Вариант коронавируса Р.1, обнаруженный в Бразилии, содержит знакомые мутации

В Манаусе недавно был зарегистрирован резкий рост заболеваемости, при том, что около трех четвертей жителей города уже переболели COVID-19. Пока неясно, вызван ли всплеск заболеваемости свойствами нового варианта вируса — большей скоростью распространения или, что может быть наиболее неприятным, уклонением от иммунного ответа, — или же снижением иммунитета со временем.

Новая линия, названная P.1, происходит от кластера B.1.1.28. Она содержит уникальный набор мутаций, включая несколько мутаций в гене S-белка коронавируса, для которых показана возможная биологическая значимость: E484K, K417T и N501Y. Эта линия идентифицирована в 42% (13 из 31) образцов с положительным результатом ОТ-ПЦР-тестов, собранных в Манаусе с 15 по 23 декабря, но не представлена ни в одном из 26 общедоступных образцов, собранных с марта по ноябрь 2020 года. Это говорит об активной локальной передаче и, возможно, недавнем увеличении частоты новой линии. P.1 обнаружена также в Японии. Геномные данные подтверждают, что эта линия проникла из Манауса в Японию, а не наоборот.

Мутация N501Y, получившая неформальное название Nelly, также встречается в «британском» варианте коронавируса. Этот вариант первоначально был известен под названием Variant Under Investigation 202012/01 (VUI 202012/01); затем Variant of Concern 202012/01 (VOC 202012/01). В научных статьях его также называют B.1.1.7 или 20I/501Y.V1 (то и другое название отражает филогенетические связи между вариантами коронавируса). Названия, производные от мест обнаружения, специалисты не одобряют, и не только из-за политкорректности: один и тот же вариант может быть идентифицирован в разных странах, так что «географические» названия увеличивают путаницу.

Беспокойство вызывает также вариант 501Y.V2, обнаруженный в Южной Африке. Помимо N501Y, в гене его S-белка есть мутации E484K и K417N, которые снижают эффективность моноклональных антител против вируса в экспериментах in vitro. Джесси Блум из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона, показал вместе с коллегами, что E484K также снижает противовирусную эффективность сыворотки выздоравливающих, в образцах некоторых людей — десятикратно. Блум подчеркивает, что это необязательно означает десятикратное падение иммунитета.

«Недавнее появление вариантов с множественными общими мутациями в S-белке вызывает обеспокоенность по поводу конвергентной эволюции к новому фенотипу, потенциально связанной с увеличением трансмиссивности или склонности к повторному инфицированию людей», — отмечают авторы публикации на virological.org, посвященной Р.1.

Блум добавляет, что одни и тех же мутации в разных линиях вируса, обнаруженных в различных частях света,— «убедительное доказательство того, что эти мутации обладают некоторым эволюционным преимуществом», в том числе в частично иммунной популяции. Однако, по его мнению, никакие мутации не позволят вирусу полностью избежать иммунного ответа.

Все три варианта — из Великобритании, Южной Африки и Манауса — имеют мутацию N501Y. Но она же встречается в некоторых вариантах, которые не распространяются быстрее других. «Нелли может быть невиновной, за исключением, возможно, тех случаев, когда она тусит с плохими друзьями», — говорит Кристиан Андерсен из Исследовательского института Скриппса.

На заседании Всемирной организации здравоохранения 12 января сотни исследователей обсудили наиболее важные вопросы, связанные с новыми мутациями коронавируса. Четырнадцатого января ВОЗ также созвала Комитет по чрезвычайной ситуации в отношении COVID-19, чтобы обсудить влияние новых вариантов и ограничения на поездки, введенные во многих странах. Комитет призвал к глобальным усилиям по секвенированию и совместному исследованию геномов SARS-CoV-2, чтобы отслеживать мутации.