной чувствительностью из-за малой выборки).
Далее исследователи сравнили прогноз для пациентов без обнаруженной цоДНК и с ее малой и большой концентрацией (ниже/выше медианы). Присутствие и концентрация цоДНК оказались ассоциированы с общей выживаемостью (отношение рисков HR для низкой концентрациисоставило 11,08; для высокой — 19,33) и выживаемостью без рецидива (HR 14,17 и 25,79 соответственно). Возможность прогнозировать рецидивы — важный фактор, так как они часто происходят у пациентов с LUAD после оперативного вмешательства. Примечательно, что при анализе только пациентов с концентрацией цоДНК менее 80 ppm ее присутствие все еще являлось клинически значимым (HR для OS 12,33; для RFS 18,07), что подчеркивает диагностическую важность высокочувствительных систем.
Значимых связей между концентрацией цоДНК и прогнозом для не-LUAD NSCLC не обнаружилось, что соотносится с результатами предыдущих исследований.
Таким образом, работа продемонстрировала связь присутствия циркулирующей раковой ДНК с худшим прогнозом при легочной аденокарциноме. Авторы считают, что внедрение высокочувствительных персонализированных методов жидкой биопсии в клиническую практику может способствовать более эффективному подбору послеоперационного терапевтического режима.
Жидкостная биопсия поможет спрогнозировать эффективность радиотерапии при раке легких
Источник
Black, J.R.M., et al. Ultrasensitive ctDNA detection for preoperative disease stratification in early-stage lung adenocarcinoma // Nat Med, published January 13, 2025, DOI: 10.1038/s41591-024-03216-y