Коронавирусы панголина сходны с возбудителем COVID-19 лишь на 90%

Сразу несколько научных групп сравнили новый коронавирус человека с коронавирусами панголина. Заявление о 99%-ном сходстве с геномом SARS-CoV оказалось недоразумением: на самом деле оно относилось к фрагменту, который кодирует рецептор-связывающий домен S-белка.

Credit:
Binturong-tonoscarpe | Shutterstock.com

Исследователи из Южно-Китайского сельскохозяйственного университета в Гуанчжоу на пресс-конференции 7 февраля заявили, что источником вируса могут быть панголины. По сообщению Синьхуа, исследователи обнаружили в панголинах, ввезенных контрабандой, коронавирус, геном которого был на 99% сходен с геномом возбудителя COVID-19.

Многие комментаторы с самого начала заподозрили, что в сообщение вкралась ошибка. Заявление о 99% относилось не ко всему геному, а к участку, кодирующему рецептор-связывающий домен S-белка (RBD), как следует из публикации авторов на биомедицинском сервере препринтов bioRxiv. Сяо Лихуа, паразитолог из Южно-Китайского сельскохозяйственного университета пояснил, что эта ошибка была результатом «конфузного недопонимания между группой биоинформатики и лабораторной группой». На самом деле геномы вирусов панголина и человека сходны на 90,3%. Тем не менее этот результат достаточно интересен, поскольку именно от RBD зависит, насколько успешно вирус пронимает в клетку хозяина.

Три аналогичных сравнительных исследования опубликованы на bioRxiv на прошлой неделе. Международная исследовательская группа обнаружила, что коронавирусы в образцах замороженных клеток панголинов имеют 85,5–92,4% общих последовательностей с вирусом, вызывающем COVID-19. Результаты двух групп китайских ученых, изучавших другие коронавирусы панголинов, — 90,23% и 91,02%.

Это недостаточно высокое генетическое сходство, чтобы утверждать, что панголин был источником SARS-CoV-2. Вирус — возбудитель атипичной пневмонии SARS имел общих 99,8% с коронавирусом циветы, поэтому циветы считались его источником.

До сих пор наиболее близкое соответствие с коронавирусом SARS-CoV-2 обнаружено у вируса летучей мыши из китайской провинции Юньнань. В исследовании первооткрывателей вируса, опубликованном в Nature, показано 96%-ное сходство их геномов. Однако различия захватывают сайт RBD, что снижает вероятность прямого заражения от летучей мыши и говорит о возможном промежуточном хозяине, принадлежащем к другому виду (пока нельзя с уверенностью сказать, к какому). Коронавирусы разных видов часто рекомбинируют, и такое событие могло изменить последовательность RBD, после чего промежуточный хозяин инфицировал человека.

На этой неделе в Nature Microbiology опубликована статья, авторы которой разработали подход для быстрого скрининга бетакоронавирусов линии В (к этой линии относятся SARS-CoV и SARS-CoV-2), на предмет особенностей их рецепторов и способности проникать в клетки разных видов, с тем, чтобы раньше обнаруживать опасные вирусы у животных. Метод независимо подтвердил опасность SARS-CoV-2.

Источники

David Cyranoski. // Mystery deepens over animal source of coronavirus. // Nature, 2020, DOI: 10.1038/d41586-020-00548-w

Kangpeng Xiao, et al. // Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. // bioRxiv, DOI: 10.1101/2020.02.17.951335

Добавить в избранное

Вам будет интересно