Итоги года 2019

Обзор значимых событий, о которых мы писали в 2019 году: новые лекарства, старые конфликты, огромные сделки, открытия и закрытия и многое другое — в нашей подборке.

Организм года

Работа, опубликованная 8 августа 2019 года на bioRxiv, демонстрирует, как вознаграждаются упорство и труд. Японским ученым понадобилось 12 лет, чтобы получить чистую совместную культуру археи из группы Asgard с метаногенным партнером, без которого она не растет. Ученые хотят назвать культивированный микроорганизм Prometheoarchaeum syntrophicum, ведь он сыграл в возникновении эукариот ту же роль, что и Прометей, создавший людей из глины. Описанная архея — прямой предшественник эукариотической клетки, так же, как и поглощенная ей когда-то бактерия.

Замыслы года

В 2019 году случилось два эпохальных замысла. С одним выступили США, с другим — Россия.

В начале года президент США Дональд Трамп в ежегодном обращении к Конгрессу заявил о намерении ликвидировать эпидемию ВИЧ в Соединенных Штатах за десять лет. В течение пяти лет предполагается сократить новые случаи инфицирования на 75%, а в течение десяти лет — на 90%. В декабре Национальные институты здравоохранения США отметили, что научная основа для реализации этого плана есть.

Россия запускает программу развития генетических технологий. Широкое обсуждение началось еще зимой. В течение 8 лет на программу будет выделено 127 млрд. рублей из федеральных средств и внебюджетных источников.

Конкурс по отбору организаций, на основе которых должны быть созданы геномные центры, выиграли предсказуемо НИЦ «Курчатовский институт», а также Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН и Роспотребнадзор.

Инструменты года

Общая тенденция в 2019 году — появление все большего числа компактных диагностических устройств и дешевых решений для применения если и не у постели больного, то близко к ней. Дополняет этот тренд соревнование между разработчиками на автоматизацию всех процессов, которые возможно автоматизировать, что особенно важно при необходимости срочной диагностики. Так, уже известному секвенатору MinION от Oxford Nanopore Technologies готов противостоять американский GenapSys Sequencer с полупроводниковыми сенсорами, а также автоматизированная линейка от китайской MGI Tech (последняя, впрочем, нацелилась и на конкуренцию с системой MiniSeq Illumina). Есть экспериментальные подходы и для дешевого секвенирования РНК, и для подготовки образцов высокомолекулярных ДНК. Скоростную платформу для криминалистов вывела на рынок Thermo Fisher Scientific. Если говорить о тест-системах «у постели больного», то и здесь поступало довольно много предложений, впрочем, внедрение этих систем сопровождается проблемами, как это было с тестом на грипп и респираторно-синцитиальный вирус.

Сделки года

Крупнейшей сделкой стала покупка компанией Bristol-Myers Squibb компании Celgene за 74 млрд. долларов. Для этого пришлось исключить из соглашения препарат Otezla, применяемый для лечения псориаза, иначе государственные регуляторы в США не одобрили бы сделку. Несколько меньшим по сумме, но также весьма резонансным, стало поглощение американской фармкомпанией AbbVie ирландской Allergan за 63 млрд. долларов. В сегменте производителей инструментов и расходников следует отметить еще одно огромное приобретение: корпорация Danaher покупает у General Electric биофармацевтический бизнес GE Biopharma за 21,4 млрд. долларов.

Скандал года

В 2019 году мировая общественность собирает ягодки антипрививочного движения. По данным ВОЗ, к ноябрю 2019 в мире зарегистрировано в три раза больше случаев кори, чем в это же время в прошлом году. В число стран, которых коснулся рост заболеваемости, входят Россия и США.

В начале года в двух школах Москвы корью заболели дети, чьи родители написали отказ от вакцинации. Сообщения о случаях заболевания поступают из Санкт-Петербурга, Екатеринбурга и других регионов. В США количество заболевших корью в этом году превысило 1200 человек. Родители, чьи дети прививаются по графику, обеспокоены ситуацией и не хотят посещать те же лечебные учреждения, что и дети родителей-антивакцинаторов. В то же время ученые описали непрямое, но опасное последствие кори для организма: вирус уничтожает до 73% имеющегося репертуара антител.

Препараты года

Хитом года стала возможность терапии лихорадки Эбола. В июле вспышку в Конго объявили чрезвычайной ситуацией международного значения. В борьбе с эпидемией было много трудных моментов. А хорошая новость в том, что появились два новых препарата на основе моноклональных антител, REGN-EB3 (Regeneron Pharmaceuticals) и mAB114 (Ridgeback Biotherapeutics). Во время клинических испытаний в Конго они показали лучшие результаты.

В 2019 году успешно прошли испытания имплантата от компании Merck, предназначенного для длительного предохранения от ВИЧ-инфекции. Имплантат размером со спичку вшивают человеку под кожу, и он медленно высвобождает препарат под названием MK-8591 — ингибитор фермента обратной транскриптазы, необходимого для репликации вируса. Новая разработка должна обеспечить эффективную защиту от ВИЧ на год или более.

В августе компании Vertex Pharmaceuticals и CRISPR Therapeutics (в числе основателей последней Эммануэль Шарпантье, одна из изобретательниц технологии CRISPR) начали экспериментальное лечение серповидноклеточной анемии (СКА). У пациента берут клетки костного мозга и редактируют их геномы с помощью CRISPR. Пациентка, 34-летняя Виктория Грей, чувствует себя хорошо, приступы боли, характерные для СКА, ее больше не беспокоят, побочных эффектов пока не обнаружено. CRISPR Therapeutics в этом году сообщила также об успехе в лечении другой гемоглобинопатии — бета-талассемии. Новые исследования по этой теме появляются регулярно. А геннотерапевтический препарат Zynteglo американской компании Bluebird Bio для лечения бета-талассемии стал в этом году предметом дискуссий из-за цены в 1,78 млн. долларов за пятилетний курс.

В ноябре FDA одобрило препарат гивосиран компании Alnylam для лечения острой печеночной порфирии у взрослых. На сегодня получили одобрение лишь два препарата, использующих РНК-интерференцию, и оба принадлежат компании Alnylam: ранее она выпустила препарат патисиран для лечения наследственного транстиретинового амилоидоза.

И, наконец, в России зарегистрирован первый отечественный оригинальный препарат на основе моноклональных антител — ингибитор интерлейкина-17 для лечения среднетяжелого и тяжелого псориаза. Компания BIOCAD потратила 7 лет на разработку и клинические исследования нового препарата Эфлейра (нетакимаб), инвестиции в разработку составили 568 млн. рублей. Препарат уже поступил в продажу. По прогнозам компании, он должен втрое снизить стоимость терапии тяжелого псориаза.

Сюрприз года

В этой категории безусловный победитель — российский ученый Денис Ребриков. В июне он заявил журналу Nature, что его группа планирует использовать CRISPR-редактированные эмбрионы человека для переноса в матку матери. Тогда же он утверждал, что эксперимент, если на него удастся получить разрешение, может начаться еще до конца этого года. С учетом прошлогоднего скандала с китайским экспериментом Хэ Цзянькуя, эти заявления выглядели странно. Сначала Ребриков нацелился на создание мутации CCR5-Δ32, затем говорил об исправлении наследственной глухоты, а в конце концов к всеобщему облегчению сообщил, что собирается только проверять методику (что можно прочесть как «у нас все равно еще ничего не готово»).

Закрытие года

Расмус Нильсен и Синьжу Вэй отозвали статью, опубликованную ими в журнале Nature Medicine 3 июня 2019 года. В той работе авторы анализировали данные 409 693 человек, полученные из базы UK Biobank. Анализ выявил, что мутация CCR5-Δ32 в гомозиготном состоянии связана с повышенным риском смерти от всех причин. Данные оказались неверными. Важность этой мутации в том, что люди, гомозиготные по ней, невосприимчивы к ВИЧ-инфекции, а у гетерозиготных риск понижен.

Человек года

Лондонский пациент. Второго человека в истории вылечили от ВИЧ. В 2016 году пациент в качестве терапии лимфомы Ходжкина получил аллогенные стволовые клетки от донора — носителя мутации CCR5Δ32/Δ32, которая защищает от ВИЧ-инфекции. В сентябре 2017 года пациент прекратил прием антиретровирусных препаратов. На момент публикации в его крови не обнаруживался циркулирующий вирус, а количество антител снижалось. Имя пациента не раскрывается. Его называют «лондонским пациентом», по аналогии с «берлинским пациентом» Тимоти Рэем Брауном — первым человеком, излечившимся от ВИЧ.

Технологии года

Весь 2019-й год потоком шли публикации о совершенствовании системы редактирования генома CRISPR/Cas. Мы выбрали две таких работы, сделанных группой Дэвида Лю в Институте Брода. Летом они рассказали о направленной эволюции редакторов оснований с помощью фагов, а осенью лаборатория представила новый вариант CRISPR/Cas, названный prime editing. Каталитически ослабленная нуклеаза Cas9 сшивается с обратной транскриптазой, а новый вариант гидовой РНК не только направляет ферментный комплекс к месту действия, но и служит матрицей для достройки нужной ДНК-последовательности. Prime editing имеет расширенный функционал и повышенную точность по сравнению с традиционной CRISPR/Cas9.

Вакцина года

В 2019 году прошли успешные испытания вакцин от разных инфекций, но пальму первенства получает вакцина Tipapkinogen Sovacivec (TS). Иммунотерапевтический препарат TS изначально был предназначен для лечения цервикальной дисплазии — предракового состояния шейки матки, вызванного ВПЧ. Во время второй фазы клинического исследования была подтверждена безопасность TS, а также способность вакцины не только лечить цервикальную дисплазию разной степени тяжести, но и устранять сам вирус. Ученые планируют проверить эффективность TS при других видах рака, связанных с ВПЧ.

Потеря года

Изобретатель метода PCR, нобелевский лауреат 1993 года, Кэри Муллис умер 7 августа 2019 года в Ньюпорт-Бич в возрасте 74 лет. Причина смерти ученого — пневмония. PCR.news ранее публиковал эссе «Ночь на трассе 128», написанное Кэри.

Неинвазивная диагностика года

Новые диагностические решения появляются на рынке еженедельно, поэтому довольно трудно выделить какой-то один тренд. В 2019 году мы обращаем внимание на методы неинвазивной диагностики. Расширяется поле применения жидкой биопсии — анализа внеклеточной ДНК, циркулирующей в крови. Продемонстрирована эффективность жидкой биопсии для диагностики и типирования рака.

Другое применение — пренатальные тесты. Весной компания Progenity объявила о запуске теста на моногенные заболевания. Анализ основан на определении фракции ДНК плода в крови матери и цифровой капельной ПЦР. А летом на Европейской конференции по генетике человека были представлены тест на серповидноклеточную анемию у плода и тест на хромосомную анеуплоидию, моногенные расстройства и статус матери. Риск неблагоприятного исхода беременности позволяет выявить анализ транскриптомных паттернов в крови женщины.

Неинвазивный пренатальный скрининг на анеуплоидию существует на рынке диагностики уже несколько лет, но потребитель должен быть начеку: в этом году выяснилось, что в США компании, предлагающие такой анализ, не соблюдают разработанные для них рекомендации и не всю важную информацию включают в отчеты.

Для неинвазивных тестов можно использовать не только кровь. Например, компания Veracyte разработала систему для ранней диагностики рака легких по мазку из носа.

Самое дорогое лекарство года

В мае 2019 года FDA одобрило препарат Золгенсма компании Novartis для генной терапии детей со спинальной мышечной атрофией (СМА) в возрасте до двух лет. Цена препарата — 2,1 млн. долларов за дозу. Однако летом компания сама сообщила FDA о манипуляции данными в ходе разработки препарата. FDA, тем не менее, решило, что терапия должна остаться на рынке. Измененные данные относились к выживаемости подопытных мышей при сравнении ранней версии препарата с более поздней, изготовленной по другому протоколу, и не могли создать ложное представление о его безопасности.

Novartis начал новые клинические испытания, чтобы продемонстрировать, что Золгенсма может быть назначена и детям постарше, до пяти лет, однако затем у приматов, получавших Золгенсму в виде инъекции в позвоночник, были отмечены воспаление и дегенерация нервных клеток. Ни у одного из детей такого не наблюдалось, и все же испытания были частично приостановлены.

В конце года Novartis объявил, что в 2020 году планирует бесплатно раздать 100 доз Золгенсмы пациентам разных стран.

Конфликты года

Illumina не смогла приобрести PacBio. Illumina сообщила о намерении приобрести компанию Pacific Biosciences еще в ноябре 2018 года. Предполагалось, что сделка на сумму 1,2 млрд. долларов будет завершена к середине 2019 года, однако британское Управление по конкуренции и рынкам (СМА) начало расследование и предложило заблокировать эту сделку, чтобы сохранить конкуренцию на рынке секвенирования. Отмена сделки, вероятно, будет иметь негативные последствия для PacBio, а Illumina не получит возможности конкурировать с Oxford Nanopore Technologies в чтении длинных последовательностей ДНК.

Illumina выразила готовность пойти на уступки, в частности, предложить конкурентам бессрочную лицензию без отчислений на интеллектуальную собственность PacBio. Oxford Nanopore не была удовлетворена и выдвинула встречное предложение к Illumina — отказаться от платформы NovaSeq. Дальнейшие уступки Illumina ситуации не улучшили: Федеральная торговая комиссия США (FTC) также санкционировала действия по блокированию сделки.

Продолжаются судебные споры между Калифорнийским университетом и Институтом Брода по поводу технологии редактирования геномов CRISPR. Команда Дженнифер Дудны из Калифорнийского университета сражается с командой Фэна Чжана из Института Брода. В сентябре 2018 года апелляционный суд США вынес решение в пользу Института Брода. Казалось, что дело закончено. Однако Бюро по патентам и товарным знакам США в июне 2019 года возобновило дело. Затем Калифорнийский университет и его соистцы обвинили Фэна Чжана и его сотрудника Невилла Санжана в том, что патентные заявки Института Брода содержат ложные заявления и фальсификации.

Любимая тема года

Весь год читателей PCR.news удивляли достижения популяционной генетики человека и исследования древней ДНК, все более изощренные технологии получения ДНК, секвенирования и биоинформатического анализа. Генетики узнали, много ли незаконных детей рождалось у предков современных европейцев, уточнили историю Рима, заселения Америки и работорговли, Шотландии Темных веков и крестовых походов, расследовали тайну гималайского Озера Скелетов. Исследования этого года рассказали о семьях европейцев бронзового века, о том, как охотники-собиратели Плодородного полумесяца перешли к земледелию, и об одной смуглой, темноволосой и сероглазой женщине, жившей на территории нынешней Дании 5700 лет назад. Не забыли и об истории микроорганизмов человека — от микробиома мумии Этци, доколумбовых индейцев и родословного древа средневековой чумы до загадочной кожной болезни вождя революции Марата и холеры времен Первой мировой.

Портрет года

Анатомические черты древних денисовских людей восстановили по данным о метилировании генома. Воссоздать анатомию по скелетам пока нельзя, так как найденные останки этой группы гоминин весьма фрагментарны. Однако оригинальная методика выявления сайтов метилирования в древней ДНК и их анализа позволила создать вероятный портрет: денисовцы были похожи на неандертальцев, однако имели более широкие череп и челюсть.

Добавить в избранное

Комментарии

Вам будет интересно