Вспышки коронавирусной инфекции в Европе и Бразилии связаны с мюнхенским случаем

Опубликовано уже более 170 геномов вируса SARS-CoV-2. Геномные данные собираются в том числе на сайте Nextstrain. Исследования геномов, в частности, построение филогенетических деревьев помогают определить, откуда пришел вирус в ту или иную страну, началась ли вспышка с единичного случая или нескольких.

Генетические данные указывают на то, что в Европу вирус проникал неоднократно. Кроме того, есть основания предполагать, что вспышка в Мюнхене, обнаруженная в январе, не была локализована. Генетическое сходство с мюнхенским кластером показывают около четверти новых вспышек, начавшихся после 1 февраля — в Мексике, Финляндии, Шотландии, Италии и Бразилии, говорит Тревор Бедфорд из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона, один из создателей Nextstrain. Первый случай заболевания COVID-19 в Бразилии выявили в конце февраля (мужчина из Сан-Паулу, 61 год, побывал в Италии, на севере Ломбардии). Исследователи также определили, что первый и второй случаи в Бразилии происходили из разных источников; это подтверждала и история поездок инфицированных.

Мюнхенский «пациент № 1», 33-летний бизнесмен из Баварии, 24 января почувствовал воспаление в горле и озноб. Перед этим у него была встреча с бизнес-партнером — женщиной из Шанхая, у которой позднее тест дал положительный результат на SARS-CoV-2; 27 января она сообщила немецким коллегам о своем заболевании. (Именно этот случай обсуждался в связи с возможностью бессимптомной передачи: симптомов у женщины не было или они были выражены крайне слабо.) За это время симптомы появились у других сотрудников компании Webasto, где работал мужчина; они также получили позитивные результаты тестов. Компания закрыла свою штаб-квартиру, но, очевидно, этого оказалось недостаточно. Как показывает сравнение вирусных геномов, с этим событием может быть связана значительная часть европейских случаев COVID-19, в том числе почти четыре тысячи случаев в Италии.

«Крайне важный урок, который мы должны извлечь из этого: тот факт, что кластер был идентифицирован и “локализован”, не означает, что этот случай не стал началом цепочки трансмиссий, которая остается незамеченной, пока вспышка не достигает видимых размеров», — написал Бедфорд в Твиттере. Правда, в комментариях оговорился: «Прошу прощения. Я должен был выразиться яснее в этом треде. Это не окончательный вывод. Более представительная выборка случаев из Китая может показать, что случай в Ломбардии был явной интродукцией. Мне надо было сказать, что это очень многозначительно, но не окончательно доказано».

По-видимому, аналогичная ситуация была и в штате Вашингтон. Секвенирование геномов вирусов, полученных от первого заболевшего и от одного из новых пациентов, показало значительное сходство, хотя цепочка передачи не отслежена. Это означает, что вирус распространялся незамеченным в течение шести недель. Сейчас в штате зарегистрировано более 70 случаев. Это вызвало резкую критику в адрес американских Центров по контролю и профилактике инфекционных заболеваний из-за неоправданных ограничений тестирования на коронавирус.