Выделение РНК коронавируса: быстрее, проще, точнее

Золотым стандартом диагностики COVID-19 считается выявление РНК коронавируса SARS-CoV-2 в клинических образцах с помощью ОТ-ПЦР. В условиях пандемии спрос на ПЦР-диагностику высок, и лаборатории ищут способы повысить производительность. Действенный подход в такой ситуации — увеличение количества образцов на один запуск ПЦР-системы. Это решается внедрением автоматизированных систем. Автоматические станции выполняют ключевые этапы ПЦР-диагностики — экстракцию нуклеиновых кислот из образца и подготовку ПЦР-смеси. Оператору остается лишь переставить планшет с готовыми пробами в амплификатор. Пропускная способность лаборатории увеличивается, вместе с тем снижается нагрузка на персонал.

Другой подход — оптимизация протокола лабораторного исследования. Во время пандемии важно максимально ускорить выявление инфицированных людей. В случае с COVID-19 необходимо определить присутствие РНК SARS-CoV-2 в мазке из носа, ротоглотки или в образце мокроты. До сих пор самым длительным и трудоемким этапом остается выделение РНК из клинических образцов. Оптимальный для этого метод — экстракция нуклеиновых кислот с помощью магнитных частиц.

Метод включает следующие этапы: обработка образца лизирующим буфером; добавление магнитного сорбента, с которым связываются нуклеиновые кислоты; две-три промывки нуклеиновых кислот на сорбенте; элюция. Отделение сорбента от жидкой фазы на этапах промывки и элюции осуществляется с помощью магнита (например, при ручном выделении — на магнитном штативе).

Магнитная экстракция адаптируется к автоматическим системам. В частности, наборы для выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах, совместимые с автоматическими станциями Microlab STARlet (Hamilton) и KingFisher Flex (Thermo Fisher Scientific), производит российская компания «НекстБио». Специалисты «НекстБио» нашли способ ускорить экстракцию нуклеиновых кислот на магнитном сорбенте без ущерба качеству: в конце прошлого года на рынок вышел набор «МагноПрайм ФАСТ-Р», позволяющий проводить процедуру по облегченному протоколу. Этот продукт дает возможность применить оба подхода — увеличение количества образца и оптимизацию протокола — для повышения пропускной способности лаборатории.

— Наша компания до этого имела большой и глубокий опыт в разработке наборов для экстракции. Когда началась эпидемия COVID-19, встал вопрос о создании нового оптимизированного по производительности набора для экстракции РНК вируса SARS-CoV-2. Стало понятно, что лабораториям необходимо дать инструмент, который может позволить делать анализы с гораздо большей пропускной способностью. Процесс экстракции — один из решающих, потому что программы амплификации все приблизительно одинаковые, — рассказывает Мария Сенина, директор научно-производственного комплекса компании «НекстБио».

Высокая скорость экстракции обеспечивается составом набора. «МагноПрайм ФАСТ-Р» содержит меньше реагентов по сравнению с другими наборами, а протокол включает меньше стадий. Схема метода следующая:

·         обработка образца лизирующим раствором в присутствии магнитного сорбента и внутреннего контрольного образца (ВКО);

·         однократная промывка нуклеиновых кислот, связавшихся с сорбентом;

·         элюция.

Среди главных отличий протокола «МагноПрайм ФАСТ-Р» от стандартной схемы выделения — меньшее число промывок и использование одного буфера для промывки и элюции. Это позволяет экономить не только время, но и пластик, что немаловажно, так как в условиях пандемии сохраняется дефицит лабораторных расходных материалов.

Еще одно преимущество набора «МагноПрайм ФАСТ-Р» — его универсальность.

— Бывают лаборатории с разной пропускной способностью. В первую очередь, конечно, этот протокол адаптирован под автомат. Есть лаборатории, которым предпочтителен ручной метод экстракции. Наш протокол позволяет выделять и на обычной центрифуге, и с использованием магнитного штатива, и с использованием автоматических станций для выделения, — объясняет Мария.

Установка протокола «МагноПрайм ФАСТ-Р» на автоматизированные станции Microlab STARlet и KingFisher Flex не требует дополнительного оборудования или человеческих ресурсов, а экономия времени получается значительная. Так, при стандартной методике магнитной сорбции один цикл полностью загруженной станции Hamilton — это 92 образца и четыре контроля — занимает два часа. С новым набором время цикла сокращается до 80 минут.

— С другими наборами станцию Hamilton можно запускать до 10 раз в сутки, учитывая еще установку образцов, реагентов, ежедневное обслуживание. С «МагноПрайм ФАСТ-Р» количество запусков в день увеличивается до 15. То есть через одну станцию Hamilton можно прогнать до 1 400 образцов в сутки вместо 1000–1100, — комментирует Константин Толстых, руководитель управления поддержки пользователей компании «ИнтерЛабСервис», которая поставляет станции Hamilton в российские лаборатории.

«МагноПрайм ФАСТ-Р» можно использовать с тест-наборами для выявления РНК SARS-CoV-2 «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» и «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 / Flu (A/B/H1pdm09)». Новый набор минимизирует разницу во времени между экспресс-тестами и лабораторной диагностикой и позволяет увеличить производительность лабораторий на десятки процентов.

Партнерский материал