J.P. Morgan Healthcare 2022. День четвертый: Pacific Biosciences

Генеральный директор Pacific Biosciences рассказал о прорыве в области секвенирования коротких ридов и о малом числе мисмэтчей при секвенировании путем связывания, а также прокомментировал заявление Illumina об их выходе на рынок длинных прочтений.

Credit:
anyaivanova | 123rf.com 

Pacific Biosciences достигла определенных успехов по входу на рынок секвенирования коротких прочтений, на котором по-прежнему доминирует Illumina.

После того, как компания приобрела Omniome в прошлом году за $800 млн., PacBio заявила, что намерена развить новый метод кластеризации для использования с химией секвенирования путем связывания (sequencing-by-binding, SBB), принадлежащей компании.

Генеральный директор PacBio Кристиан Генри сообщил, что недавно они добились прорыва, что позволило улучшить как длину, так и качество прочтений, если сравнивать с методом на основе эмульсионной ПЦР, разработанным Omniome.

Генри представил данные, которые, по его словам, показывают, что компания способна читать до 200 п.н. с точностью выше Q40, а большинство прочтений приближаются Q50 (одна ошибка на 100 000 пар оснований). Он выразил уверенность, что компания сможет предложить высокоточный и простой в обращении секвенатор.

Он также отметил, что при использовании технологии SBB возникновение мисмэтчей происходит очень редко по сравнению с платформами на основе секвенирования путем синтеза, в котором число мисмэтчей растет при увеличении числа циклов. При SBB профиль ошибок плоский во время всех циклов.

Это имеет большое значение в области онкологии, где более высокая точность способствует нахождению меньшего числа ложных вариантов. То есть клиенты могут секвенировать с меньшим покрытием, что удешевит исследование, или секвенировать глубже в поисках ранее необнаружимых редких вариантов.

PacBio недавно расширила партнерство с Invitae, включив оценку SBB-платформы для применения в сфере онкологии. Также PacBio стала партнером Canexia Health, канадской компании, которая занимается персонализированной онкологией. Детали пока не разглашаются.

Генри впервые показал изображение самого прибора.

В то время как PacBio занимается короткими прочтениями, ее основной конкурент Illumina разрабатывает технологию длинных прочтений. Во время секции вопросов и ответов аналитик JP Morgan Тихо Петерсон попросил Генри прокомментировать заявление представителей Illumina о выходе нового продукта под кодовым названием «Infinity», который, по их словам, позволит получать непрерывные последовательности длиной до 10 т.п.н. Петерсон предположил, что Illumina купила технологию у Longas Technologies, австралийского стартапа, который разработал метод подготовки библиотек «виртуальных длинных прочтений».

Генри признал, что они пытались разобраться, как это может работать. Он предположил, что короткие прочтения соединяют вместе с помощью пробоподготовки и специальных программ, чтобы имитировать длинные прочтения. По его мнению, проблема в том, что это пробовали сделать уже несколько раз, и ни разу не сработало — ДНК все равно фрагментируется, информация теряется. Он добавил: «Это демонстрирует, что наши конкуренты осознают важность длинных ридов».

По его мнению, это больше подходит для бактериологии и небольших геномов. Идея напоминает компанию Moleculo и ее синтетические длинные прочтения, которую Illumina купила в 2013 году.

PacBio надеется, что 2022 будет успешным годом благодаря популярности HiFi-протокола для секвенирования. Предварительные доходы составили $130,5 млн., ежегодный рост в 65%. Компания установила 171 систему Sequel II и IIe, на 84% больше, чем в 2020 году.

Компания планирует выпустить новые киты для Sequel IIe, которые позволят уменьшит количество необходимой ДНК и снизить время подготовки. Также готовится к выпуску новое программное обеспечение, которое позволит прибору напрямую выявлять метилированные основания. Генри отметил, что это сделает Sequel IIe секвенатором, который фактически сможет идентифицировать пять оснований

В партнерстве с Twist Bioscience компания будет разрабатывать таргетное обогащение для HiFi-секвенирования. Broad Institute разрабатывает метод секвенирования изоформ РНК в единичных клетках, который позволит увеличить число прочтений на прогон с приблизительно 1,6 млн. до 33 млн.

Увеличив число менеджеров по продажам более, чем в два раза, PacBio может увеличить продажи более, чем в 40 странах.

J.P. Morgan Healthcare 2022. День первый

J.P. Morgan Healthcare 2022. День первый (Illumina)

J.P. Morgan Healthcare 2022. День второй

J.P. Morgan Healthcare 2022. День третий (Invitae)

J.P. Morgan Healthcare 2022. День третий

По материалам  GenomeWeb

Добавить в избранное

Вам будет интересно